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PGC2018-100941-A-I00

Financiado

DESARROLLO DE NUEVOS METODOS DE GENETICA DE POBLACIONES PARA EXAMINAR LAS MANERA...

DESARROLLO DE NUEVOS METODOS DE GENETICA DE POBLACIONES PARA EXAMINAR LAS MANERAS DE EVOLUCION DE CANCER A PARTIR DE MI TRABAJO COMO DOCTORANDA, HE TRABAJADO EN UNA VARIEDAD DE TEMAS EN LOS CAMPOS DE LA EVOLUCION, GENETICA DE POBLACIONES Y BIOFISICA, SU CARACTERISTICA COMUN HA SIDO EL DESARROLLO DE MODELOS MATEMATICOS Y DE NUEVOS MET... ver más

01/01/2018

FUNDACIO PRIVADA C...

145K€

Presupuesto del proyecto: 145K€

Líder del proyecto

FUNDACIO PRIVADA CENTRE DE REGULACIO GENOMICA Otras actividades deportivas asociacion

TRL 4-5 | 50K€

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2018-01-01

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Participantes

FUNDACIO PRIVADA CENTRE DE R...

Lider

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Líder del proyecto

FUNDACIO PRIVADA CENTRE DE REGULACIO GENOMICA

TRL 4-5 | 50K€

Presupuesto del proyecto 145K€

Descripción del proyecto A PARTIR DE MI TRABAJO COMO DOCTORANDA, HE TRABAJADO EN UNA VARIEDAD DE TEMAS EN LOS CAMPOS DE LA EVOLUCION, GENETICA DE POBLACIONES Y BIOFISICA, SU CARACTERISTICA COMUN HA SIDO EL DESARROLLO DE MODELOS MATEMATICOS Y DE NUEVOS METODOS COMPUTACIONALES PARA DESCRIBIR SEÑALES EN DATOS BIOLOGICOS CAUSADOS POR UNA DINAMICA EVOLUTIVA O LIMITACIONES BIOFISICAS, DESTACANDO LA IMPORTANCIA DE LA ORGANIZACION DE LA CROMATINA, HE DEMOSTRADO MANTENIMIENTO EVOLUTIVO DE LAS REGIONES DE AGOTAMIENTO DEL NUCLEOSOMA A TRAVES DE SELECCION DIRECCIONAL SOBRE EL FENOTIPO BIOFISICA DE UNION DE LAS HISTONAS, QUE AFECTAN A NUESTRA COMPRENSION DE LA ACCESIBILIDAD DE LOS PROMOTORES DE GENES (D,W, & M,L,, PNAS, 2013), ADEMAS, DESARROLLO UN MARCO DE MODELO JERARQUICO QUE ESTIMA LOS EFECTOS DELETEREOS DE VARIANTES DE TRUNCAMIENTO DE LA PROTEINA HETEROCIGOTOS EN LA POBLACION HUMANA, PERMITIENDO A LOS GENES FILA BASADOS EN SU IMPORTANCIA DE FITNESS (C,C,*, D,W,*, D,B,*, D,J,* ET AL,, NAT, GENET,, 2017), RECIENTEMENTE, AMPLIADO EL ALCANCE DE ESTA PREDICCION DE SELECCION PARA INCLUIR TAMBIEN EL IMPACTO DE LA DERIVA GENETICA AL AZAR EN LA POBLACION HUMANA (D,W,*, D,B,*, ET AL,, BIORXIV, 2018),MI INTERES PRINCIPAL HA MENTIDO EN LA ESTIMACION DE LA SELECCION QUE CONDUCE A LA TUMORIGENESIS, LA INFERENCIA DE SELECCION EN CANCER ES MAS DIFICIL QUE EN OTROS SISTEMAS POR LA ALTA HETEROGENEIDAD EN LA TASA DE MUTACION EN TODO EL GENOMA, COMO PARTE DE UNA COLABORACION, HE DESARROLLADO UN METODO PARA ESTIMAR LA PROBABILIDAD DE MUTACION DE DNASE I SITIOS HIPERSENSIBLES, ESTE ENFOQUE ABORDO EL RETO QUE EL ADN NO CODIFICANTE NO PROPORCIONA UN ''MEDIR'' DE LA TASA DE MUTACION EN LA FORMA DE UNA CLASE DE MUTACIONES SUPUESTAMENTE NEUTRAL (COMO MUTACIONES SINONIMOS EN EL CASO DE LOS GENES), EN BASE A ESTO, SE IDENTIFICARON DIEZ NUEVOS LOCI DE PROBABLE CONDUCTOR REGLAMENTARIO EN REGIONES INTERGENICAS DE GENOMAS TUMORALES DE MAMA (M,A,*, D,W,* ET AL,, NAT, COMMUN,, 2017), OTRA AREA IMPORTANTE DE INVESTIGACION HA SIDO LAS FIRMAS DE SELECCION DETECTABLES EN LA SECUENCIA DE CODIFICACION, EN PRIMER LUGAR, HE DISEÑADO UN NUEVO ENFOQUE PROBABILISTICO PARA INFERIR LA DISTRIBUCION ESPECIFICA DEL TIPO DE CANCER DE PROBABILIDADES DE MUTACION EN LOS GENES, POR PRIMERA VEZ, SUBSECUENTE ESTIMACION BAYESIANA DE SELECCION PERMITIDA CUANTIFICAR LA SELECCION NEGATIVA, TANTO A NIVEL DE ESPECIFICA DEL TIPO DE CANCER, ASI COMO ESPECIFICO DEL GEN, ESTAS PREDICCIONES ABRIGAN LA POSIBILIDAD DE IDENTIFICAR LOS GENES QUE EL TUMOR NO PUEDE PERDER, Y POR LO TANTO PUEDE AYUDAR EN LA BUSQUEDA DE NUEVAS DIANAS PARA EL TRATAMIENTO DEL CANCER (D,W, & S,S,, NAT, GENET,, 2017), DESPUES, HA DISEÑADO UNA PRUEBA ESTADISTICA QUE APROVECHA LA INFORMACION SOBRE PRESIONES SELECTIVAS DENTRO DE LA DISTRIBUCION DE LAS MUTACIONES A TRAVES DE UN GEN, ESTA ADICION PODEROSO A MI ENFOQUE PREVIAMENTE DESARROLLADO DE MEDIR EL EXCESO DE MUTACION CONDUJO AL DESCUBRIMIENTO DE EVENTOS DE CONTROLADOR DE CANCER RARA, DIFICIL DE DETECTAR (F,D,*, D,W,*, ET AL,, PARA SER PRESENTADO, 2018), EN EL FUTURO, MIS AMBICIONES DE INVESTIGACION CONTINUARA EN EL DESARROLLO DE NUEVOS MODELOS Y METODOS PARA LA INFERENCIA DE LA SELECCION EN CANCER, LOS METODOS ACTUALES SON ADECUADOS PARA LOS GENES, PERO NO HAN SIDO CAPACES DE LA GRAN BRECHA EN NUESTRO CONOCIMIENTO SOBRE LOS OBJETIVOS NO CODIFICANTE DE SELECCION DURANTE TUMORIGENESIS, CON MI LABORATORIO, DIRIJO ESTAS DEFICIENCIAS CON LAS PREDICCIONES PROBABILISTICAS Y BIOFISICAS DE LOCI REGULADOR CONTROLADOR, GENÉTICA POPULACTIONAL\CÁNCER\EVOLUCION

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