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PID2020-115557GB-I00

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ESCALA DE ALINEACION DE SECUENCIA MULTIPLE UTILIZANDO INFORMACION ESTRUCTURAL PR...

ESCALA DE ALINEACION DE SECUENCIA MULTIPLE UTILIZANDO INFORMACION ESTRUCTURAL PREDICHA SEQALUP ES UN PROYECTO METODOLOGICO, SU OBJETIVO ES DESARROLLAR, DENTRO DE UN MARCO HOMOGENEIZADO Y VALIDADO CIENTIFICAMENTE, METODOS DE MODELADO DE ALTA CALIDAD QUE PERMITAN LA INTEGRACION DE INFORMACION ESTRUCTURAL, SECUENCIAL Y... ver más

01/01/2020

FUNDACIO PRIVADA C...

242K€

Presupuesto del proyecto: 242K€

Líder del proyecto

FUNDACIO PRIVADA CENTRE DE REGULACIO GENOMICA Otras actividades deportivas asociacion

TRL 4-5 | 50K€

Fecha límite participación Sin fecha límite de participación.

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Líder del proyecto

FUNDACIO PRIVADA CENTRE DE REGULACIO GENOMICA Otras actividades deportivas asociacion

TRL 4-5 | 50K€

Presupuesto del proyecto 242K€

Fecha límite de participación Sin fecha límite de participación.

