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BIO2017-82951-R

Financiado

ESTUDIO DE LOS FACTORES QUE ORGANIZAN EL CROMOSOMA DE STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE:...

ESTUDIO DE LOS FACTORES QUE ORGANIZAN EL CROMOSOMA DE STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE: NUEVAS DIANAS DE ANTIBIOTICOS Y MECANISMOS DE RESISTENCIA. EL CROMOSOMA BACTERIANO SE COMPACTA EN LA CELULA GRACIAS A LA ACCION DE LAS DNA TOPOISOMERASAS Y LA ASOCIACION DE LAS PROTEINAS DE UNION AL NUCLEOIDE (NAPS), EN STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (SPN) HAY TRES DNA TOPOISOMERASAS QUE MANTIE... ver más

01/01/2017

ISCIII

169K€

Presupuesto del proyecto: 169K€

Líder del proyecto

INSTITUTO DE SALUD CARLOS III (ISCIII) No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 4-5 | 23M€

Ver Participantes

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2017-01-01

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Participantes

ISCIII

Lider

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Líder del proyecto

INSTITUTO DE SALUD CARLOS III (ISCIII)

TRL 4-5 | 23M€

Presupuesto del proyecto 169K€

Descripción del proyecto EL CROMOSOMA BACTERIANO SE COMPACTA EN LA CELULA GRACIAS A LA ACCION DE LAS DNA TOPOISOMERASAS Y LA ASOCIACION DE LAS PROTEINAS DE UNION AL NUCLEOIDE (NAPS), EN STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (SPN) HAY TRES DNA TOPOISOMERASAS QUE MANTIENEN EL EQUILIBRIO DEL NIVEL DE SUPERENROLLAMIENTO DEL DNA: LA GIRASA (INTRODUCE SUPERENROLLAMIENTO NEGATIVO) LA TOPOISOMERASA I (RELAJA EL DNA) Y LA TOPOISOMERASA IV (RELAJA EN DNA Y ESTA INVOLUCRADA EN DECATENACION), EN CUANTO A LAS NAPS, SPN NO CUENTA CON LA MAYORIA DE LAS DESCRITAS PARA OTRAS BACTERIAS Y SE DESCONOCE LA FUNCION DE LAS IDENTIFICADAS HASTA EL MOMENTO, ADEMAS, EL RNA PODRIA JUGAR UN PAPEL IMPORTANTE EN LA COMPACTACION DEL CROMOSOMA, EN ESTE PROYECTO ESTUDIAREMOS LAS NAPS Y LOS RNAS IMPLICADOS EN LA ORGANIZACION DEL NUCLEOIDE DE SPN, EL AISLAMIENTO DE NUCLEOIDES NOS HA PERMITIDO IDENTIFICAR, TRAS ANALISIS PROTEOMICO, 9 POSIBLES NAPS, DE LAS QUE SE CARACTERIZARA SU UNION A DNA Y FUNCIONALIDAD IN VIVO EN MUTANTES DE DELECION O HIPERPRODUCTORES, TAMBIEN SE CARACTERIZARA LA INTERACCION DE LA PROTEINA HIPOTETICA SPR0929, ACTIVADORA ENZIMATICA DE LA TOPO I, CON DNA Y TOPO I MEDIANTE ENSAYOS DE CO-INMUNOPRECIPITACION,CROSS-LINKING Y EL SISTEMA BIACORE, SE