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RTI2018-102084-B-I00

Financiado

INFERENCIA DE REDES DE REGULACION GENICA A PARTIR DE DATOS DE EXPRESION GENICA D...

INFERENCIA DE REDES DE REGULACION GENICA A PARTIR DE DATOS DE EXPRESION GENICA DECONVOLUCIONADOS Y DE CELULA UNICA EN ATEROSCLEROSIS SUBCLINICA A PESAR DE LOS AVANCES TECNOLOGICOS DE LAS ULTIMAS DECADAS, LA CUESTION DE COMO LOS RASGOS GENETICOS SE TRADUCEN EN FENOTIPOS PARA ENFERMEDADES COMPLEJAS AUN ESTA ABIERTA, MAS ALLA DE LOS RASGOS POLIGENICOS, BOYLE, LI Y PRITCHARD... ver más

01/01/2018

CENTRO NACIONAL DE...

99K€

Presupuesto del proyecto: 99K€

Líder del proyecto

CENTRO NACIONAL DE INVESTIGACIONES CARDIOVASC... No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 4-5 | 28M€

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2018-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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Líder del proyecto

CENTRO NACIONAL DE INVESTIGACIONES CARDIOVASC... No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 4-5 | 28M€

Presupuesto del proyecto 99K€

Descripción del proyecto A PESAR DE LOS AVANCES TECNOLOGICOS DE LAS ULTIMAS DECADAS, LA CUESTION DE COMO LOS RASGOS GENETICOS SE TRADUCEN EN FENOTIPOS PARA ENFERMEDADES COMPLEJAS AUN ESTA ABIERTA, MAS ALLA DE LOS RASGOS POLIGENICOS, BOYLE, LI Y PRITCHARD (2017) ACUÑARON EL TERMINO OMNIGENICO: SE IDENTIFICARON CIENTOS DE MILES DE SNP ASOCIADOS A RASGOS CUANTITATIVOS COMPLEJOS, ESTOS NUMEROS SOLO SE PUEDEN ENTENDER SI ESTAS VARIANTES ESTAN INVOLUCRADAS EN LA REGULACION DE LA EXPRESION GENICA EN LAS DIFERENTES CELULAS INVOLUCRADAS EN ENFERMEDADES COMPLEJAS, LA ATEROSCLEROSIS ES UNA DE ESTAS ENFERMEDADES SISTEMICAS COMPLEJAS, GENERALMENTE ASINTOMATICA HASTA QUE LAS ARTERIAS ESTAN SERIAMENTE BLOQUEADAS, LA DETECCION DE ATEROSCLEROSIS SUBCLINICA ES, POR LO TANTO, CRITICA PARA MINIMIZAR EL NUMERO DE EVENTOS, PARA ESO, LOS MECANISMOS MOLECULARES SUBYACENTES A LA ENFERMEDAD DEBEN SER DESENTRAÑADOS, AUNQUE TODAVIA SE DISPONE DE UN CONOCIMIENTO LIMITADO A NIVEL MOLECULAR, LOS INFORMES RECIENTES APOYAN EL PAPEL RELEVANTE DE LA INMUNIDAD ADAPTATIVA EN LA FORMACION Y EVOLUCION DE LA PLACA ATEROSCLEROTICA, LAS CELULAS MONONUCLEARES DE SANGRE PERIFERICA (PBMC, POR SUS SIGLAS EN INGLES) SON UN TEJIDO DIANA AMPLIAMENTE UTILIZADO EN INVESTIGACION TRASLACIONAL DEBIDO A SU DISPONIBILIDAD, PARA LA ATEROSCLEROSIS SUBCLINICA, SE ESPERA DETECTAR EN SANGRE SEÑALES DE LAS CELULAS INMUNES QUE ORQUESTAN LA FORMACION Y RESPUESTA A LA CALCIFICACION Y FORMACION DE PLACA EN LA ATEROSCLEROSIS SUBCLINICA, SIN EMBARGO, LOS CIRCUITOS GENETICOS DEBEN MODELARSE A NIVEL DE CELULA UNICA O AL MENOS A UN NIVEL DE POBLACION CELULAR, MIENTRAS QUE LA SANGRE COMPLETA TIENE UNA COMPOSICION CELULAR HETEROGENEA, EN ESTE PROYECTO, PROPONEMOS APLICAR DIGITALDLSORTER AL TRANSCRIPTOMA DE 500 INDIVIDUOS CARACTERIZADOS EN BASE A LA EXTENSION DE ATEROSCLERORIS SUBCLINICA MEDIANTE TECNICAS DE IMAGEN, LOS DATOS YA SE HAN GENERADO Y LOS INDIVIDUOS ESTAN DETALLADAMENTE FENOTIPADOS EN EL CONTEXTO DEL ESTUDIO PESA (FDEZ-FRIERA ET AL, 2015), DIGITALDLSORTER SE BASA EN DEEP LEARNING Y HACE USO DE DATOS PUBLICOS DE SCRNA-SEQ, EL ALGORITMO YA SE HA DESARROLLADO Y APLICADO CON EXITO A LA CUANTIFICACION DE LA INFILTRACION INMUNE EN MUESTRAS DE TUMORES, CON DIGITALDLSORTER, PRIMERO CALCULAREMOS LAS PROPORCIONES DE TIPOS CELULARES ESPECIFICOS EN SANGRE DE INDIVIDUOS ATEROSCLEROTICOS SANOS Y EN ETAPA TEMPRANA DE LA ENFERMEDAD Y COMO CORRELACIONAN CON LA PROGRESION DE LA ATHEROSCLEROSIS PRECLINICA, PROPONEMOS EN ESTE PROYECTO LA GENERACION DE DATOS DE CITOMETRIA DE FLUJO PARA VALIDAR NUESTRAS PREDICCIONES IN SILICO, DESPUES DE ESO, LAS PROPORCIONES ESTIMADAS SE UTILIZARAN EN UN MODELO PROBABILISTICO PARA OBTENER PERFILES DE EXPRESION DE GENES DESCONVOLUCIONADOS QUE SE PUEDEN USAR PARA LA RECONSTRUCCION DE LA RED DE GENES, TAMBIEN SE PROPONDRAN NUEVOS METODOS PARA LA RECONSTRUCCION DE REDES QUE EXPLOTEN LA NATURALEZA DINAMICA DE LOS DATOS DE SCRNA-SEQ Y LAS REDES ESPECIFICAS DE CADA ESTADO Y TIPO CELULAR SE COMPARARAN CON LAS REDES DE PERFILES DESCONVOLUCIONADOS, NUESTRA ESTRATEGIA PERMITIRA MEJORAR NUESTRO CONOCIMIENTO MOLECULAR ACERCA DE LA GENESIS Y LA PROGRESION DE LA ATEROSCLEROSIS SUBCLINICA ABRIENDO NUEVAS VIAS PARA EL TRATAMIENTO TEMPRANO, FINALMENTE, NUESTRA METODOLOGIA SE APLICARA A LOS DATOS MASIVOS DE RNA-SEQ GENERADOS EN CNIC Y RELEVANTES PARA DIFERENTES ENFERMEDADES CARDIOVASCULARES E IMPLEMENTADOS EN UNA APLICACION WEB QUE ESTARA DISPONIBLE PARA TODA LA COMUNIDAD PARA PERMITIR EL MODELADO DE SISTEMAS BIOLOGICOS, BIOLOGIA DE SISTEMAS\REDES GENICAS\EXPRESIÓN GÉNICA\CÉLULA ÚNICA\RNA-SEQ\INFERENCIA BAYESIANA\OPEN DATA

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