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BFU2008-00419

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ALINEACION DE GENOMAS MULTIPLES PROFUNDOS CON G-COFFEE

PLANEAMOS DESARROLLAR UN METODO DE ALINEACION GENOMICA MULTIPLE LLAMADO G-COFFEE, G-COFFEE SERA UN META-METODO CONSTRUIDO EN EL MARCO DEL T-COFFEE ALINEACION MULTIPLE, HARA POSIBLE LA COMBINACION DE TODOS LOS PAQUETES DISPONIBLES... ver más

01/01/2008

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188K€

Presupuesto del proyecto: 188K€

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FUNDACIO PRIVADA CENTRE DE REGULACIO GENOMICA Otras actividades deportivas asociacion

TRL 4-5 | 50K€

Fecha límite participación Sin fecha límite de participación.

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2008-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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Líder del proyecto

FUNDACIO PRIVADA CENTRE DE REGULACIO GENOMICA Otras actividades deportivas asociacion

TRL 4-5 | 50K€

Presupuesto del proyecto 188K€

Fecha límite de participación Sin fecha límite de participación.

Descripción del proyecto PLANEAMOS DESARROLLAR UN METODO DE ALINEACION GENOMICA MULTIPLE LLAMADO G-COFFEE, G-COFFEE SERA UN META-METODO CONSTRUIDO EN EL MARCO DEL T-COFFEE ALINEACION MULTIPLE, HARA POSIBLE LA COMBINACION DE TODOS LOS PAQUETES DISPONIBLES DE ALINEACION GENOMICA MULTIPLE EN UN UNICO METODO, G-COFFEE SERA TAMBIEN CAPAZ DE INTEGRAR METODOS DE ALINEACION GENICA MULTIPLE (P,E, PROTEINAS, RNA, PROMOTORES) PARA SALVAR LA DISTANCIA ENTRE LOS METODOS DE BAJO NIVEL (ALINEACION DE SECUENCIA MULTIPLE) Y METODOS DE ALTO NIVEL (ALINEACION GENOMICA MULTIPLE), ESPERAMOS QUE ESTA COMBINACION FACILITE LA COMPARACION MAS FIEL DE GENOMAS DE BAJA RELACION (RELACIONES FILOGENETICAS PROFUNDAS), TAMBIEN DESARROLLAREMOS UN POTENTE ENTORNO DE BENCHMARKING PARA DETERMINAR LA EXACTITUD RELATIVA DEL G-COFFEE Y OTROS METODOS DE ALINEACION GENOMICA MULTIPLE, POR ENCIMA DE TODO, G-COFFE DEBERIA FACILITAR LA COMPARACION DE GENOMAS DE BAJA RELACION, IDENTIFICAR REGIONES HOMOLOGAS, ESTUDIAR LA DUPLICACION INTERNA E IDENTIFICAR PATRONES DE CONSERVACION SUTILES EN LA ESCALA GENOMICA, G-COFFEE ESTARA DISPONIBLE PARA LA COMUNIDAD, TANTO COMO UN PAQUETE AUTONOMO DE LIBRE ACCESO, COMO UN SERVICIO ONLINE EN WWW,TCOFFEE,ORG, T-Coffee\G-Coffee\alineación multiple de genoma.

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