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PID2019-109041GB-C22

Financiado

PROCESOS DE SUSTITUCION CON SELECCION SOBRE LA ESTRUCTURA Y LA ESTABILIDAD DE LA...

PROCESOS DE SUSTITUCION CON SELECCION SOBRE LA ESTRUCTURA Y LA ESTABILIDAD DE LAS PROTEINAS PARA INFERENCIA FILOGENETICA Y PREDICCION DE LAS MUTACIONES LOS MODELOS MATEMATICOS QUE DESCRIBEN COMO LOS AMINO-ACIDOS SON SUSTITUIDOS EN EL CURSO DE LA EVOLUCION EN LAS SECUENCIAS DE LAS PROTEINAS SON NECESARIOS PARA INFERIR LOS PROCESOS EVOLUTIVOS, LOS ARBOLES FILOGENETICOS Y LAS SECUEN... ver más

01/01/2019

CSIC

91K€

Presupuesto del proyecto: 91K€

Líder del proyecto

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGA... No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 2-3 | 552M€

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2019-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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Líder del proyecto

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGA... No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 2-3 | 552M€

Presupuesto del proyecto 91K€

Descripción del proyecto LOS MODELOS MATEMATICOS QUE DESCRIBEN COMO LOS AMINO-ACIDOS SON SUSTITUIDOS EN EL CURSO DE LA EVOLUCION EN LAS SECUENCIAS DE LAS PROTEINAS SON NECESARIOS PARA INFERIR LOS PROCESOS EVOLUTIVOS, LOS ARBOLES FILOGENETICOS Y LAS SECUENCIAS ANCESTRALES MAS PROBABLES, Y PARA DETERMINAR CUALES PROTEINAS Y RESIDUOS SON SOMETIDOS MAS FUERTEMENTE A LA SELECCION NATURAL, ES DIFICIL SOBREESTIMAR LA IMPORTANCIA DE ESTAS INFERENCIAS, TANTO A NIVEL PRACTICO COMO PARA MEJORAR NUESTRO CONOCIMIENTO DE LA HISTORIA DE LA VIDA Y DE LOS MECANISMOS DE LA EVOLUCION, SIN EMBARGO, LOS MODELOS QUE SE USAN TRADICIONALMENTE PARA ESTOS FINES NO CONTEMPLAN TODAVIA LOS GRANDES CONOCIMIENTOS QUE HEMOS ADQUIRIDO SOBRE LA BIOFISICA DE LAS PROTEINAS, EN PARTICULAR SUS ESTRUCTURAS, ESTABILIDAD Y DINAMICA, TIEMPO ATRAS, HEMOS INTRODUCIDO UN NUEVO MODELO EVOLUTIVO QUE TIENE EN CUENTA LA ESTRUCTURA, MODELANDO LA SELECCION PARA CONSERVAR LA ESTABILIDAD TERMODINAMICA DE LAS PROTEINAS, ESTE MODELO PREDICE CUALES POSICIONES SON MAS RESTRINGIDAS POR LA SELECCION NATURAL, MEJORANDO LAS INFERENCIAS FILOGENETICAS, PERO POSTULA POR SIMPLICIDAD QUE LAS MUTACIONES NO MODIFICAN LA ESTRUCTURA NATIVA, MIENTRAS QUE SE SABE, Y NUESTRO PROPIO TRABAJO LO CONFIRMA, QUE LOS CAMBIOS DE ESTRUCTURA SON UNA DIANA IMPORTANTE DE LA SELECCION NATURAL, PERO ES DIFICIL PREDECIRLOS, ADOPTAREMOS NUESTRO MODELO DE RED ELASTICA DE ANGULOS DE TORSION (TNM) PARA PREDECIR COMO LA ESTRUCTURA DE LA PROTEINA CAMBIA EN RESPUESTA A LA PERTURBACION INTRODUCIDA POR UNA MUTACION, Y USAREMOS ESTAS PREDICCIONES PARA CONSTRUIR UN MODELO MEJORADO DEL PROCESO DE SUSTITUCION CON SELECCION SOBRE CAMBIOS DE ESTRUCTURA Y DE ESTABILIDAD, EVALUANDO NUESTROS NUEVOS MODELOS POR SU ACUERDO CON LAS OBSERVACIONES EMPIRICAS,EL TRABAJO PROPUESTO TIENE IMPORTANTES APLICACIONES, EN EL CONTEXTO EVOLUTIVO, ESPERAMOS QUE MEJORE LAS INFERENCIAS FILOGENETICAS, LOS ALINEAMIENTOS Y LAS RELACIONES EVOLUTIVAS ESTIMADAS ENTRE PROTEINAS, ESPERAMOS QUE MEJORE TAMBIEN LOS METODOS PARA PREDECIR LAS CONSECUENCIAS DE LAS MUTACIONES, QUE TIENEN GRAN IMPORTANCIA PARA ENTENDER LAS ENFERMEDADES CAUSADAS POR EL MAL FUNCIONAMIENTO DE LAS PROTEINAS Y BUSCAR POSIBLES TERAPIAS, EN ESTA LINEA, COLABORAREMOS CON EL GRUPO DEL DR, PABLO CHACON, QUE TIENE UN ENFOQUE COMPLEMENTARIO AL NUESTRO, ADEMAS, APLICAREMOS NUESTRO MODELO PARA PREDECIR EL EFECTO DE PEQUEÑAS INSERCIONES Y ELIMINACIONES EN LA SECUENCIA COMO PUNTO DE PARTIDA PARA MODELAR BUCLES DE ESTRUCTURAS DE PROTEINAS, QUE SERA OTRO IMPORTANTE OBJETIVO CONJUNTO DE NUESTROS GRUPOS, LOS BUCLES SON LAS REGIONES DE LAS PROTEINAS MAS FLEXIBLES, QUE EVOLUCIONAN MAS RAPIDAMENTE, Y QUE ACUMULAN LOS CAMBIOS FUNCIONALES MAS IMPORTANTES A LO LARGO DE LA EVOLUCION, POR ESTAS RAZONES, PREDECIR LA ESTRUCTURA DE LOS BUCLES ES UN RETO MUY IMPORTANTE Y DIFICIL DE LA BIOLOGIA ESTRUCTURAL, NUESTROS GRUPOS SE ENFRENTARAN A ESTE RETO CON EXPERIENCIAS COMPLEMENTARIAS, APROVECHAREMOS DE LA COLABORACION PROPUESTA PARA APLICAR A LOS BUCLES UNA TECNICA COMPUTACIONAL QUE HEMOS DESARROLLADO RECIENTEMENTE PARA DETERMINAR LA TRANSFORMACION OPTIMA DE LOS ANGULOS DE TORSION QUE PRODUZCA UN BUEN SOLAPAMIENTO ENTRE UNA MOLECULA MOLDE Y UNA DIANA, APLICAREMOS ESTA TECNICA TAMBIEN AL MODELADO ATOMICO DE MAPAS DE MICROSCOPIA ELECTRONICA DE BAJA RESOLUCION, UN CAMPO EN EL CUAL EL DR, CHACON ES UN LIDER INTERNACIONAL, FINALMENTE, APLICAREMOS NUESTRAS HERRAMIENTAS COMPUTACIONALES A PROTEINAS CONCRETAS, EN COLABORACION CON GRUPOS EXPERIMENTALES, EVOLUCION MOLECULAR\INFERENCIAS FILOGENETICAS\MUTACIONES\BIOLOGIA ESTRUCTURAL\PLEGAMIENTO DE PROTEINAS\MODELOS DE RED ELASTICA\BUCLES EN PROTEINAS

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