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PID2019-106277RA-I00

Financiado

PLATAFORMA CROWDSOURCING EN LA NUBE PARA LA ANOTACION MASSIVA DE METABOLITOS EN...

PLATAFORMA CROWDSOURCING EN LA NUBE PARA LA ANOTACION MASSIVA DE METABOLITOS EN EXPERIMENTOS BIOMEDICOS LA METABOLOMICA MEDIANTE CROMATOGRAFIA LIQUIDA ACOPLADA A ESPECTROMETRIA DE MASAS (LC-MS) ES UNA HERRAMIENTA EMERGENTE PARA LA MEDICION DE PEQUEÑAS MOLECULAS (METABOLITOS) EN FLUIDOS Y TEJIDOS BIOLOGICOS, LA METABOLOMICA ES DE PAR... ver más

01/01/2019

EURECAT

97K€

Presupuesto del proyecto: 97K€

Líder del proyecto

FUNDACIO EURECAT No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 2-3 | 58M€

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2019-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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Líder del proyecto

FUNDACIO EURECAT No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 2-3 | 58M€

Presupuesto del proyecto 97K€

Descripción del proyecto LA METABOLOMICA MEDIANTE CROMATOGRAFIA LIQUIDA ACOPLADA A ESPECTROMETRIA DE MASAS (LC-MS) ES UNA HERRAMIENTA EMERGENTE PARA LA MEDICION DE PEQUEÑAS MOLECULAS (METABOLITOS) EN FLUIDOS Y TEJIDOS BIOLOGICOS, LA METABOLOMICA ES DE PARTICULAR INTERES EN LA INVESTIGACION BIOMEDICA PARA IDENTIFICAR LOS METABOLITOS INVOLUCRADOS EN UNA ENFERMEDAD O UN MECANISMO METABOLICO ESPECIFICO, SIN EMBARGO, MIENTRAS QUE LA GENOMICA Y LA PROTEOMICA SE CONSIDERAN TECNICAS DE ANALISIS MASIVO, LA METABOLOMICA NO PUEDE CONSIDERARSE COMO TAL, ESTO SE DEBE A QUE LA METABOLOMICA PUEDE MEDIR UNA GRAN CANTIDAD DE METABOLITOS EN MUESTRAS PERO LA IDENTIFICACION DE LOS MISMOS ES UN PROCESO COMPLEJO DONDE, RUTINARIAMENTE, SOLO SE CONSIGUEN IDENTIFICAR (ANOTAR) UNOS POCOS, MUCHOS FACTORES DIFICULTAN LA CAPACIDAD DE REALIZAR UNA ANOTACION MASIVA DE METABOLITOS, PRIMERO, LC-MS NO GENERA UNA SOLA SEÑAL POR METABOLITO OBSERVADO, SINO QUE GENERA MULTIPLES SEÑALES REDUNDANTES POR METABOLITO, PARA IDENTIFICARLOS, SE NECESITA ASOCIAR TODAS LAS SEÑALES QUE PROVIENEN DE LOS MISMOS, ESTO TAMBIEN PERMITE TRANSFORMAR UNA LISTA DE GRAN DIMENSION (MULTIPLES VARIABLES POR METABOLITO) A UNA COMPUESTA DE SOLO UNA VARIABLE CUANTITATIVA POR METABOLITO, COMO EN LOS DATOS DE PROTEOMICA O GENOMICA, EXISTEN ESTRATEGIAS COMPUTACIONALES PARA TRATAR ESTA LIMITACION, PERO LA COMPLEJIDAD DE LA ESPECTROMETRIA DE MASAS HACE QUE LA AUTOMATIZACION DE ESTE PROCESO SEA PROPENSA A ERRORES, EN SEGUNDO LUGAR, LOS METABOLITOS SE IDENTIFICAN MEDIANTE LA COMPARACION CON LIBRERIAS DE ESPECTROS, ESTAS LIBRERIAS TIENEN UNA COBERTURA LIMITADA, LO QUE LIMITA NUESTRA CAPACIDAD PARA IDENTIFICAR INCLUSO MOLECULAS RELEVANTES INVOLUCRADAS EN PROCESOS METABOLICOS BASICOS, ADEMAS, ESTAS LIBRERIAS NO INCLUYEN INFORMACION SOBRE EL TIEMPO DE RETENCION (RT), RT, UNA PROPIEDAD MOLECULAR QUE PROPORCIONA PISTAS ADICIONALES SOBRE LA IDENTIDAD DEL METABOLITO, GENERALMENTE NO SE TIENE EN CUENTA DEBIDO A SU VARIACION ENTRE LOS DIFERENTES METODOS CROMATOGRAFICOS UTILIZADOS POR CADA LABORATORIO Y LA FALTA DE METODOS DE ESTANDARIZACION, EN ESTE PROYECTO PROPONEMOS DISEÑAR LAS BASES PARA PERMITIR UNA ANOTACION MASIVA DE METABOLITOS, EN PRIMER LUGAR, PROPORCIONAREMOS UNA IDENTIFICACION INTEGRAL DE LOS METABOLITOS PRESENTES EN MUESTRAS BIOLOGICAMENTE RELEVANTES, AL REALIZAR ESTA TAREA COMPLEJA UNA VEZ PARA UN TIPO DE MUESTRA, OTROS INVESTIGADORES PODRAN USAR ESA INFORMACION PARA ACELERAR EL PROCESO DE ANOTACION EN SUS EXPERIMENTOS, EN SEGUNDO LUGAR, DISEÑAREMOS UN METODO PARA PERMITIR LA TRADUCCION DE INFORMACION RT A TRAVES DE DIFERENTES METODOS CROMATOGRAFICOS, ESTO FACILITARA EL INTERCAMBIO DE INFORMACION RT DE DATOS GENERADOS EN OTROS LABORATORIOS, FINALMENTE, INTEGRAREMOS ESTOS RECURSOS EN UNA PLATAFORMA DE ANOTACION BASADA EN LA NUBE, ESTA PLATAFORMA UTILIZARA CROWDSOURCING PARA APROVECHAR LA CONTRIBUCION DE LA COMUNIDAD PARA CREAR UNA BASE DE DATOS DE METABOLITOS QUE CONTENGA INFORMACION ESPECTRAL Y RT, UNA PLATAFORMA CROWDSOURCING TAMBIEN TIENE LA CAPACIDAD DE DESCUBRIR ESPECTROS DE METABOLITOS DESCONOCIDOS PERO RECURRENTES, ES DECIR, ESPECTROS SIN IDENTIFICAR OBSERVADOS EN DIFERENTES MUESTRAS, ESTOS ESPECTROS NO SE ENCUENTRAN EN LIBRERIAS ESPECTRALES, AL COMBINAR RT E INFORMACION ESPECTRAL EN UNA APLICACION WEB, SE PODRA OBTENER FACILMENTE UNA LISTA DE METABOLITOS ANOTADOS PRESENTES EN LAS MUESTRAS, LO QUE PERMITIRA UN ANALISIS A GRAN ESCALA DE DATOS QUE HA SIDO ESENCIAL EN EL AVANCE DE LA PROTEOMICA Y GENOMICA, METABOLOMICA\ESPECTROMETRIA DE MASSAS\BIOINFORMATICA

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