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BFU2017-88264-P

Financiado
UNA METODOLOGIA INTEGRATIVA PARA EL ANALISIS EVOLUTIVO ROBUSTO DE FAMILIAS DE GE...
UNA METODOLOGIA INTEGRATIVA PARA EL ANALISIS EVOLUTIVO ROBUSTO DE FAMILIAS DE GENES PARALOGOS DE PROTEINAS Y RNA ANTECEDENTES: EL ACTUAL RITMO DE GENERACION DE DATOS DERIVADOS DE PROYECTOS GENOMICOS HA LLEVADO A LOS METODOS DE ALINEAMIENTO MULTIPLE DE SECUENCIAS Y A LAS HERRAMIENTAS DE MODELADO EVOLUTIVO A SU LIMITE, EN LA ESCALA ACTUAL, SE... ANTECEDENTES: EL ACTUAL RITMO DE GENERACION DE DATOS DERIVADOS DE PROYECTOS GENOMICOS HA LLEVADO A LOS METODOS DE ALINEAMIENTO MULTIPLE DE SECUENCIAS Y A LAS HERRAMIENTAS DE MODELADO EVOLUTIVO A SU LIMITE, EN LA ESCALA ACTUAL, SE HAN INFORMADO DE PROBLEMAS DE REPETIBILIDAD, ROBUSTEZ Y PRECISION, ES POR TANTO DE ALTA PRIORIDAD MEJORAR ESTAS HERRAMIENTAS Y CUANTIFICAR DE ANTEMANO SU EXACTITUD CUANDO SE TRATA DE CONJUNTOS DE DATOS MUY GRANDES, VISION GLOBAL: PARAGLIDE PROPORCIONARA UNA COLECCION DE HERRAMIENTAS PARA EL ALINEAMIENTO MULTIPLE DE SECUENCIAS A GRAN ESCALA Y EL MODELADO EVOLUTIVO DE GENES PARALOGOS, PARA ALCANZAR ESTE OBJETIVO, PARAGLIDE INCORPORARA GRANDES VOLUMENES DE INFORMACION ESTRUCTURAL TANTO AL COMPUTAR LOS ALINEAMIENTOS MULTIPLE DE SECUENCIAS COMO AL COMPUTAR SUS FILOGENIAS CORRESPONDIENTES, SE PONDRA ESPECIAL ENFASIS EN PROPORCIONAR A LA COMUNIDAD UNA HERRAMIENTA FACIL DE IMPLEMENTAR DE UNA MANERA REPETIBLE GRACIAS A SU INTEGRACION CON LA TECNOLOGIA DE CONTENERIZACION, FINALMENTE, PRESTAREMOS UN ESPECIAL INTERES EN DESARROLLAR METODOS QUE HAGAN POSIBLE MONITORIZAR LA FIABILIDAD LOCAL DE LOS MODELOS, PERMITIENDO ASI UNA ESTIMACION SISTEMATICA DE LA ROBUSTEZ DEL ANALISIS, PARAGLIDE SE DESARROLLARA TANTO PARA RNA COMO PARA SECUENCIAS PROTEICAS, IMPLEMENTACION: LA IMPLEMENTACION DEL PROYECTO REQUERIRA UNA ESTRECHA COLABORACION INTERDISCIPLINARIA ENTRE LAS CIENCIAS COMPUTACIONALES, TECNOLOGIAS DE LA INFORMACION, BIOLOGIA MOLECULAR Y BIOLOGIA ESTRUCTURAL, EL PROYECTO MISMO DEPENDERA DE LA INFRAESTRUCTURA COMPUTACIONAL DE ALTO RENDIMIENTO DEL CRG Y REQUERIRA UN TOTAL DE 168 HOMBRE/MES DURANTE UN PERIODO DE TRES AÑOS, DE LOS CUALES 78 DE ELLOS SERAN CUBIERTOS POR EL PRESUPUESTO INTERNO DEL LABORATORIO, DISEMINACION: LAS VALIDACIONES DE LOS METODOS SERAN PUBLICADOS EN REVISTAS Q1 – Y POSIBLEMENTE D1, LOS PROPIOS METODOS SERAN IMPLEMENTADOS COMO SOFTWARE ACCESIBLE PUBLICAMENTE MEDIANTE SU PUBLICACION EN GITHUB, LA FORMACION SERA ORGANIZADA IN SITU UTILIZANDO EL APOYO INTERNACIONAL A LA FORMACION DEL CRG, COURSES@CRG, APLICACIONES: EL PROYECTO ABORDA UNA DE LOS MAS ASPECTOS MAS BASICOS DE LA BIOLOGIA MODERNA, Y SUS APLICACIONES SON NUMEROSAS, YENDO DESDE EL DESARROLLO DE MEDICAMENTOS HASTA LA MEDICINA PERSONALIZADA PASANDO POR LA IDENTIFICACION DE NUEVOS MECANISMOS MOLECULARES, EN RESUMEN, LAS HERRAMIENTAS AQUI DESARROLLADAS PUEDEN AYUDAR A CONTRIBUIR A CUALQUIER ANALISIS BIOLOGICO EN EL QUE LA IDENTIFICACION DE UNA PRESION EVOLUTIVA PUEDA AYUDAR A ARROJAR ALGUNA LUZ SOBRE EL TEMA INVESTIGADO, EXPERIENCIA DEL GRUPO: EL PROYECTO SERA LLEVADO A CABO POR EL GRUPO DE BIOINFORMATICA COMPARATIVA, CRG, BARCELONA, CON MAS DE 88 PUBLICACIONES Y MAS DE 14,000 CITAS EL GRUPO ESTA ENTRE LOS LIDERES MUNDIALES EN EL DESARROLLO DE METODOS PARA LA COMPARACION MULTIPLE DE SECUENCIAS, EL GRUPO HA CONTRIBUIDO A ALGUNOS DE LOS PROYECTOS COLABORATIVOS MAS IMPORTANTES (ENCODE, GENOMA DE LA JUDIA, GENOMA DEL PAVO, GENOMA DEL LINCE) Y TIENE UNA AMPLIA EXPERIENCIA EN EL DESARROLLO Y MANTENIMIENTO DE HERRAMIENTAS SUMAMENTE POPULARES COMO T-COFFEE O EXPRESSO, EL CRG PROVEE UN ENTORNO EXCEPCIONAL EN EL QUE EL GRUPO ENCONTRARA TODO EL APOYO NECESARIO,PALABRAS CLAVE: ALINEAMIENTO MULTIPLE DE SECUENCIAS, RECONSTRUCCION EVOLUTIVA, ARN NO CODIFICANTE, PROTEINAS, GENES PARALOGOS ALINEAMIENTO MÚLTIPLE DE SECUENCIAS\RECONSTRUCCIÓN EVOLUTIVA\ARN NO CODIFICANTE\PROTEÍNAS\GENES PARÁLOGOS ver más
01/01/2017
FUNDACIO PRIVADA C...
211K€
Perfil tecnológico estimado

Línea de financiación: concedida

El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2017-01-01
Presupuesto El presupuesto total del proyecto asciende a 211K€
Líder del proyecto
FUNDACIO PRIVADA CENTRE DE REGULACIO GENOMICA Otras actividades deportivas asociacion
Perfil tecnológico TRL 4-5 50K