TESTARA LA PRESENCIA DE RNAS EN EL NUCLEOIDE Y SE IDENTIFICARAN MEDIANTE RNA-SEQ, TAMBIEN SE IDENTIFICARAN LOS RNAS QUE INTERACCIONEN CON LAS NAPS IN VIVO MEDIANTE SECUENCIACION DE RNA INMUNOPRECIPITADO (RIP-SEQ) CON HU Y OTRAS NAPS DERIVADAS DEL ESTUDIO, ASI MISMO, SE DISEÑARAN RNAS ANTISENTIDO FRENTE AL GEN DE HU Y SE CLONARAN BAJO UN SISTEMA DE EXPRESION INDUCIBLE, COMPROBANDOSE SU EFECTO EN CRECIMIENTO Y VIABILIDAD, ESTE SISTEMA PODRA SERVIR COMO MODELO PARA EL DISEÑO DE OTROS RNAS ANTISENTIDO COMO ANTIMICROBIANOS, SE DELIMITARAN LOS DOMINIOS TOPOLOGICOS MEDIANTE LA OBTENCION DE UN MAPA DE LA FRECUENCIA DE CONTACTO DE REGIONES DEL CROMOSOMA IN VIVO, GRACIAS A LA TECNICA HI-C EN LA QUE SE FIJAN LOS CULTIVOS PARA CAPTURAR LAS INTERACCIONES PROTEINA-DNA Y DNA-DNA, SE ANALIZARA TAMBIEN EL PAPEL DE LAS REGIONES RICAS EN %AT (ATR) COMO POSIBLES HOT-SPOTS DE RECOMBINACION MEDIANTE LA INTRODUCCION DE UNA ATR EN DIFERENTES DOMINIOS Y MIDIENDOSE LA EFICACIA BIOLOGICA DE LAS DIFERENTES CEPAS CONSTRUIDAS, SE ESTUDIARA LA LOCALIZACION IN VIVO DE LAS TOPOISOMERASAS CON RESPECTO AL COMPLEJO DE TRANSCRIPCION Y SU POSIBLE PAPEL EN LA ORGANIZACION DEL CROMOSOMA EN DOMINIOS MEDIANTE INMUNOPRECIPITACION DE CROMATINA (CHIP) CON LAS TOPOISOMERASAS Y LA RNA POLIMERASA, SE ESTUDIARA LA OCUPACION DE CBF1 Y SE COMPARARA CON LA DE HU, PARA LLEVAR A CABO LA CHIP, SE FIJARAN LOS COMPLEJOS DNA-PROTEINA EN CULTIVOS DE R6 Y POSTERIORMENTE SE INMUNOPRECIPITARAN CON ANTICUERPOS FRENTE A LAS DIFERENTES PROTEINAS, POR OTRA PARTE, SE CARACTERIZARA UNA NUEVA BOMBA DE EFLUJO QUE CONFIERE RESISTENCIA A LEVOFLOXACINA (LVX), UNA FLUOROQUINOLONA UTILIZADA EN TRATAMIENTO, ESTA BOMBA, PRESENTE EN STREPTOCOCCUS PSEUDONEUMONIAE (SPS), PODRIA ESTAR TAMBIEN PRESENTE EN SPN, O BIEN SER TRANSFERIDA DESDE SPS, IDENTIFICAREMOS EL GEN CODIFICANTE DE LA BOMBA POR SECUENCIACION GENOMICA DE DOS AISLADOS DE SPS CON FENOTIPO DE EFLUJO, SE MEDIRA EL FLUJO DE BROMURO DE ETIDIO (BRET) Y LVX POR ESPECTROFOTOMETRIA DE FLUORESCENCIA Y SE CUANTIFICARA LA EXPRESION DEL GEN DE LA BOMBA EN PRESENCIA DE BRET Y LVX, TAMBIEN SE ESTUDIARA EL PAPEL DEL HIERRO, LOS BIOFILMS Y LOS BACTERIOFAGOS EN EL EFECTO ANTIBIOTICO Y POSTANTIBIOTICO DE SECONEOLITSINA Y FLUOROQUINOLONAS, NUCLEOIDE\DOMINIOS TOPOLÓGICOS\DNA TOPOISOMERASAS\NAPS\RNA ESTRUCTURAL\CONFORMACIÓN CROMOSÓMICA\FLUOROQUINOLONAS

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