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BIO2010-22324

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DOCKING ENTRE PROTEINAS Y OTROS ASPECTOS: AVANCES EN LA DESCRIPCION BIOFISICA Y...

DOCKING ENTRE PROTEINAS Y OTROS ASPECTOS: AVANCES EN LA DESCRIPCION BIOFISICA Y COMPUTACIONAL DE LAS INTERACCIONES PROTEINA-PROTEINA Y PROTEINA-ARN EL PROYECTO PROPUESTO SE CENTRA EN EL ESTUDIO DE LAS INTERACCIONES ENTRE PROTEINAS, TANTO A NIVEL ESTRUCTURAL, COMO FISICO-QUIMICO Y FUNCIONAL, TRAS LA ENORME CANTIDAD DE DATOS GENERADOS POR LOS PROYECTOS DE GENOMICA Y PROTEOMICA,... ver más

01/01/2010

BARCELONA SUPERCOM...

194K€

Presupuesto del proyecto: 194K€

Líder del proyecto

BARCELONA SUPERCOMPUTING CENTERCENTRO NACIONA... No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 4-5 | 118M€

Fecha límite participación Sin fecha límite de participación.

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2010-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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TRL 4-5 | 118M€

Presupuesto del proyecto 194K€

Fecha límite de participación Sin fecha límite de participación.

Descripción del proyecto EL PROYECTO PROPUESTO SE CENTRA EN EL ESTUDIO DE LAS INTERACCIONES ENTRE PROTEINAS, TANTO A NIVEL ESTRUCTURAL, COMO FISICO-QUIMICO Y FUNCIONAL, TRAS LA ENORME CANTIDAD DE DATOS GENERADOS POR LOS PROYECTOS DE GENOMICA Y PROTEOMICA, EL PROXIMO GRAN RETO ES LA CARACTERIZACION DE TODAS LAS INTERACCIONES ENTRE PROTEINAS Y OTRAS BIOMOLECULAS, HACIA LO QUE EL PROYECTO PROPUESTO PRETENDE AVANZAR, DURANTE LOS ULTIMOS DIEZ AÑOS, HEMOS DESARROLLADO ALGORITMOS PARA LA PREDICCION DE LA ESTRUCTURA DE UN COMPLEJO A PARTIR DE SUS COMPONENTES PROTEICOS POR SEPARADO (PROBLEMA DEL DOCKING), EN BASE A LA EVALUACION DE ORIENTACIONES DE CUERPO RIGIDO MEDIANTE UNA FUNCION ENERGETICA OPTIMIZADA, LO QUE HA PRODUCIDO RESULTADOS EXCELENTES EN TESTS INDEPENDIENTES COMO CAPRI (HTTP://WWW,EBI,AC,UK/MSD-SRV/CAPRI/), LOS MODELOS GENERADOS REPRESENTAN LA APROXIMACION DE PSEUDO CUERPO RIGIDO DURANTE LA ASOCIACION, Y EN MUCHOS CASOS, RESULTAN DE CALIDAD SUFICIENTE COMO PARA REALIZAR PREDICCIONES BIOLOGICAS Y FUNCIONALES, SIN EMBARGO, TODAVIA QUEDAN RETOS PENDIENTES: COMPLEJOS MULTI-PROTEICOS, INTERACCIONES ALTAMENTE TRANSITORIAS, Y CASOS CON GRANDES MOVIMIENTOS CONFORMACIONALES DURANTE LA UNION, ESTUDIAREMOS CON DETALLE EL FENOMENO DE LA UNION ENTRE PROTEINAS, EN BASE A NUESTROS MODELOS ACTUALES, EL ANALISIS PROFUNDO DEL PAPEL QUE JUEGA LA FLEXIBILIDAD CONFORMACIONAL DURANTE LAS DIFERENTES FASES DEL PAISAJE ENERGETICO DE UNION SIN DUDA CONTRIBUIRA A MEJORAR NUESTRO CONOCIMIENTO DEL MECANISMO DE ASOCIACION ENTRE PROTEINAS Y SERA UTIL PARA DESARROLLAR NUEVAS HERRAMIENTAS DE MODELADO, LA FLEXIBILIDAD LOCAL SERA EXPLORADA CON TECNICAS DE DINAMICA MOLECULAR Y DE MONTE-CARLO, MIENTRAS QUE LOS GRANDES MOVIMIENTOS DE DOMINIOS SE DESCRIBIRAN CON TECNICAS DE RESOLUCION BAJA COMO EL ANALISIS DE MODOS NORMALES Y NUESTROS NUEVOS ALGORITMOS PARA DOCKING FLEXIBLE CON RESTRICCIONES DE DISTANCIA, ALGO QUE SERA DE ESPECIAL IMPORTANCIA PARA EL MODELADO DE COMPLEJOS MULTI-PROTEINA, RELACIONADO CON ESTO, UNO DE LOS PRINCIPALES OBJETIVOS SERA CONSEGUIR PREDICCIONES DE DOCKING REALISTAS CON MODELOS DE HOMOLOGIA DE LAS SUBUNIDADES, AL OBJETO DE PODER APLICAR ESTAS TECNICAS A ESCALA PROTEOMICA, EL OBJETIVO ULTIMO SERA EL DISEÑO DE COMPUESTOS DE BAJO PESO MOLECULAR CAPACES DE INHIBIR INTERACCIONES ENTRE PROTEINAS, ALGO DE SUMA IMPORTANCIA PARA EL DISEÑO DE FARMACOS, ESTO REQUERIRA LA IDENTIFICACION COMPUTACIONAL DE ZONAS DE INTERACCION Y DE RESIDUOS "HOT-SPOT", INCLUSO EN AUSENCIA DE INFORMACION ESTRUCTURAL DEL COMPLEJO, ASI COMO BUSQUEDA DE CAVIDADES TRANSITORIAS EN LAS SUPERFICIES DE INTERACCION Y LA INTEGRACION DE ALGORITMOS DE DOCKING DE PROTEINA-LIGANDO Y DE PROTEINA-PROTEINA,

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