Descripción del proyecto SEQALUP ES UN PROYECTO METODOLOGICO, SU OBJETIVO ES DESARROLLAR, DENTRO DE UN MARCO HOMOGENEIZADO Y VALIDADO CIENTIFICAMENTE, METODOS DE MODELADO DE ALTA CALIDAD QUE PERMITAN LA INTEGRACION DE INFORMACION ESTRUCTURAL, SECUENCIAL Y EVOLUTIVA, UN OBJETIVO IMPORTANTE DEL PROYECTO ES APROVECHAR AL MAXIMO LOS RECIENTES AVANCES EN EL CAMPO DE LA PREDICCION DE ESTRUCTURAS PROTEICAS AB-INITIO, ESTE PROYECTO HA SIDO ESCRITO BAJO EL SUPUESTO DE QUE ESTOS RECIENTES AVANCES TENDRAN UN GRAN IMPACTO EN EL ANALISIS DE SECUENCIAS, QUE ES UNO DE LOS METODOS MAS UTILIZADOS EN BIOLOGIA,EL PROYECTO TIENE COMO OBJETIVO LLEVAR EL MODELADO POR ALINEAMIENTO MULTIPLE DE SECUENCIAS A UNA ESCALA SIN PRECEDENTES AL AUMENTAR LA INTEGRACION DE INFORMACION ESTRUCTURAL DURANTE EL ALINEAMIENTO DE LAS SECUENCIAS, DURANTE EL ULTIMO PERIODO DEL PN, HEMOS LOGRADO DESARROLLAR UN NUEVO MARCO ALGORITMICO CAPAZ DE PROCESAR HASTA 1,5 MILLONES DE SECUENCIAS DE PROTEINAS HOMOLOGAS Y QUE DESTACA POR OBTENER UNA PRECISION MAYOR A LA DE CUALQUIER OTRO METODO ALTERNATIVO, DESAFORTUNADAMENTE, EL METODO DEBE AUN MEJORARSE PARA PODER MANEJAR LOS CONJUNTOS DE DATOS VENIDEROS DE ALREDEDOR DE 100 MILLONES DE SECUENCIAS, A ESTE RESPECTO, TENEMOS PLANES PRECISOS SOBRE COMO ADAPTAR NUESTRO MARCO REGRESIVO, QUE FUE PUBLICADO RECIENTEMENTE, PARA ABORDAR ESTE PROBLEMA (TASK T,1 MSA SCALE UP BY HOMOPLASY REDUCTION), EN SEGUNDO LUGAR, ESTOS MODELOS MASIVOS SOLO PUEDEN SER PRECISOS PARCIALMENTE YA QUE: SIEMPRE PRESENTARAN SECUENCIAS NO RELACIONADAS, CONSIDERABLES PORCIONES POCO FIABLES Y UNA CANTIDAD DE RUIDO NO ESPECIFICADA, SER CAPAZ DE IDENTIFICAR TODOS ESTOS FACTORES ES TAN IMPORTANTE COMO LA PRECISION GENERAL EN SI, POR ESTA RAZON, ADAPTAREMOS LAS METRICAS DE PRECISION ESCALADA DE CONSISTENCIA TRANSITIVA (TCS, POR SUS SIGLAS EN INGLES) A ESTOS MODELOS A GRAN ESCALA (TASK T,2 MSA ACCURACY PREDICTION SCALE UP), EN TERCER LUGAR, EL MARCO REGRESIVO SE PRESTA AL DESPLIEGUE Y LA INTEGRACION DE METODOS DE ALTA PRECISION MEDIANTE EL REEMPLAZO DE LAS SECUENCIAS INDIVIDUALES POR LAS PLANTILLAS APROPIADAS QUE SE BASEN O BIEN EN ESTRUCTURAS O BIEN EN PERFILES, LA FORMA EN QUE ESTA INTEGRACION SE PODRA LLEVAR A CABO SERA UN TEMA DE INVESTIGACION CENTRADO EN EL ESTABLECIMIENTO DE ARBOLES GUIA BASADOS EN ESTRUCTURAS, ESTAMOS ESPECIALMENTE INTERESADOS EN LA EVALUACION DEL IMPACTO DE LA PREDICCION AB-INITIO 3D DE LA ESTRUCTURA TANTO EN LA PRECISION DE LOS ARBOLES GUIA (COMO CONTINUACION DEL COMPONENTE PHYLO3D DE NUESTRO PLAN NACIONAL PREVIO) COMO POR SUPUESTO EN LOS ALINEAMIENTOS EN SI SUPONIENDO DE ESTE MODO UNA AMPLIACION DEL PROCEDIMIENTO 3D-COFFEE (TASK T3, REGRESSIVE MSA SCALE UP USING STRUCTURE BASED GUIDE TREES),EN CUARTO LUGAR, ESTAMOS PLANEANDO INVESTIGAR MAS A FONDO Y CUANTIFICAR LAS PROPIEDADES EVOLUTIVAS DE LOS ARBOLES GUIA BASADOS EN ESTRUCTURAS Y PARTICULARMENTE LA IDONEIDAD DE LAS DISTANCIAS INTRAMOLECULARES PARA SER UTILIZADAS COMO CARACTERES EVOLUTIVOS, ALGUNOS DE NUESTROS RESULTADOS PRELIMINARES SUGIEREN QUE ESTO EFECTIVAMENTE PODRIA SER ASI, AUNQUE TODAVIA NO SE HA CUANTIFICADO ESTE EFECTO DE UNA MANERA QUE LO HICIERA COMPARABLE A CONCEPTOS EVOLUTIVOS CLAVE YA ESTABLECIDOS, COMO LA EVOLUCION PURIFICADORA Y LA NEUTRAL, (TASK T4, INTRA MOLECULAR DISTANCE EVOLUTION AS A PHYLOGENETIC CHARACTER) FINALMENTE, EL DESARROLLO DE ESTOS NUEVOS ANALISIS Y ESPECIALMENTE SU VALIDACION REQUERIRA DE ALGUNAS ADAPTACIONES DE NUESTRO MARCO COMPUTACIONAL NEXTFLOW (TASK T5, NF-BENCHMARK), BIOINFORMATICA\GENOMICA COMPARADA\ALINEACION DE SECUENCIAS MULTIPLES\FILOGENIA\PREDICCION DE LA ESTRUCTURA DE PROTEINAS\BIOINFORMATICS PIPELINE

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