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BFU2014-55062-P

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LONOTO: UN CONJUNTO DE HERRAMIENTAS EVOLUTIVAS PARA EL ANALISIS SISTEMATICO DE LONG NON CODING RNAS ESTE PROYECTO DESCRIBE EL DESARROLLO DE UNA SERIE DE NUEVOS ALGORITMOS Y METODOS BIOINFORMATICOS PARA EL ESTUDIO SISTEMATICO DE LONG NON CODING RNA (LNCRNAS) USANDO LA MODELIZACION DE HOMOLOGIAS, EN MENOS DE CINCO AÑOS, LOS LNCRNA... ver más

01/01/2014

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194K€

Presupuesto del proyecto: 194K€

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TRL 4-5 | 50K€

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TRL 4-5 | 50K€

Presupuesto del proyecto 194K€

Descripción del proyecto ESTE PROYECTO DESCRIBE EL DESARROLLO DE UNA SERIE DE NUEVOS ALGORITMOS Y METODOS BIOINFORMATICOS PARA EL ESTUDIO SISTEMATICO DE LONG NON CODING RNA (LNCRNAS) USANDO LA MODELIZACION DE HOMOLOGIAS, EN MENOS DE CINCO AÑOS, LOS LNCRNAS HAN SIDO IDENTIFICADOS COMO EL PRINCIPAL CONJUNTO DE GENES EN HUMANOS Y OTRAS EUCARIOTAS, ELUCIDAR LA FUNCION DE ESTA NUEVA CLASE DE GENES SE HA CONVERTIDO EN UN RETO MUY IMPORTANTE, SIN EMBARGO, ES SIGNIFICATIVAMENTE MAS COMPLEJO USAR LA COMPARACION DE SECUENCIAS CUANDO SE TRABAJA CON LNCRNAS QUE CUANDO SE TRABAJA CON PROTEINAS O RNA MAS CORTOS, NUESTRO OBJETIVO ES DESARROLLAR UNA SERIE DE HERRAMIENTAS BASADAS EN NUEVOS CONCEPTOS QUE PERMITAN A LA COMUNIDAD CIENTIFICA USAR TODO EL POTENCIAL DEL MODELADO DE SECUENCIAS CUANDO SE TRABAJA CON LNCRNAS, PARA DISEÑAR ESTOS NUEVOS ALGORITMOS, TENEMOS QUE EXPLORAR LA INFLUENCIA DE MUCHAS CARACTERISTICAS ESPECIFICAS DE LOS LNCRNAS (LONGITUD, BAJA DENSIDAD DE INFORMACION, RAPIDA EVOLUCION Y ESTRUCTURAS SECUNDARIAS POCO CONSERVADAS) CON EL ANALISIS DE HOMOLOGIA, ESTAS PROPIEDADES HACEN QUE SEA DIFICIL TRABAJAR CON LNCRNAS USANDO LAS HERRAMIENTAS ESTANDARES, QUE ESPERAN O BIEN UNA SECUENCIA PRIMARIA ALTAMENTE CONSERVADA (PROTEINAS) O ESTRUCTURAS SECUNDARIAS ALTAMENTE CONSERVADAS (SHORT RNAS), NUESTROS METODOS ABORDARAN ESTAS CUESTIONES A TODOS LOS NIVELES NECESARIOS, INCLUYENDO LA DETECCION MEDIANTE EL DESARROLLODE UN SPLIT-ALIGNER PERMITIENDO LA ANOTACION SISTEMATICA Y EL PERFIL EVOLUTIVO, EL ANALISIS FILOGENETICO Y FUNCIONAL MEDIANTE EL DESARROLLO DE UN ALINEADOR MULTIPLE BASADO EN MOTIVOS/MOTIF BASED MULTIPLE ALIGNER INCLUYENDO UN ESTIMADOR DEL INDICE DE FIABILIDAD, Y UNA METODOLOGIA PARA EL ANALISIS POST-PROCESAMIENTO PARA LA IDENTIFICACION DE MUTACIONES POTENCIALMENTE DAÑINAS, LA MAYOR PARTE DEL TRABAJO CONSISTIRA EN EL DESARROLLO Y VALIDACION DE ESTOS NUEVOS ALGORITMOS, ESTOS METODOS SERAN ENTONCES IMPLEMENTADOS EN SOFTWARE DE CODIGO ABIERTO QUE SE PONDRAN A DISPOSICION DE LA COMUNIDAD, YA SEA EN PAQUETES INDEPENDIENTES O A TRAVES DE INTERFACES EN SERVIDORES WEB DEDICADOS, DADA LA IMPORTANCIA DE LOS ESTUDIOS DE LNCRNA EN LOS ULTIMOS AÑOS, ESPERAMOS QUE ESTAS HERRAMIENTAS TENGAN UNA GRAN INFLUENCIA EN ESTE CAMPO Y NOS AYUDEN A UNA MEJOR COMPRESION DE LA FUNCION DE ESTA NUEVA CLASE DE TRANSCRITOS COMPLEJOS, BIOINFORMÁTICA\ALINEAMIENTO MÚLTIPLE DE SECUENCIAS\LONG NON CODING RNA\RECONSTRUCCIÓN EVOLUTIVA

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