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BIO2011-22568

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INTEGRACION, ANALISIS Y MODELADO DE REDES DE RUTAS BIOLOGICAS: FUNCIONES DE PUNT...

INTEGRACION, ANALISIS Y MODELADO DE REDES DE RUTAS BIOLOGICAS: FUNCIONES DE PUNTUACION DE INTERACCIONES ENTRE BIO-MOLECULAS Y EN ESTUDIOS DE ASOCIACION DEL GENOMA (GWAS) PARA ENTENDER LOS MECANISMOS DE CONTROL, RESPUESTA Y REGULACION DE LA CELULA NECESITAMOS UN CONOCIMIENTO PROFUNDO DE LAS RELACIONES QUE EXISTEN ENTRE LOS COMPONENTES BIOQUIMICOS QUE FORMAN UNA RED BIOLOGICA. LA MAYORIA DE LAS FUNC... ver más

01/01/2011

UPF

230K€

Presupuesto del proyecto: 230K€

Líder del proyecto

UNIVERSITAT POMPEU FABRA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 322

Fecha límite participación Sin fecha límite de participación.

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2011-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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Líder del proyecto

UNIVERSITAT POMPEU FABRA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 322

Presupuesto del proyecto 230K€

Fecha límite de participación Sin fecha límite de participación.

