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SAF2014-60293-R

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IDENTIFICACION Y CARACTERIZACION DE REORDENAMIENTOS CROMOSOMICOS COMPLEJOS EN MU...

IDENTIFICACION Y CARACTERIZACION DE REORDENAMIENTOS CROMOSOMICOS COMPLEJOS EN MULTIPLES GENOMAS DE DIFERENTES TIPOS DE TUMOR LA INVESTIGACION QUE SE ESTA REALIZANDO ACTUALMENTE EN CANCER SE ESTA CENTRANDO EN EL ANALISIS COMPARATIVO DE GENOMAS TUMORALES Y SANOS DEL MISMO PACIENTE PARA DETERMINAR LAS VARIACIONES SOMATICAS EN EL TUMOR, PREDECIR SU PAPEL FU... ver más

01/01/2014

BARCELONA SUPERCOM...

145K€

Presupuesto del proyecto: 145K€

Líder del proyecto

BARCELONA SUPERCOMPUTING CENTERCENTRO NACIONA... No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 4-5 | 118M€

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2014-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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Líder del proyecto

BARCELONA SUPERCOMPUTING CENTERCENTRO NACIONA... No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 4-5 | 118M€

Presupuesto del proyecto 145K€

Descripción del proyecto LA INVESTIGACION QUE SE ESTA REALIZANDO ACTUALMENTE EN CANCER SE ESTA CENTRANDO EN EL ANALISIS COMPARATIVO DE GENOMAS TUMORALES Y SANOS DEL MISMO PACIENTE PARA DETERMINAR LAS VARIACIONES SOMATICAS EN EL TUMOR, PREDECIR SU PAPEL FUNCIONAL Y, POR ULTIMO, DESARROLLAR TERAPIAS ESPECIFICAS PARA CADA INDIVIDUO, UNA DE LAS LIMITACIONES Y MAYORES RETOS DE ESTA ESTRATEGIA CORRESPONDE PRECISAMENTE A LA CARACTERIZACION INICIAL DEL ESPECTRO DE MUTACIONES SOMATICAS ASOCIADAS AL TUMOR, SOBRETODO DE LAS GRANDES VARIACIONES ESTRUCTURALES (SVS): INSERCIONES, DELECIONES, INVERSIONES Y TRANSLOCACIONES, LOS POCOS ESTUDIOS REALIZADOS HASTA LA FECHA HAN DEMOSTRADO LA EXISTENCIA EN ALGUNOS TUMORES DE REORDENAMIENTOS CROMOSOMICOS SEVEROS POSIBLEMENTE RELACIONADOS CON SU AGRESIVIDAD DURANTE SU PROGRESION, EN ALGUNOS TUMORES ESTOS REORDENAMIENTOS SUELEN AFECTAR A UNOS POCOS CROMOSOMAS QUE SE FRAGMENTAN Y COMBINAN ENTRE ELLOS PARA GENERAR CARIOTIPOS COMPLEJOS (CROMOTRIPSIS Y CROMOPLEXIA), AUNQUE EL MECANISMO POR EL CUAL SE FORMAN Y SU PAPEL EN LA BIOLOGIA DEL TUMOR ES TODAVIA DESCONOCIDO,DURANTE LOS ULTIMOS AÑOS, NUESTRO GRUPO SE HA FOCALIZADO EN EL DESARROLLO Y APLICACION DE HERRAMIENTAS COMPUTACIONALES PARA LA DETECCION Y CARACTERIZACION DE LA VARIACION SOMATICA EN GENOMAS TUMORALES, EN ESPECIAL DE LAS GRANDES SVS, EN ESTE SENTIDO, EN EL MARCO DEL CONSORCIO ICGC-CLL PARA EL ESTUDIO DE LA LEUCEMIA LINFOCITICA CRONICA, HEMOS DESARROLLADO UNA NUEVA ESTRATEGIA QUE PERMITE OBTENER UN ESPECTRO GLOBAL DE LA VARIACION SOMATICA (INCLUIDAS LAS GRANDES VARIACIONES ESTRUCTURALES) A PARTIR DE LA COMPARACION DIRECTA DE LOS GENOMAS SANOS Y TUMORALES SIN EL USO DEL GENOMA DE REFERENCIA, ESTA HERRAMIENTA, DENOMINADA SMUFIN (MONCUNILL & GONZALEZ, ET AL, NAT, BIOTECH,, IN PRESS) ES CAPAZ DE DETECTAR CAMBIOS PUNTUALES Y SVS DE CUALQUIER TAMAÑO CON ESPECIFICIDADES DE MAS DEL 90%, ADEMAS, LA PRECISION DE SMUFIN (A NIVEL DE NUCLEOTIDO) PERMITE, POR PRIMERA VEZ, ESTUDIAR LOS PUNTOS DE ROTURA DEL DNA PARA DETERMINAR LOS MECANISMOS RESPONSABLES DE ESTOS REORDENAMIENTOS COMPLEJOS Y SU POSIBLE IMPACTO EN LA BIOLOGIA DEL TUMOR, POR OTRO LADO, NUESTRA IMPLICACION EN EL CONSORCIO ICGC-CLL Y EN EL RECIENTEMENTE IMPULSADO PROYECTO PANCANCER DEL ICGC-TCGA, NOS PERMITE ACCEDER DE PRIMERA MANO A LOS GENOMAS DE DIFERENTES TUMORES DE MAS DE 2500 PACIENTES DE TODO EL MUNDO, ESTOS GENOMAS TIENEN ASOCIADOS OTROS DATOS, COMO RNASEQ, SNP-ARRAYS, ASI COMO DATOS CLINICOS DEL MISMO PACIENTE, EN ESTE MARCO, NUESTRO PLAN ES APLICAR LAS HERRAMIENTAS QUE HEMOS DESARROLLADO EN NUESTRO GRUPO (SMUFIN Y RELA) A ESTOS GENOMAS DE PANCANCER Y CLL CON LOS SIGUIENTES OBJETIVOS: (1) DETECTAR Y CARACTERIZAR LOS CASOS DE REORDENAMIENTO CROMOSOMICOS COMPLEJOS (CROMOTRIPSIS Y CROMOPLEXIA) EN LOS MAS DE 2500 TUMORES DE PANCANCER Y CLL, E IDENTIFICAR PATRONES CARACTERISTICOS QUE PUEDAN AYUDARNOS A ENTENDER SU MECANISMO DE FORMACION Y SU POSIBLE PAPEL FUNCIONAL, (2) EVALUAR EL IMPACTO QUE ESTAS Y OTRAS MUTACIONES IDENTIFICADAS CON SMUFIN PUEDAN TENER EN ALTERACIONES DE LA REGULACION DE LA EXPRESION GENICA Y SU POSIBLE PAPEL EN LA APARICION Y PROGRESION DEL TUMOR; Y (3) INCLUIR MEJORAS EN SMUFIN QUE PERMITAN, POR EJEMPLO LA CARACTERIZACION DE LAS GANANCIAS O PERDIDAS SOMATICAS DE DNA (CNVS) ASOCIADAS A TRANSLOCACIONES EN TUMORES, GENÓMICA DEL CÁNCER\TUMOR\REORDENACIONES CROMOSÓMICAS\CROMOTRIPSIS\CROMOPLEXIA

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