Descripción del proyecto
PLANEAMOS DESARROLLAR UN METODO DE ALINEACION GENOMICA MULTIPLE LLAMADO G-COFFEE, G-COFFEE SERA UN META-METODO CONSTRUIDO EN EL MARCO DEL T-COFFEE ALINEACION MULTIPLE, HARA POSIBLE LA COMBINACION DE TODOS LOS PAQUETES DISPONIBLES DE ALINEACION GENOMICA MULTIPLE EN UN UNICO METODO, G-COFFEE SERA TAMBIEN CAPAZ DE INTEGRAR METODOS DE ALINEACION GENICA MULTIPLE (P,E, PROTEINAS, RNA, PROMOTORES) PARA SALVAR LA DISTANCIA ENTRE LOS METODOS DE BAJO NIVEL (ALINEACION DE SECUENCIA MULTIPLE) Y METODOS DE ALTO NIVEL (ALINEACION GENOMICA MULTIPLE), ESPERAMOS QUE ESTA COMBINACION FACILITE LA COMPARACION MAS FIEL DE GENOMAS DE BAJA RELACION (RELACIONES FILOGENETICAS PROFUNDAS), TAMBIEN DESARROLLAREMOS UN POTENTE ENTORNO DE BENCHMARKING PARA DETERMINAR LA EXACTITUD RELATIVA DEL G-COFFEE Y OTROS METODOS DE ALINEACION GENOMICA MULTIPLE, POR ENCIMA DE TODO, G-COFFE DEBERIA FACILITAR LA COMPARACION DE GENOMAS DE BAJA RELACION, IDENTIFICAR REGIONES HOMOLOGAS, ESTUDIAR LA DUPLICACION INTERNA E IDENTIFICAR PATRONES DE CONSERVACION SUTILES EN LA ESCALA GENOMICA, G-COFFEE ESTARA DISPONIBLE PARA LA COMUNIDAD, TANTO COMO UN PAQUETE AUTONOMO DE LIBRE ACCESO, COMO UN SERVICIO ONLINE EN WWW,TCOFFEE,ORG, T-Coffee\G-Coffee\alineación multiple de genoma.