Descripción del proyecto PARA ENTENDER LOS MECANISMOS DE CONTROL, RESPUESTA Y REGULACION DE LA CELULA NECESITAMOS UN CONOCIMIENTO PROFUNDO DE LAS RELACIONES QUE EXISTEN ENTRE LOS COMPONENTES BIOQUIMICOS QUE FORMAN UNA RED BIOLOGICA. LA MAYORIA DE LAS FUNCIONES CELULARES SON, DE HECHO, LLEVADAS A CABO POR GRANDES COMPLEJOS MACROMOLECULARES Y REGULADAS A TRAVES DE COMPLEJAS REDES DE INTERACCIONES PROTEINA-PROTEINA. ESTAS REDES SE COMPONEN DE INTERACCIONES FISICAS ENTRE PROTEINAS O DE INTERACCIONES ENZIMA-ENZIMA A TRAVES DE METABOLITOS COMPARTIDOS EN EL CASO DE LAS REDES METABOLICAS. LAS REDES DE INTERACCION ENTRE PROTEINAS SON UNA HERRAMIENTA UTIL PARA LA CARACTERIZACION DE ENFERMEDADES CAUSADAS POR EL MAL FUNCIONAMIENTO EN GENES O PROTEINAS, Y PARA DISTINGUIR ENTRE CELULAS FISIOLOGICAMENTE NORMALES Y FENOTIPOS PATOLOGICOS COMPLEJOS. SIN EMBARGO, SE HA ESTIMADO QUE EXISTE UN ELEVADO PORCENTAJE DE FALSOS POSITIVOS EN LOS ESTUDIOS DE DOBLE HIBRIDO OBTENIDOS EN HIGH-THROUGHPUT. TAMBIEN LOS ESTUDIOS DE PURIFICACION POR AFINIDAD Y ESPECTROMETRIA DE MASA (AP-EM) EN HIGH-THROUGHPUT SON INSUFICIENTES, YA QUE LAS INTERACCIONES BINARIAS SE DESCONOCEN, SIENDO ESTAS EXTRAPOLADAS COMPUTACIONALMENTE. COMO CONSECUENCIA DE ESTOS PROBLEMAS, VARIOS AUTORES HAN CUESTIONADO LA FIABILIDAD DE LAS INTERACCIONES IN VITRO E IN VIVO. PARA HACER FRENTE A ESTE PROBLEMA ALGUNOS AUTORES HAN PROPORCIONADO MODELOS ESTRUCTURALES DE LOS COMPLEJOS QUE PERMITIERAN VALIDAR LAS INTERACCIONES O BIEN DEDUCIR LA CONSTANTE DE ASOCIACION. ASI MISMO, UNO DE LOS RETOS PARA PREDECIR Y VALIDAR LA INTERACCION ENTRE DOS PROTEINAS ES EL RECONOCIMIENTO DE LOS RESIDUOS IMPLICADOS EN LA INTERFAZ (ZONA DE CONTACTO ENTRE DOS PROTEINAS). POR LO QUE OTROS AUTORES HAN ESTUDIADO Y CLASIFICADO LOS INTERFACES DE LAS INTERACCIONES ENTRE PROTEINAS.LA EXPRESION, CONCENTRACION Y UBICACION EN TEJIDOS O ORGANOS DE LAS PROTEINAS JUEGA UN PAPEL IMPORTANTE EN LOS MECANISMOS DE CONTROL Y EN ESTE SENTIDO LA REGULACION GENICA ES CLAVE. EN CONSECUENCIA, CON OBJETO DE ABORDAR EL PROBLEMA DE LA REGULACION GENICA, HEMOS EXTENDIDO EL PROBLEMA DE LA VALIDACION DE LAS INTERACCIONES PROTEINA-PROTEINA A VALIDAR LA INTERACCION ENTRE PROTEINAS Y ADN, EMPLEANDO ENFOQUES SEMEJANTES. EL MAPEO SISTEMATICO DE LAS INTERACCIONES ENTRE PROTEINAS, ENTRE ADN Y PROTEINA, Y PROTEINA Y ARN A ESCALA PROTEOMICA PERMITIRA AVANZAR EN LA COMPRENSION DEL INTERACTOMA. LAS APLICACIONES DE ESTOS ESTUDIOS VAN DESDE LA CARACTERIZACION DE LAS FUNCIONES DE LAS PROTEINAS HASTA EL RECONOCIMIENTO DE LAS PROPIEDADES SISTEMICAS TANTO LOCALES COMO GLOBALES, EN ALGUNOS CASOS RELEVANTES PARA LA SALUD HUMANA.CONCLUIMOS POR TANTO, QUE LAS CUESTIONES SIN RESOLVER SON LAS SIGUIENTES: 1) ¿CUAL ES LA FIABILIDAD Y LA CONSTANTE DE ASOCIACION (FUERZA) DE LAS INTERACCIONES PROTEINA-PROTEINA Y PROTEINA-ADN (O ARN)?; 2) ¿COMO SON LAS CONFORMACIONES DE ESTAS INTERACCIONES?, Y 3) ¿CUAL ES LA RELEVANCIA DE LOS ELEMENTOS DE LA RED (TANTO LOS GENES COMO LAS PROTEINAS Y SUS INTERACCIONES) PARA LA SALUD HUMANA?. ESTA PROPUESTA ABORDA EL PROBLEMA DE DESARROLLAR VARIAS FUNCIONES DE PUNTUACION PARA RESOLVER CADA UNA DE ESTAS PREGUNTAS. ADEMAS, EL CONOCIMIENTO SOBRE LA CONFORMACION DE LAS INTERACCIONES AYUDARA A MARCAR LA FIABILIDAD Y/O LA FUERZA DE LAS INTERACCIONES. ADEMAS, LA CARACTERIZACION DE LA CONFORMACION DE LOS COMPLEJOS DE LAS PIEZAS MAS RELEVANTES DE LA RED, RELACIONADAS CON UNA ENFERMEDAD, TRASTORNO O FENOTIPO, CONTRIBUIRA A AVANZAR EN LOS DESARROLLOS DE GRAN INTERES PARA LA SALUD ED DE INTERACCIONES DE PROTEINAS\RUTAS DE FOSFORILACION\REDES DE REGULACION DE LA TRANSCRIPCION\UNION PROTEINA-DNA\PREDICCION DE INTERACCIONES DE PROTEINAS\PUNTUACION DE LA ASOCIACION DE GEN Y FUN\PREDICCION DE SITIOS DE UNION DE PROTEIN

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