Descripción del proyecto
ESTA PROPUESTA ESTA RELACIONADA CON LOS PROYECTOS ANTERIORES REALIZADOS POR LOS GRUPOS QUE LA PRESENTAN, UAM Y USE. EN DICHOS PROYECTOS SE HA ESTUDIADO EL PAPEL SIMBIOTICO DE LOS POLISACARIDOS SUPERFICIALES RIZOBIANOS Y LA IMPORTANCIA DE BORO EN EL PROCESO DE NODULACION. LA OBTENCION DE LA SECUENCIA COMPLETA DEL GENOMA DE SINORHIZOBIUM FREDII HH103 ES EL RESULTADO MAS RELEVANTE DE NUESTRO PROYECTO COORDINADO EN CURSO (BIO2008-05736-C02), YA QUE ESTE ES EL PRIMER GENOMA SECUENCIADO DE UN RIZOBIO DE CRECIMIENTO RAPIDO CON UN AMPLIO RANGO DE HOSPEDADOR Y CAPAZ DE NODULAR LA SOJA. ADEMAS, HEMOS INICIADO EL ESTUDIO DE LA REGULACION DE DIFERENTES PROCESOS RELEVANTES PARA LA INTERACCION SIMBIOTICA, COMO LA PRODUCCION DE POLISACARIDOS DE SUPERFICIE, LA MOVILIDAD Y LA FORMACION DE BIOFILMS.EN ESTE PROYECTO TENEMOS DOS OBJETIVOS PRINCIPALES. EL PRIMERO ES PROFUNDIZAR EN NUESTROS ESTUDIOS GENOMICOS EN S. FREDII. EN CONCRETO, PROPONEMOS TRES TAREAS DIFERENTES: 1) REALIZAR ANALISIS GENOMICOS COMPARATIVOS ENTRE S. FREDII HH103 Y RIZOBIOS RELACIONADOS, COMO RHIZOBIUM SP. NGR24 Y S. MELILOTI 1021. LA ESTIRPE S. FREDII USDA257 SE INCLUIRA CUANDO LA SECUENCIA DE SU GENOMA ESTE DISPONIBLE. TAMBIEN REALIZAREMOS COMPARACIONES ENTRE S. FREDII HH103 Y OTROS SIMBIONTES DE SOJA, COMO BRADYRHIZOBIUM JAPONICUM USDA110. 2) GENERAR UNA SECUENCIA PRELIMINAR DEL GENOMA DE S. FREDII SMH12, UNA ESTIRPE VIETNAMITA QUE MUESTRA PROPIEDADES FISIOLOGICAS DISTINTAS QUE LA ESTIRPE CHINA HH103 Y UNA MAYOR EFICIENCIA SIMBIOTICA CON LA SOJA. 3) DETERMINAR MEDIANTE PROTEOMICA EL CONJUNTO DE LAS PROTEINAS SECRETADAS POR S. FREDII HH103 Y USDA257 EN RESPUESTA A LA PRESENCIA DE FLAVONOIDES. ESPERAMOS QUE ESTA DETERMINACION PUEDA ACLARAR LA DISTINTA CAPACIDAD ENTRE HH103 Y USDA257 DE NODULAR SOJAS AMERICANAS.EL SEGUNDO OBJETIVO PRINCIPAL DE ESTE PROYECTO ES CONTINUAR NUESTROS ESTUDIOS SOBRE LA REGULACION DE LA PRODUCCION DE POLISACARIDOS SUPERFICIALES, LA MOVILIDAD Y LA FORMACION DE BIOFILMS. SE PROPONEN TRES ACTIVIDADES: 1) ANALIZAR DE LA SECUENCIA DEL GENOMA DE S. FREDII HH103 REVELO LA PRESENCIA DE UN GRAN NUMERO DE POSIBLES ELEMENTOS REGULADORES. ALGUNOS DE ELLOS SERAN ANALIZADOS EN ESTE PROYECTO: EL SISTEMA SIN DE DETECCION DE QUORUM (CONSTITUIDA POR LOS GENES SINI Y SINR), LOS REGULADORES TRANSCRIPCIONALES, DEL TIPO ZINC-FINGER, MUCR1 Y MUCR2 (EN S. MELILOTI SOLO HAY UNA COPIA DEL GEN MUCR), Y VARIOS GENES QUE POSIBLEMENTE CODIFICAN DIGUANILATO CICLASAS Y FOSFODIESTERASAS (ENZIMAS QUE INTERVIENEN EN LA REGULACION DEL NIVEL INTERNO DE C-DI-GMP, UN SEGUNDO MENSAJERO BACTERIANO QUE HA SIDO IMPLICADO EN LA TRANSICION ENTRE LOS ESTADOS PLANCTONICOS Y SESILES). 2) EN S. FREDII HH103 EL GEN EXPR, QUE CODIFICA UN REGULADOR TRANSCRIPCIONAL DEL TIPO LUXR, ESTA TRUNCADO COMO SUCEDE EN S. MELILOTI 1021. LA RECONSTITUCION DE EXPR EN S. MELILOTI 1021 ALTERA LA EXPRESION DE MULTITUD DE GENES Y, COMO CONSECUENCIA, INDUCE LA SINTESIS DE LA FORMA SIMBIOTICAMENTE ACTIVA DEL EPS II Y EL MOVIMIENTO TIPO SWARMING. VAMOS A INVESTIGAR CUAL ES EL EFECTO DE ESTE GEN EN S. FREDII HH103 MEDIANTE LA INTRODUCCION EN HH103 DE UNA COPIA FUNCIONAL DE EXPR. TAMBIEN SE ESTUDIARA EL PAPEL DEL BORO EN LA SINTESIS DE EPS Y SU RELACION CON QUORUM-SENSING; 3) INVESTIGAR COMO LA RUTA REGULADORA DE LOS GENES DE NODULACION INFLUYE EN LA PRODUCCION DE EPS EN S. FREDII HH103, UN FENOMENO QUE NO TIENE LUGAR EN OTROS RIZOBIOS INVESTIGADOS (S. MELILOTI 1021, RHIZOBIUM SP. NGR234 Y S. FREDII USDA257). IMBIOSIS\BORO\PERCEPCION DE QUORUM\BIOPELICULAS\MOVILIDAD\POLISACARIDOS SUPERFICIALES\PROTEOMICA\GENOMICA\SOJA\SINORHIZOBIUM FREDII