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PID2021-127535NB-I00

Financiado

ANALISIS SISTEMATICO DE LA REGULACION POSTRADUCCIONAL DE LA ACTIVACION DEL GENOM...

ANALISIS SISTEMATICO DE LA REGULACION POSTRADUCCIONAL DE LA ACTIVACION DEL GENOMA CIGOTICO EN VERTEBRADOS: UNA APROXIMACION CRISPR-CAS13D LA TRANSICION MATERNO-CIGOTICA (TMC) ES UN PROCESO UNIVERSAL QUE OCURRE EN TODOS LOS ANIMALES Y ABARCA LA ACTIVACION DE UN GENOMA CIGOTICO QUIESCENTE Y LA ELIMINACION DE LOS ARN DEPOSITADOS POR LA MADRE EN EL OOCITO. DURANTE ESTE... ver más

01/01/2021

UPO

200K€

Presupuesto del proyecto: 200K€

Líder del proyecto

UNIVERSIDAD PABLO DE OLAVIDE, DE SEVILLA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 3

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2021-01-01

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Participantes

UPO

Lider

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Líder del proyecto

UNIVERSIDAD PABLO DE OLAVIDE, DE SEVILLA

Total investigadores 3

Presupuesto del proyecto 200K€

Descripción del proyecto LA TRANSICION MATERNO-CIGOTICA (TMC) ES UN PROCESO UNIVERSAL QUE OCURRE EN TODOS LOS ANIMALES Y ABARCA LA ACTIVACION DE UN GENOMA CIGOTICO QUIESCENTE Y LA ELIMINACION DE LOS ARN DEPOSITADOS POR LA MADRE EN EL OOCITO. DURANTE ESTE EVENTO DE REPROGRAMACION CELULAR IN VIVO, SE ELIMINA EL ANTIGUO PROGRAMA MATERNO Y SE IMPLEMENTAN NUEVAS INSTRUCCIONES CIGOTICAS. SI BIEN SE HAN IDENTIFICADO ALGUNOS FACTORES DE TRANSCRIPCION Y MODIFICADORES DE CROMATINA DE APORTE MATERNO QUE REGULAN LA ACTIVACION DEL GENOMA CIGOTICO (AGC), EXISTEN MILES DE ARNS EN EL OOCITO CUYO PAPEL DURANTE LA TMC SE DESCONOCE. POR TANTO, PARA COMPRENDER MEJOR ESTE PROCESO FUNDAMENTAL EN BIOLOGIA SE REQUIERE UN ANALISIS SISTEMATICO DE LA CONTRIBUCION MATERNA. EN NUESTRO LABORATORIO, HEMOS DEMOSTRADO RECIENTEMENTE QUE EL SISTEMA CRISPR-RFXCAS13D ES EFICAZ Y PRECISO PARA ELIMINAR ARNM DE MANERA ESPECIFICA EN EL PEZ CEBRA Y OTROS EMBRIONES ANIMALES COMO MEDAKA, KILLIFISH O RATON. CON ESTE SISTEMA AHORA OPTIMIZADO ESTAMOS LLEVANDO A CABO UN ESCRUTINIO PARA IDENTIFICAR NUEVOS FACTORES MATERNOS INVOLUCRADOS EN LA TMC DURANTE EL DESARROLLO TEMPRANO DEL PEZ CEBRA. PRIMERO, SELECCIONAMOS 522 CANDIDATOS DE ARNM CON PATRONES DE TRADUCCION QUE SUGIEREN UN PAPEL POTENCIAL Y ESPECIFICO EN LA AGC. ENTRE ESTOS CANDIDATOS, NOS CENTRAMOS EN UN SUBCONJUNTO DE ARNM QUE CODIFICAN PROTEINAS INVOLUCRADAS EN MODIFICACIONES POSTRADUCCIONALES, UN TIPO DE REGULACION POCO CARACTERIZADA EN EL CONTEXTO DE LA TMC. COMO PRUEBA DE CONCEPTO, HEMOS COMPLETADO LA ELIMINACION DE TODOS LOS ARNM MATERNOS QUE CODIFICAN PROTEINA QUINASAS Y HEMOS IDENTIFICADO BCKDK COMO INVOLUCRADA EN EL DESARROLLO TEMPRANO DEL PEZ CEBRA. ADEMAS MEDIANTE ARN SEQ HEMOS CONFIRMADO SU PAPEL EN EL CORRECTO FUNCIONAMIENTO DE LA AGC. EN ESTA PROPUESTA, NUESTRO OBJETIVO ES I) COMPRENDER MEJOR EL PAPEL DE BCKDK EN EL CONTROL DE LA AGC EN EL PEZ CEBRA Y OTROS VERTEBRADOS Y II) ELIMINAR SISTEMATICAMENTE TODOS LOS ARNM MATERNOS DEL SUBGRUPO DE 522 CANDIDATOS, QUE CODIFICAN PROTEINAS CON UNA FUNCION REGULADORA DE LA EXPRESION GENICA A NIVEL POSTRADUCCIONAL. FINALMENTE, SI BIEN EL SISTEMA CRISPR-RFXCAS13D PUEDE INDUCIR LA ELIMINACION DEL ARN EMBRIONARIO DE FORMA EFICIENTE, A MENUDO SE NECESITAN VARIOS GUIAS DE ARN (GARN) QUE SE DIRIJAN AL MISMO ARNM PARA ASEGURAR UNA ACTIVIDAD ALTA. DE HECHO, HEMOS OBSERVADO UNA VARIABILIDAD EN LA ACTIVIDAD DE LOS GARNS IN VIVO. ALGORITMOS RECIENTEMENTE DESARROLLADOS EN CULTIVOS CELULARES DE MAMIFEROS HAN DEMOSTRADO SER CAPACES DE PREDECIR CON CIERTA CAPACIDAD LA EFICIENCIA DE LOS GARN DEL SISTEMA CRISPR-RFXCAS13D. SIN EMBARGO, ESTAS PREDICCIONES NO SON PRECISAS EN SISTEMAS IN VIVO COMO EN EMBRIONES DE PEZ CEBRA. PARA SEGUIR OPTIMIZANDO EL SISTEMA CRISPR-RFXCAS13D IN VIVO, Y COMO EL TERCER OBJETIVO DE NUESTRA PROPUESTA, EVALUAREMOS LA ACTIVIDAD DE MILES DE GARN Y UTILIZAREMOS ESTOS DATOS PARA EL DESARROLLO DE UNA HERRAMIENTA COMPUTACIONAL PARA PREDECIR LA ACTIVIDAD CRISPR-RFXCAS13D IN VIVO, LO QUE PERMITIRA LA SELECCION DE LOS GARN MAS EFICIENTES. EN CONJUNTO, NUESTROS RESULTADOS CONTRIBUIRAN A UNA MEJOR COMPRENSION DE LOS MECANISMOS Y FACTORES MOLECULARES QUE CONTROLAN LA ACG Y LA EMBRIOGENESIS TEMPRANA DE LOS VERTEBRADOS, ASI COMO A UN MAYOR DESARROLLO DEL SISTEMA CRISPR-RFXCAS13D COMO UNA HERRAMIENTA SOLIDA PARA ELIMINAR ARN IN VIVO. RISPR-CAS13\REPROGRAMACION CELULAR\GENETICA\ACTIVACION CIGOTICA\PEZ CEBRA\VERTEBRADOS\DESARROLLO TEMPRANO\ARN

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