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PID2021-124738OB-I00

Financiado

INTERACCION ENTRE SUPERENROLLAMIENTO DEL DNA Y LA TRANSCRIPCION EN EL PATOGENO H...

INTERACCION ENTRE SUPERENROLLAMIENTO DEL DNA Y LA TRANSCRIPCION EN EL PATOGENO HUMANO STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE LA TOPOLOGIA DEL DNA ES ESENCIAL PARA UNA CORRECTA EXPRESION GENICA. SE MANTIENE POR LAS DNA TOPOISOMERASAS, ENZIMAS ESPECIFICAS QUE LLEVAN A CABO REACCIONES DE ROTURA-SELLADO: LAS DE TIPO II ACTUAN EN LA DOBLE HEBRA DEL DNA, LAS... ver más

01/01/2021

ISCIII

109K€

Presupuesto del proyecto: 109K€

Líder del proyecto

INSTITUTO DE SALUD CARLOS III (ISCIII) No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 4-5 | 23M€

Ver Participantes

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2021-01-01

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Participantes

ISCIII

Lider

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Líder del proyecto

INSTITUTO DE SALUD CARLOS III (ISCIII)

TRL 4-5 | 23M€

Presupuesto del proyecto 109K€

Descripción del proyecto LA TOPOLOGIA DEL DNA ES ESENCIAL PARA UNA CORRECTA EXPRESION GENICA. SE MANTIENE POR LAS DNA TOPOISOMERASAS, ENZIMAS ESPECIFICAS QUE LLEVAN A CABO REACCIONES DE ROTURA-SELLADO: LAS DE TIPO II ACTUAN EN LA DOBLE HEBRA DEL DNA, LAS DE TIPO I EN UNA DE LAS HEBRAS. EN STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (SPN) HAY DOS TOPOISOMERASAS DE TIPO II (GIRASA Y TOPOISOMERASA IV, TOPOIV) Y SOLAMENTE UNA DE TIPO I (TOPOISOMERASA I, TOPOI). PUESTO QUE CARECE DE LA MAYORIA DE LAS PROTEINAS-ASOCIADAS AL NUCLEOIDE (NAPS) DESCRITAS EN OTRAS BACTERIAS, LA HOMEOSTASIS DEL SUPERENROLLAMIENTO (SC) EN SPN OCURRE POR REGULACION DE LA TRANSCRIPCION DE LOS GENES DE SUS TOPOISOMERASAS. EL SC ACTUA COMO UN REGULADOR CIS DE LA TRANSCRIPCION EN BACTERIAS. LA DISPONIBILIDAD DE ANTIBIOTICOS DIRIGIDOS A CADA TOPOISOMERASA DE SPN, NOS HA PERMITIDO ANALIZAR EL TRANSCRIPTOMA EN CONDICIONES DE CAMBIOS EN EL SC, BIEN LOCAL O GLOBAL, ASI COMO IDENTIFICAR DOMINIOS DE SC. SIN EMBARGO, SE DESCONOCEN LOS MECANISMOS QUE ORGANIZAN EL GENOMA EN ESTOS DOMINIOS. EL SC CONTROLA LA TRANSCRIPCION Y, AL MISMO TIEMPO, LA TRANSCRIPCION MODIFICA EL NIVEL DE SC. DURANTE LA TRANSCRIPCION, SE GENERAN DOMINIOS TRANSITORIOS DE SC NEGATIVO Y POSITIVO DETRAS Y DELANTE DE LA RNA POLIMERASA (RNAP), RESPECTIVAMENTE. EN ESTE PROYECTO ESTUDIAREMOS LA INTERACCION ENTRE TRANSCRIPCION Y EL NIVEL DE SC, REALIZANDO UN ESTUDIO EN PROFUNDIDAD DE LA INTERACCION DE LA RNAP CON TOPOIV Y CON GIRASA. POR UN LADO SE REALIZARAN ENSAYOS BIOQUIMICOS IN VITRO PARA CONOCER LAS INTERACCIONES FISICAS ENTRE ESTAS ENZIMAS. POR OTRO LADO, SE LLEVARAN A CABO ESTUDIOS IN VIVO PARA DETERMINAR EL TIPO DE INTERACCION (ADITIVA, SINERGICA O ANTAGONISTA) ENTRE ANTIBIOTICOS QUE INHIBEN RNAP (RIFAMPICINA, RIF), TOPOI (SECONEOLITSINA), TOPOIV (LEVOFLOXACINA, LVX), O GIRASA (MOXIFLOXACINA, MXF; NOVOBIOCINA, NOV). ADEMAS, MEDIANTE INMUNOPRECIPITACION DE CROMATINA Y SECUENCIACION (CHIP-SEQ), SE ESTUDIARA LA OCUPACION GENOMICA IN VIVO DE TOPOIV Y GIRASA EN PRESENCIA DE ESTOS ANTIBIOTICOS, QUE SE COMPARARA CON LA OCUPACION DE RNAP. LA LOCALIZACION DE LAS TOPOISOMERASAS EN RELACION A LA DE RNAP APORTARA INFORMACION SOBRE LA ORGANIZACION DEL GENOMA EN DOMINIOS DE SC. SE DELIMITARAN ESTOS DOMINIOS OBTENIENDO MAPAS DE FRECUENCIAS DE INTERACCION IN VIVO ENTRE REGIONES CROMOSOMICAS UTILIZANDO LA TECNICA HI-C DE CAPTURA DE LA CONFORMACION CROMOSOMICA. SE DETERMINARA LA RELACION ENTRE UNION AL DNA Y LA FUNCION DE TOPOIV Y GIRASA COMPARANDO EL MAPA DE UNION AL GENOMA DE CADA ENZIMA Y EL MAPA DE LOS SITIOS DE CORTE QUE PRODUCE EN PRESENCIA DE LVX Y MXF. ADEMAS DE LAS DNA TOPOISOMERASAS, OTROS FACTORES QUE ACTUAN EN TRANS ESTAN IMPLICADOS EN LA COMPACTACION DEL CROMOSOMA, TALES COMO LOS RNAS NO-CODIFICANTES (NCRNAS), Y LAS NAPS, TALES COMO HU. INVESTIGAREMOS POR PRIMERA VEZ EN SPN, LA PRESENCIA DE NCRNAS EN EL NUCLEOIDE, QUE SE IDENTIFICARAN POR RNA-SEQ, Y SE ANALIZARA SU CONTRIBUCION A LA COMPACTACION. SE ESTUDIARA LA ASOCIACION IN VIVO DE LOS NCRNAS CON HU MEDIANTE INMUNOPRECIPITACION Y RNA-SEQ (RIP-SEQ). ADEMAS, SE ABORDARA EL PAPEL DE TRES PROTEINAS ABUNDANTES EN EL NUCLEOIDE, IDENTIFICADAS POR NUESTRO GRUPO, EN LA REGULACION DE LOS DOMINIOS DE SC. ESTO SE LLEVARA A CABO MEDIANTE EL ANALISIS DEL TRANSCRIPTOMA (RNA-SEQ) DE CEPAS QUE CARECEN DE ESTAS PROTEINA O LAS SOBREEXPRESAN. UCLEOIDE\FLUOROQUINOLONAS\CONFORMACION CHROMOSOMICA\PROTEINAS ASOCIADAS AL NUCLEOIDE\RNAS NO-CODIFICANTES\RNA-POLIMERASA\DNA-TOPOISOMERASAS\DOMINIOS TOPOLOGICOS

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