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CGL2011-26848

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PANGENOMA MICROBIANO MARINO: DE LA SECUENCIACION DE GENOMAS NO CULTIVADOS A GENE...

PANGENOMA MICROBIANO MARINO: DE LA SECUENCIACION DE GENOMAS NO CULTIVADOS A GENETICA DE POBLACIONES A TRAVES DE LA GENOMICA LAS BACTERIAS SON UN COMPONENTE RELEVANTE DE LA RED TROFICA DEL OCEANO, SIENDO RESPONSABLES DEL 30% DE LA PRODUCCION PRIMARIA Y DEL 95% DE LA RESPIRACION DEL OCEANO. LAS BACTERIAS MARINAS REPRESENTAN GLOBALMENTE 10^29 CELULAS POR... ver más

01/01/2011

CSIC

143K€

Presupuesto del proyecto: 143K€

Líder del proyecto

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGA... No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 2-3 | 552M€

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2011-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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CSIC

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Líder del proyecto

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGA... No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 2-3 | 552M€

Presupuesto del proyecto 143K€

Descripción del proyecto LAS BACTERIAS SON UN COMPONENTE RELEVANTE DE LA RED TROFICA DEL OCEANO, SIENDO RESPONSABLES DEL 30% DE LA PRODUCCION PRIMARIA Y DEL 95% DE LA RESPIRACION DEL OCEANO. LAS BACTERIAS MARINAS REPRESENTAN GLOBALMENTE 10^29 CELULAS POR LO QUE REPRESENTAN UNA FRACCION MUY IMPORTANTE DENTRO DEL MUNDO MICROBIANO DEL OCEANO, SIN EMBARGO SOLO HAY DESCRITAS UNAS POCAS MILES DE ESPECIES. AUNQUE EL CONCEPTO DE ESPECIE BACTERIANA SUFRE CONTINUAMENTE TRANSFORMACIONES Y ES UNO DE LOS TOPICOS QUE GENERAN MAYOR DEBATE, GRACIAS A MAS DE UNA DECADA DE GENOMICA COMPARATIVA HAY NUEVAS PERCEPCIONES SOBRE ESTE CONCEPTO. UNA DE ELLAS, AMPLIAMENTE ACEPTADA, ES LA VISION DE ESPECIE BACTERIANA A TRAVES DE SU PANGENOMA (PANGENOME), QUE SE DESCRIBE COMO AL CONJUNTO DE LOS GENES CONSERVADOS QUE PRESENTAN UN DETERMINADO NUMERO DE CEPAS MAS LOS GENES INTEGRADOS EN LA ZONA FLEXIBLE O DE ADAPTACION DEL GENOMA QUE NORMALMENTE SON UNICAS DE CADA CEPA O SOLO PRESENTES EN ALGUNAS DE ELLAS Y QUE SE ENCUENTRAN LOCALIZADAS EN LOS QUE SE LLAMAN ISLAS GENOMICAS. GRACIAS A LAS NUEVAS TECNOLOGIAS DE SECUENCIACION SE HA PODIDO SECUENCIAR MULTIPLES GENOMAS DE UNA MISMA ESPECIE PROPORCIONANDO UNA MAYOR RESOLUCION Y A LA QUE SE LE LLAMA PAN-GENOMICS. ESTE CONCEPTO SOLO SE HA DESARROLLADO EN GENOMAS DE BACTERIAS AISLADAS MEDIANTE CULTIVO, MAYORITARIAMENTE EN BACTERIAS PATOGENAS. SIN EMBARGO, COMO BIEN SE CONOCE, LA MAYORIA DE LAS BACTERIAS EN EL OCEANO ESTAN POR DESCUBRIR Y NO SON CULTIVABLES DE MOMENTO. ADEMAS DICHAS BACTERIAS ESTAN INTEGRADAS EN UNA RED DENTRO DEL PLANCTON MARINO (BUCLE MICROBIANO) QUE VA DESDE LOS VIRUS AL ZOOPLANCTON. SORPRENDENTEMENTE, LA DIVERSIDAD Y LAS INTERACCIONES GENETICAS ENTRE LOS DISTINTOS MICROORGANISMOS QUE COMPONEN EL PLANCTON MARINO ESTA POR EXPLORAR. LOS OBJETIVOS DE ESTE PROYECTO SON:1) SECUENCIAR GENOMAS INDIVIDUALES DE BACTERIAS MARINAS NO CULTIVADAS PERTENECIENTES A TAXONES DE RELEVANCIA ECOLOGICA MEDIANTE SINGLE CELL GENOMICS (SCG).2) DESCRIBIR EL CONJUNTO DE LOS GENES CONSERVADOS Y LOS GENES DE ADAPTACION DENTRO DE LAS ISLAS GENOMICAS DE DICHOS GENOMAS NO CULTIVADOS.3) DESARROLLAR UN NUEVO CONCEPTO PARA DESCRIBIR ESPECIES (O UNIDADES) BACTERIANAS NO CULTIVADAS EN EL OCEANO Y QUE EN ESTE PROYECTO LLAMAREMOS PANGENOMA MICROBIANO MARINO MEDIANTE LA SECUENCIACION DE ESTOS GENOMAS INDIVIDUALES.ADEMAS, EN ESTE PROYECTO SE INVESTIGARA: (I) LA DISTRIBUCION Y LA INTERACCION GENETICA DE DICHOS PANGENOMAS MICROBIANOS MARINOS CON LAS DIFERENTES FRACCIONES DEL PLANCTON Y (II) LOS MECANISMOS EVOLUTIVOS DE DIVERSIFICACION. TENIENDO EN CUENTA QUE LA TRANSFERENCIA HORIZONTAL DE GENES (HGT) ES UN MECANISMO IMPORTANTE INVOLUCRADO EN LA EVOLUCION BACTERIANA Y QUE SE PUEDE PRODUCIR ENTRE GRUPOS FILOGENETICOS DE BACTERIAS MUY DISPARES E INCLUSO ENTRE DISTINTOS DOMINIOS, EL CONCEPTO DE PANGENOMA MICROBIANO MARINO PUEDE EXPANDIRSE A TRAVES DE LOS DISTINTOS DOMINIOS DE LA VIDA. PARA DESARROLLAR CON EXITO ESTA PROPUESTA SE UTILIZARAN LAS ULTIMAS TECNOLOGIAS DE SECUENCIACION MASIVA Y DE GENOMICA QUE NOS PERMITIRA SECUENCIAR CELULAS INDIVIDUALES BACTERIANAS SIN NECESIDAD DE CULTIVARLAS Y ADEMAS REALIZAREMOS METAGENOMAS AMBIENTALES. ALGUNOS DE LOS RESULTADOS ESPERABLES SON: (I) DESARROLLAR UN NUEVO CONCEPTO DE UNIDADES DE BACTERIAS EN EL OCEANO AL QUE LLAMAREMOS PANGENOMA MICROBIANO MARINO Y (II) PROPORCIONAR GENOMAS DE REFERENCIA PARA PODER INTERPRETAR DE UNA ADECUADA LOS METAGENOMAS Y METATRANSCRIPTOMAS AMBIENTALES. ANGENOMA MICROBIANO MARINO\MECANISMOS EVOLUTIVOS\DIVERSIDAD MICROBIANA\ECOLOGIA MICROBIANA\ISLAS GENOMICAS\TRANSFERENCIA HORIZONTAL DE GENES\GENETICA DE POBLACIONES\ESPECIE BACTERIANA\METAGENOMA\GENOMA DE CELULAS INDIVIDUALES

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