GRANDES RETOS EN DOCKING DE PROTEINAS: APROXIMACION BIOFISICA Y COMPUTACIONAL AL...
GRANDES RETOS EN DOCKING DE PROTEINAS: APROXIMACION BIOFISICA Y COMPUTACIONAL AL RECONOCIMIENTO MOLECULAR ENTRE PROTEINAS
EL PROYECTO PROPUESTO SE CENTRA EN EL ESTUDIO DE LAS INTERACCIONES ENTRE PROTEINAS, QUE SON ESENCIALES EN LA MAYOR PARTE DE PROCESOS BIOLOGICOS, TRAS LA GRAN CANTIDAD DE INFORMACION GENERADA POR LOS PROYECTOS DE GENOMICA Y PROTEOM...
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Descripción del proyecto
EL PROYECTO PROPUESTO SE CENTRA EN EL ESTUDIO DE LAS INTERACCIONES ENTRE PROTEINAS, QUE SON ESENCIALES EN LA MAYOR PARTE DE PROCESOS BIOLOGICOS, TRAS LA GRAN CANTIDAD DE INFORMACION GENERADA POR LOS PROYECTOS DE GENOMICA Y PROTEOMICA, EL PROXIMO RETO SERA LA CARACTERIZACION DE TODAS LAS INTERACCIONES ENTRE PROTEINAS Y OTRAS BIOMOLECULAS, EL PRESENTE PROYECTO PRETENDE CONTRIBUIR A ESTE ESFUERZO,PREVIAMENTE, HEMOS DESARROLLADO ALGORITMOS PARA LA PREDICCION DE LA ESTRUCTURA DE UN COMPLEJO A PARTIR DE SUS COMPONENTES PROTEICOS POR SEPARADO (PROBLEMA DEL DOCKING), EN BASE A LA EVALUACION DE ORIENTACIONES DE CUERPO RIGIDO MEDIANTE UNA FUNCION ENERGETICA OPTIMIZADA, LO QUE HA PRODUCIDO RESULTADOS EXCELENTES EN TESTS INDEPENDIENTES COMO CAPRI (HTTP://CAPRI,EBI,AC,UK), LOS MODELOS GENERADOS REPRESENTAN LA APROXIMACION DE PSEUDO CUERPO RIGIDO DURANTE LA ASOCIACION, Y EN MUCHOS CASOS, RESULTAN DE CALIDAD SUFICIENTE COMO PARA REALIZAR PREDICCIONES BIOLOGICAS Y FUNCIONALES, SIN EMBARGO, TODAVIA QUEDAN RETOS PENDIENTES: COMPLEJOS MULTI-PROTEICOS, INTERACCIONES ALTAMENTE TRANSITORIAS, Y CASOS CON GRANDES MOVIMIENTOS CONFORMACIONALES DURANTE LA UNION, ESTUDIAREMOS CON DETALLE EL FENOMENO DE LA UNION ENTRE PROTEINAS, EN BASE A NUESTROS MODELOS ACTUALES, EL ANALISIS PROFUNDO DEL PAPEL QUE JUEGA LA FLEXIBILIDAD CONFORMACIONAL DURANTE LAS DIFERENTES FASES DEL PAISAJE ENERGETICO DE UNION SIN DUDA CONTRIBUIRA A MEJORAR NUESTRO CONOCIMIENTO DEL MECANISMO DE ASOCIACION ENTRE PROTEINAS Y SERA UTIL PARA DESARROLLAR NUEVAS HERRAMIENTAS DE MODELADO, LA FLEXIBILIDAD LOCAL SERA EXPLORADA CON TECNICAS DE DINAMICA MOLECULAR, MIENTRAS QUE LOS GRANDES MOVIMIENTOS DE DOMINIOS SE DESCRIBIRAN CON DINAMICA ESENCIAL, ANALISIS DE MODOS NORMALES Y NUESTROS NUEVOS ALGORITMOS PARA DOCKING FLEXIBLE CON RESTRICCIONES DE DISTANCIA, ALGO QUE SERA DE ESPECIAL IMPORTANCIA PARA EL MODELADO DE COMPLEJOS MULTI-PROTEINA, UNO DE LOS OBJETIVOS PRINCIPALES SERA ALCANZAR PREDICCIONES DE DOCKING REALISTAS CON MODELOS DE LAS PROTEINAS INTERACCIONANTES CREADOS POR HOMOLOGIA, CON EL OBJETO DE PODER APLICAR ESTAS TECNICAS A ESCALA PROTEOMICA,EL RETO ULTIMO SERA EL DISEÑO DE COMPUESTOS DE BAJO PESO MOLECULAR CAPACES DE INHIBIR INTERACCIONES ENTRE PROTEINAS, ALGO DE GRAN IMPORTANCIA PARA EL DISEÑO DE FARMACOS, ESTO REQUERIRA LA IDENTIFICACION COMPUTACIONAL DE ZONAS DE INTERACCION Y DE RESIDUOS "HOT-SPOT", INCLUSO EN AUSENCIA DE INFORMACION ESTRUCTURAL DEL COMPLEJO, ASI COMO LA INTEGRACION DE ALGORITMOS DE DOCKING DE LIGANDO-PROTEINA Y DE PROTEINA-PROTEINA, interacciones entre proteínas\docking de proteínas\predicción estructural\hot-spots\diseño de fármacos\cálculos energéticos\desolvatación\electrostática
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