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BIO2008-00205

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INTEGRACION, ANALISIS Y MODELADO DE REDES DE RUTAS BIOLOGICAS: INTERACCION PROTE...

INTEGRACION, ANALISIS Y MODELADO DE REDES DE RUTAS BIOLOGICAS: INTERACCION PROTEINA-PROTEINA, VIAS DE SEÑALIZACION Y REGULACION DE LA TRANSCRIPCION PARA ENTENDER LOS MECANISMOS DE CONTROL, RESPUESTA Y REGULACION DE LA CELULA NECESITAMOS UN CONOCIMIENTO PROFUNDO DE LAS RELACIONES QUE EXISTEN ENTRE LOS COMPONENTES BIOQUIMICOS QUE FORMAN UNA RED BIOLOGICA, EN LAS REDES BIOLOGICA... ver más

01/01/2008

UPF

269K€

Presupuesto del proyecto: 269K€

Líder del proyecto

UNIVERSITAT POMPEU FABRA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 321

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2008-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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Líder del proyecto

UNIVERSITAT POMPEU FABRA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 321

Presupuesto del proyecto 269K€

Descripción del proyecto PARA ENTENDER LOS MECANISMOS DE CONTROL, RESPUESTA Y REGULACION DE LA CELULA NECESITAMOS UN CONOCIMIENTO PROFUNDO DE LAS RELACIONES QUE EXISTEN ENTRE LOS COMPONENTES BIOQUIMICOS QUE FORMAN UNA RED BIOLOGICA, EN LAS REDES BIOLOGICAS LOS NODOS SON MACRO-MOLECULAS BIO-ACTIVAS TALES COMO PROTEINAS, DNA, RNA, Y METABOLITOS, UNA GRAN CANTIDAD DE DATOS DE INTERACCIONES PROTEINA-PROTEINA HAN SIDO RECOGIDOS A ESCALA DE PROTEOMA, INCLUYENDO LOS MAPAS DEL INTERACTOMA DE LEVADURA, MOSCA, GUSANO Y PARCIALMENTE LOS DE HUMANO, ESTAS REDES DE INTERACCIONES DE PROTEINAS SON HERRAMIENTAS UTILES PARA LA CARACTERIZACION DE ENFERMEDADES CAUSADAS POR EL MAL FUNCIONAMIENTO EN GENES O PROTEINAS, Y PARA DISTINGUIR ENTRE CELULAS FISIOLOGICAMENTE NORMALES Y FENOTIPOS PATOLOGICOS COMPLEJOS, ASI MISMO, LAS ESTRUCTURAS DE MACROMOLECULAS (P,E, MAQUINAS MOLECULARES) PUEDEN SUMINISTRAR PARAMETROS CUANTITATIVOS O AYUDAR A ELUCIDAR REDES FUNCIONALES, AUN CUANDO EL CONOCIMIENTO PROFUNDO DE REDES BIOLOGICAS ES CRUCIAL, LA VALIDACION DE ALGUNAS INTERACCIONES OBTENIDAS MEDIANTE TECNICAS DE ALTO RENDIMIENTO, LA PREDICCION DE INTERACCIONES IN VIVO NO ENCONTRADAS EXPERIMENTALMENTE Y LA CARACTERIZACION DE LOS INTERFACES Y FUERZA DE UNION PROTEINA-PROTEINA, SIGUEN SIENDO PROBLEMAS SIN RESOLVER,ADEMAS DE LAS INTERACCIONES FISICAS ENTRE PROTEINAS, CABE APRECIAR DOS TIPOS DE REDES DE REGULACION: LAS REDES REGULADORAS DE LA TRASCRIPCION Y LAS REDES REGULADORAS POST-TRADUCCIONALES, POR UN LADO, LAS REDES REGULADORAS DE GENES DESCRIBEN LA FORMA EN QUE LA EXPRESION GENICA ES MODULADA BIEN SEA PARA EL CRECIMIENTO CELULAR NORMAL Y SU DIFERENCIACION O COMO RESPUESTA A ESTIMULOS EXTERNOS, A PESAR DE SU IMPORTANCIA, LA PREDICCION DE COOPERATIVIDAD ENTRE FACTORES DE TRASCRIPCION Y SUS UNIONES ESPECIFICAS AL ADN SON AUN DESCONOCIDAS, POR OTRO LADO, SON VARIAS LAS INTERACCIONES ESPECIFICAS QUE DEPENDEN DE MODIFICACIONES POST-TRADUCCIONALES QUE MODULAN LA FUERZA DE UNA INTERACCION, ENTRE OTRAS, LA FOSFORILACION POST-TRADUCCIONAL ES UNA DE LAS MODIFICACIONES DE PROTEINAS MAS COMUNES Y CRUCIALES ENTRE LAS RUTAS DE SEÑALIZACION CUYAS COMPLEJAS REDES ESTAN SIENDO RECIENTEMENTE ENTENDIDAS,PROPONEMOS MEJORAR EL PROGRAMARIO PIANA (PROTEIN INTERACTIONS AND NETWORK ANALYSES) DESARROLLADO EN NUESTRO GRUPO PARA ANALIZAR INTERACCIONES ENTRE PROTEINAS Y INCLUIR OTROS TIPOS DE RUTAS BIOLOGICAS, NUESTRO OBJETIVO PRINCIPAL ES LA GENERACION AUTOMATICA DE REDES BIOLOGICAS PROPIAS DE UN FENOTIPO O ENFERMEDAD QUE INCLUYA TODOS SUS GENES Y PROTEINAS RELEVANTES, PARA ALCANZAR DICHO OBJETIVO DEBEREMOS CONSEGUIR: 1) LA PREDICCION DE NUEVAS INTERACCIONES Y VALORIZACIONES NUMERICAS QUE PERMITAN INCLUIR NODOS (PROTEINAS/GENES) Y ARISTAS (CONEXIONES) EN UNA RED; 2) CARACTERIZAR INTERACCIONES TRANSITORIAS/PERMANENTES CON VALORACIONES NUMERICAS DE LAS INTERACCIONES FISICAS Y PREDICCION DE LOS INTERFACES DE LA UNION ENTRE PROTEINAS; 3) PREDECIR LA ESPECIFICIDAD DE QUINASAS, PATRONES DE UNION DE FOSFORO Y REDES DE SEÑALIZACION QUE USAN LA TRANSFERENCIA DE FOSFORO; Y 4) PREDECIR REGIONES DE UNION AL ADN EN PROTEINAS Y DE COOPERATIVIDAD ENTRE FACTORES DE TRASCRIPCION PARA GENERAR AB INITIO LAS REDES DE REGULACION TRASCRIPCIONAL, FINALMENTE, ESTOS RESULTADOS SERAN COMBINADOS EN UN UNICO REPOSITORIO PARA EL USO DE REDES BIOLOGICAS CONSTITUIDAS NO SOLO POR INTERACCIONES FISICAS SINO DIFERENTES RELACIONES ENTRE GENES Y PROTEINAS, ESTA PLATAFORMA AYUDARA A DAR UN PAPEL A LA BIOLOGIA ESTRUCTURAL EN LA BIOLOGIA DE SISTEMAS, Biologia de sistemas\rutas biologicas\redes de interacciones de proteinas\vias de señalizacion\redes de regulacion de la transcripcion\rutas de fosforilacion

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