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RLOOP-AS

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Interconnection between R loops and co transcriptional alternative splicing

R-loops are long RNA/DNA hybrids naturally formed behind RNA polymerase II (Pol II) during transcription, but their persistence is a threat for genome integrity through the creation of DNA damage, leading to cancer development. Ho... ver más

30/06/2017

FUNDACIO PRIVADA C...

170K€

Presupuesto del proyecto: 170K€

Líder del proyecto

FUNDACIO PRIVADA CENTRE DE REGULACIO GENOMICA Otras actividades deportivas asociacion

TRL 4-5 | 50K€

Fecha límite participación Sin fecha límite de participación.

Financiación concedida El organismo H2020 notifico la concesión del proyecto el día 2017-06-30

MSCA-IF-2014-EF: Marie Skłodowska-Curie Individual F...

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BFU2017-86970-P REDES POST-TRANSCRIPCIONALES Y REGULACION GENICA 235K€ Cerrado

Duración del proyecto: 27 meses Fecha Inicio: 2015-03-11
Fecha Fin: 2017-06-30

Líder del proyecto

FUNDACIO PRIVADA CENTRE DE REGULACIO GENOMICA Otras actividades deportivas asociacion

TRL 4-5 | 50K€

Presupuesto del proyecto 170K€

Fecha límite de participación Sin fecha límite de participación.

Descripción del proyecto R-loops are long RNA/DNA hybrids naturally formed behind RNA polymerase II (Pol II) during transcription, but their persistence is a threat for genome integrity through the creation of DNA damage, leading to cancer development. However, several recent studies reported a new and exciting role for R-loops in gene expression regulation by influencing transcription termination and chromatin modification. As mutations in several RNA processing factors have been shown to stabilize R-loop formation, we propose here to investigate the link between R-loops and co-transcriptional alternative splicing (AS) and to decipher the underlying mechanisms, a hypothesis supported by our preliminary results identifying more than 3000 splice junctions affected by decreased R-loops upon overexpression of RNase H1. The use of a specific antibody to RNA/DNA hybrids and stabilization/removal of R-loops coupled to high-throughput analysis of splicing (RNA-seq), R-loop profiling (DRIP-seq) and Pol II positioning and measurements (PRO-seq) will allow us to investigate genome-wide regulation of AS by R-loop formation. We will use particular AS events as models to elucidate the molecular mechanisms interconnecting R-loops and AS. Moreover, based on our previous expertise, we plan to study the impact of R-loops on DNA damage-induced AS alteration as a model of physiological regulation of AS by R-loops. This project will provide new insights on AS regulation through the formation of R-loops and also on cancer progression through R-loop stabilization. Finally, this project will allow me to acquire independent thinking and scientific leadership to reach an independent academic position in France.

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