Descripción del proyecto
A lo largo de este último siglo, el desarrollo de vacunas y compuestos antibióticos ha conseguido controlar la mortalidad asociada a infecciones agudas causadas por microorganismos patógenos, Hoy en día, el reto terapéutico en los países desarrollados lo representan las infecciones crónicas en las que bacterias se multiplican adheridas a un tejido o material, sintetizando una matriz polimérica que las protege, Estas estructuras, conocidas como biofilms, provocan el fracaso de las terapias e imposibilitan la inmunización profiláctica, El proyecto InnoEco pretende utilizar un nuevo abordaje genético, basado en dianas específicas de las bacterias formadoras de biofilms, Se pretende inhibir la formación de biofilms de Staphylococcus aureus, asociados a infecciones sistémicas y relacionadas con catéteres vasculares y prótesis y de Escherichia coli uropatógenos, asociados a infecciones urinarias, Ambos modelos de infección representan graves problemas en los hospitales por sus consecuencias tanto clínicas como económicas,Debido al intenso estudio llevado a cabo sobre el proceso de formación de biofilms, comienza a vislumbrarse elementos y estrategias comunes que distintas bacterias utilizan para formar estas estructuras, La síntesis de polisacáridos como la celulosa o el 1-6 poly N-acetyl glucosamine (PIA/PNAG), las rutas de señalización dependientes de sistemas de componentes o mensajeros secundarios y los plásmidos conjugativos son tres elementos implicados en la formación de biofilms, Nuestra hipótesis es que la interferencia con cualquiera de estos elementos resultará en la inhibición de la formación de biofilms, y que la identificación de compuestos activos en cualquiera de los tres pasos permitirá el diseño de tratamientos combinatorios efectivos en la eliminación y/o prevención de los procesos patológicos, Por tanto, el proyecto InnoEco se ha estructurado en tres paquetes de trabajo, centrados en cada una de las tres dianas propuestas, teniendo como nexo común la utilización de la colección de compuestos de BIOMAR, Partiendo de los biosensores y baterías de cepas aportadas por el IdAB, Recombina e IBBTEC, el cribado de colecciones de compuestos llevado a cabo por el BIOMAR permitirá identificar candidatos, que posteriormente se caracterizarán utilizando sistemas de análisis más elaborados y complejos, en los que puede estudiarse un número más limitado de compuestos, La colección de BIOMAR, contiene un nivel muy alto de diversidad química por lo que, a pesar de su reducido tamaño, permitirá valorar los sistemas de muestreo, especialmente en lo referente a porcentajes de activos, reproducibilidad y frecuencia de detección de falsos positivos, Así mismo, el uso de la colección permitirá identificar nuevas moléculas con potencial terapéutico, tanto por la inhibición de biofilms como la represión de la virulencia mediante interferencia con el sistema de regulación de dos componentes, o la identificación de nuevos inhibidores de la conjugación bacteriana (COINs) o antibióticos, El proyecto está diseñado para que los sistemas de cribado que se desarrollen frente a cada una de las dianas elegidas (exopolisacárido, TCS y conjugación) tengan utilidad para el cribado de nuevas colecciones de compuestos, de forma que el éxito en la consecución de los hitos del proyecto no dependa de la identificación de compuestos capaces de bloquear las dianas elegidas, Para los compuestos identificados con capacidad de bloquear una de las dianas elegidas, se seleccionarán clones resistentes, cuyo genoma será secuenciado, Las mutaciones identificadas y el análisis de los genes afectados por las mismas se estudiarán con el objetivo de determinar el mecanismo de acción de los compuestos seleccionados, La colección de extractos y compuestos de BIOMAR se evaluará en combinación con antibióticos comúnmente utilizados para el tratamiento de infecciones mediadas por biofilms para identificar aquellas combinaciones que tengan un efecto sinérgico,