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PID2020-114782GB-I00

Financiado

TRANSCRIPTOMA NO CODIFICANTE Y REGULACION POR RNA DEL METABOLISMO SIMBIOTICO EN...

TRANSCRIPTOMA NO CODIFICANTE Y REGULACION POR RNA DEL METABOLISMO SIMBIOTICO EN RIZOBIOS FIJADORES DE NITROGENO LA SECUENCIACION MASIVA DE RNA (RNA-SEQ) HA REVOLUCIONADO LA BIOLOGIA DEL RNA EN PROCARIOTAS, PONIENDO DE MANIFIESTO EL PAPEL UBICUO DE LA REGULACION POR RNA EN CUALQUIER ESTRATEGIA DE ADAPTACION, QUE INCOMPRENSIBLEMENTE PERMANECE... ver más

01/01/2020

CSIC

145K€

Presupuesto del proyecto: 145K€

Líder del proyecto

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGA... No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 2-3 | 552M€

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2020-01-01

0% 100%

Participantes

CSIC

Lider

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Líder del proyecto

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGA...

TRL 2-3 | 552M€

Presupuesto del proyecto 145K€

Descripción del proyecto LA SECUENCIACION MASIVA DE RNA (RNA-SEQ) HA REVOLUCIONADO LA BIOLOGIA DEL RNA EN PROCARIOTAS, PONIENDO DE MANIFIESTO EL PAPEL UBICUO DE LA REGULACION POR RNA EN CUALQUIER ESTRATEGIA DE ADAPTACION, QUE INCOMPRENSIBLEMENTE PERMANECE INEXPLORADO EN LA MAYORIA DE LAS BACTERIAS MODELO NO CLASICAS, LOS RIZOBIOS SON BACTERIAS DEL SUELO QUE ESTABLECEN ENDOSIMBIOSIS FIJADORAS DE NITROGENO CON LAS PLANTAS LEGUMINOSAS DE GRAN RELEVANCIA EN LA SOSTENIBILIDAD DEL PLANETA, LA TRANSICION DE LOS RIZOBIOS DESDE UN ESTADO DE VIDA LIBRE EN SUELO A SU RESIDENCIA INTRACELULAR COMO BACTEROIDES DIFERENCIADOS EN LOS NODULOS RADICULARES EXIGE UNA REPROGRAMACION CONTINUA DE LA EXPRESION GENICA EN LA QUE LOS SRNAS DEBEN PARTICIPAR,EL TRANSCRIPTOMA NO CODIFICANTE DEL SIMBIONTE DE ALFALFA SINORHIZOBIUM MELILOTI ES EL UNICO CARACTERIZADO EN DETALLE ENTRE LOS RIZOBIOS, EN EL MARCO DE PROYECTOS PREVIOS (BFU2013-48282-C2-2-P AND BFU2017-82645-P), HEMOS ESTUDIADO LA FUNCION DE TRES SRNAS, ABCR1, ABCR2 Y NFER1, QUE REGULAN LA ADQUISICION DE NUTRIENTES POR SILENCIAMIENTO DE MRNAS CODIFICADOS EN TRANS MEDIANTE UN MECANISMO CANONICO DE COMPLEMENTARIEDAD NUCLEOTIDICA, LA TRANSCRIPCION DIFERENCIAL DE ESTOS SRNAS DEPENDE DEL FACTOR SIGMA ALTERNATIVO RPOH1 (ABCR2) Y DEL REGULADOR SIMBIOTICO TIPO LYSR, LSRB (ABCR1 Y NFER1), NTRC, INDUCTOR DE LOS GENES DE ASIMILACION DE NITROGENO, ACTUA TAMBIEN COMO REPRESOR NO CANONICO DE LA TRANSCRIPCION DE NFER1, LA DISECCION MEDIANTE RNA-SEQ DEL TARGETOME DE ESTOS SRNAS REVELO UN GRAN REGULON DE MRNAS QUE MAYORITARIAMENTE CODIFICAN PROTEINAS DE TRANSPORTE Y METABOLICAS, QUE REPRESENTAN EL ~6% DE LOS GENES DE S, MELILOTI CODIFICANTES DE PROTEINAS, ESTE GRAN REGULON PUEDE TENER UN PAPEL FUNDAMENTAL EN LA MODULACION DE LOS CAMBIOS METABOLICOS QUE OCURREN DURANTE LA SIMBIOSIS,HEMOS CARACTERIZADO TAMBIEN SMYBEY, UNA ENZIMA EFECTORA DEL SILENCIAMIENTO POST-TRANSCRIPCIONAL PROMOVIDO POR ABCR2, QUE TIENE UNA VERSATILIDAD NO DESCRITA ENTRE LAS RNASAS BACTERIANAS PARA CORTAR RNA DE CADENA DOBLE Y SIMPLE, SMYBEY INFLUYE EN LOS NIVELES INTRACELULARES DE MRNAS QUE ESPECIFICAN LA BIOSINTESIS DE LA NITROGENASA Y EL METABOLISMO DE LOS BACTEROIDES EN MICROAEROBIOSIS, Y VARIOS DE SUS SRNA ANTISENTIDO, COMO RNASA DE SUSTRATOS DE CADENA SIMPLE, JUNTO A RNASA E, SMYBEY PODRIA TAMBIEN TENER UNA FUNCION RELEVANTE EN LA BIOGENESIS DE NUEVOS RNAS REGULADORES QUE PERMANECEN SIN ANOTAR EN EL GENOMA DE S, MELILOTI,ESTA PROPUESTA SE FUNDAMENTA EN PROTOCOLOS RNA-SEQ DE VANGUARDIA PARA PROFUNDIZAR EN LA REGULACION POR RNA DEL METABOLISMO Y LA FIJACION SIMBIOTICA DE NITROGENO EN RIZOBIOS CON LOS OBJETIVOS ESPECIFICOS SIGUIENTES: I) DESCIFRAR LA REGULACION DE LA RED DE ABCR1, ABCR2 Y NFER1 A NIVEL TRANSCRIPCIONAL (PAPEL DE LSRB Y NTRC), POST-TRANSCRIPCIONAL (MEDIANTE SRNAS COMPETIDORES), Y POST-TRADUCCIONAL (OXIDACION DE CISTEINAS EN LSRB); II) DEFINIR LA FUNCION DE ESTOS SRNAS EN LA MODULACION DEL METABOLISMO SIMBIOTICO CON LA AYUDA DE MODELOS METABOLICOS EXISTENTES; III) CARACTERIZAR LOS COMPLEJOS DE SILENCIAMIENTO GENICO DE SMYBEY Y SU FUNCION EN LA REGULACION POR SRNAS ANTISENTIDO DEL METABOLISMO DE LOS BACTEROIDES Y LA FIJACION SIMBIOTICA DE NITROGENO; IV) DETERMINAR LA CONTRIBUCION DE RNASA E Y SMYBEY A LA BIOGENESIS DEL TRANSCRIPTOMA NO CODIFICANTE DE S, MELILOTI Y ACTUALIZAR SU ANOTACION GENOMICA DE FORMA PRECISA CON TODOS LOS LOCI NO CODIFICANTES DE PROTEINAS, S. MELILOTI\ALPHA-PROTEOBACTERIAS\RIBOREGULACION\SRNA\RNASES\RNA-SEQ

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