ESTUDIO FUNCIONAL DE REDES DE INTERACIONES ENTRE PROTEINAS
EL OBJETIVO GENERAL DEL PROYECTO PROPUESTO ES EXTRAER NUEVO CONOCIMIENTO DE REDES BIOLOGICAS, ESPECIALMENTE DE LA RED DE INTERACCIONES ENTRE PROTEINAS (¿INTERACTOMA¿), USANDO UNA APROXIMACION SISTEMICA,NO TODOS LOS FENOMENOS BIOLO...
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Descripción del proyecto
EL OBJETIVO GENERAL DEL PROYECTO PROPUESTO ES EXTRAER NUEVO CONOCIMIENTO DE REDES BIOLOGICAS, ESPECIALMENTE DE LA RED DE INTERACCIONES ENTRE PROTEINAS (¿INTERACTOMA¿), USANDO UNA APROXIMACION SISTEMICA,NO TODOS LOS FENOMENOS BIOLOGICOS SON ABORDABLES POR UNA APROXIMACION REDUCCIONISTA, HAY INFORMACION BIOLOGICA IMPORTANTE QUE NO SE PUEDE OBTENER POR COMBINACION SENCILLA DE LAS PROPIEDADES DE GENES Y PROTEINAS, SINO QUE ESTA ¿ESCONDIDA¿ EN NIVELES SUPERIORES DE ORGANIZACION, COMO PUEDEN SER LAS COMPLEJAS REDES DE RELACIONES E INTERACCIONES ENTRE ESTOS COMPONENTES MOLECULARES, LA BIOLOGIA DE SISTEMAS ESTUDIA LOS FENOMENOS BIOLOGICOS DESDE EL PUNTO DE VISTA DE ESAS COMPLEJAS RELACIONES, PRESCINDIENDO EN GRAN MEDIDA DE LA INFORMACION DETALLADA SOBRE LAS BIOMOLECULAS Y SIGUIENDO, POR TANTO, UN ENFOQUE DIFERENTE Y COMPLEMENTARIO AL REDUCCIONISTA, LAS REDES DE RELACIONES ENTRE BIOMOLECULAS SON EL OBJETO PROTOTIPICO DE ESTUDIO DE ESTA DISCIPLINA, Y DE ELLAS SE HA EMPEZADO A EXTRAER INFORMACION QUE, AUNQUE TODAVIA MODESTA, NO SE PODRIA HABER OBTENIDO SIGUIENDO UN ENFOQUE REDUCCIONISTA, EL PROYECTO SE PLANTEA COMO UNA CONTINUACION DEL FINANCIADO EN LA CONVOCATORIA 2006 DEL PLAN NACIONAL DE I-D-I (BIO2006-15318) CUYOS OBJETIVOS FUERON CUMPLIDOS EN SU MAYORIA Y CUYOS RESULTADOS FUERON PUBLICADOS EN REVISTAS INTERNACIONALES DE ALTO IMPACTO (VER ¿HISTORIAL¿),UNO DE LOS OBJETIVOS DE PROYECTO PROPUESTO ES CONTINUAR MEJORANDO NUESTRA METODOLOGIA DE PREDICCION DE PARES DE PROTEINAS INTERACCIONANTES BASADA EN INFORMACION CO-EVOLUTIVA (MIRRORTREE), ESTA METODOLOGIA, AMPLIAMENTE ACEPTADA POR LA COMUNIDAD, FUE YA MEJORADA EN EL MARCO DEL PROYECTO BIO2006 MENCIONADO, ADEMAS, USANDO ESTA TECNICA NOS PROPONEMOS, ENTRE OTRAS COSAS, OBTENER GRUPOS DE PROTEINAS QUE FORMEN ¿UNIDADES CO-EVOLUTIVAS INDEPENDIENTES¿: PROTEINAS QUE CO-EVOLUCIONEN FUERTEMENTE ENTRE ELLAS PERO NO CON EL RESTO DEL PROTEOMA, NOS PROPONEMOS ESTUDIAR SI ESTOS GRUPOS PUEDEN ESTAR REFLEJANDO UNIDADES FUNCIONALES INDEPENDIENTES QUE NO NECESITAN AL RESTO DEL PROTEOMA PARA FUNCIONAR, CON LAS IMPLICACIONES QUE ESO PODRIA TENER EN BIOLOGIA SINTETICA Y BIOTECNOLOGIA, TAMBIEN NOS PROPONEMOS SEGUIR CON EL ESTUDIO YA INICIADO DURANTE EL PROYECTO BIO2006 SOBRE COMO LAS PROTEINAS AISLADAS (CON SUS FUNCIONES MOLECULARES ¿¿PALABRAS¿- SIN SENTIDO BIOLOGICO PER SE EN MUCHOS CASOS) DAN LUGAR A SECUENCIAS FUNCIONALES TIPICAS (¿FRASES FUNCIONALES¿ QUE SI ADQUIEREN UN SENTIDO MAS BIOLOGICO) AL INTERACCIONAR Y RELACIONARSE UNAS CON OTRAS EN COMPLEJAS REDES, RELACIONADO CON ESTO, QUEREMOS TAMBIEN USAR INFORMACION SOBRE RELACIONES FUNCIONALES ENTRE PROTEINAS PARA CUANTIFICAR EL ¿SENTIDO BIOLOGICO¿ DE TERMINOS FUNCIONALES DE GENE ONTOLOGY, DISTINGUIENDO AQUELLOS QUE SON MERAS CONCEPTUALIZACIONES DE LOS QUE REALMENTE REFLEJAN FUNCIONES CON UN SENTIDO BIOLOGICO, FINALMENTE, NOS GUSTARIA SEGUIR TRABAJANDO EN EL OBJETIVO DEL PROYECTO BIO2006 QUE AUN ESTA EN FASES MAS INICIALES: LA COMBINACION DE DATOS DE INTERACCIONES ENTRE PROTEINAS CON DATOS DE EXPRESION (DNA ARRAYS) PARA OBTENER UNA VISION DINAMICA DEL INTERACTOMA, BIOINFORMATICA\BIOLOGIA DE SISTEMAS\REDES BIOLOGICAS\REDES DE INTERACCIONES ENTRE PROTEINAS\REDES METABOLICAS\INTERACCIONES PROTEINA-PROTEINA\CO-EVOLUCION\REDES FUNCIONALES
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