Descripción del proyecto
LAS MOLECULAS ORGANICAS MAS ABUNDANTES EN LA TIERRA SON LOS GLUCANOS (CARBOHIDRATOS Y SUS CONJUGADOS), LOS GLUCANOS PARTICIPAN EN GRAN CANTIDAD DE PROCESOS BIOLOGICOS, ENTRE LOS QUE DESTACAN EL RECONOCIMIENTO MOLECULAR Y CELULAR, DONDE LOS GLUCANOS SE UNEN DE FORMA MUY ESPECIFICA A PROTEINAS, LOS GLUCANOS TIENEN UN PAPEL FUNDAMENTAL EN EL DESARROLLO DE LA VIDA PERO TAMBIEN EN LAS INFECCIONES POR PATOGENOS Y EN VARIAS ENFERMEDADES, POR TODO ELLO, LOS GLUCANOS Y DE LAS PROTEINAS QUE LOS RECONOCEN (E,J, ANTICUERPOS, LECTINAS) SON EL OBJETO DE ESTUDIO PARA DESARROLLOAR NUEVAS HERRAMIENTAS DE DIAGNOSTICO O TERAPIA, POR OTRO LADO, LOS POLIMEROS DE CARBOHIDRATOS (E,J, CELULOSA) SE UTILIZAN COMO ALTERNATIVA A LOS COMBUSTIBLES FOSILES PARA LA OBTENCION DE BIOFUELS Y DE MOLECULAS QUIMICAS BASICAS PARA LA POSTERIOR SINTESIS DE OTROS COMPUESTOS O POLIMEROS,NUESTRO OBJETIVO GENERAL ES CONTRIBUIR AL AVANCE DE LAS GLICOCIENCIAS MEDIANTE EL DESARROLLO DE NUEVAS HERRAMIENTAS Y PROTOCOLOS COMPUTACIONALES ESPECIFICOS Y SU APLICACION MULTIESCALA, JUNTO CON OTROS METODOS, CON EL FIN DE ESTUDIAR DISTINTOS PROCESOS BIOLOGICOS EN LOS QUE PARTICIPAN LOS CARBOHIDRATOS, CONCRETAMENTE, NOS CENTRAREMOS EN TRES OBJETIVOS:- EL ESTUDIO COMPUTACIONAL DE UN POSIBLE MECANISMO PROCESIVO PARA ENZIMAS EXO β-GLUCOSIDASES QUE HIDROLIZAN OLIGO Y POLISACARIDOS, LA HIPOTESIS DE PARTIDA SE BASA EN UN TRABAJO RECIENTE HECHO EN COLABORACION CON LA PROF, HRMOVA (AUSTRALIA), CON QUIEN VAMOS A COLABORAR A LO LARGO DEL PROYECTO, LOS RESULTADOS DE ESTE ESTUDIO PROPORCIONARAN NUEVOS CONOCIMIENTOS A NIVEL MOLECULAR QUE PUEDEN SERVIR PARA MEJORAR LOS PROCESOS DE DEGRADACION DE BIOMASA CATALIZADOS POR CELULASAS,- ESTUDIOS COMPUTACIONALES PARA LA ELUCIDACION DEL MECANISMO DE C GTS, QUE CATALIZAN LA FORMACION DE UN ENLACE C-C PARA DAR C-GLUCOSIDOS, ESTOS COMPUESTOS SON DE INTERES POR SU ALTA ESTABILIDAD, HECHO QUE LOS HACE MUY ATRACTIVOS, POR EJEMPLO, PARA LA INDUSTRIA FARMACEUTICA, DE HECHO, PARA VARIOS C-GLUCOSIDOS DE HA DESCRITO UNA ACCION ANTIBACTERIANA O ANTITUMORAL, ENTENDER MEJOR COMO FUNCIONAN ESTAS ENZIMAS AYUDARA EN LA SINTESIS DE DICHOS COMPUESTOS Y DE OTROS RELACIONADOS DE GRAN VALOR AÑADIDO,- EL ESTUDIO COMPUTACIONAL DE INTERACCIONES CARBOHIDRATO-PROTEINA COMPLEJAS MEDIANTE GAUDIMM, COMO SE HA DICHO, ESTE TIPO DE INTERACCIONES SON DE VITAL IMPORTANCIA, SU COMPLEJIDAD REQUIERE DE ESFUERZOS MULTIDISCIPLINARIOS PARA SU ESTUDIO, EN ESTOS, LAS TECNICAS DE MODELIZACION MOLECULAR TIENEN UN PAPEL DESTACADO PARA AYUDAR A LA PREDICCION DE LAS ESTRUCTURAS 3D DE LOS COMPLEJOS FORMADOS Y A LA RACIONALIZACION DE LOS DATOS DE ESPECIFICIDAD, LA MEJORA DE LOS PROTOCOLOS Y FUNCIONES DE ENERGIA UTILIZADOS EN LOS CALCULOS DE DOCKING DE ESTE TIPO DE COMPUESTOS ES PUES UN CAMPO DE INVESTIGACION MUY ACTIVO, EN ESTA PARTE DEL PROYECTO NOS PROPONEMOS DESARROLLAR MEJORAS PARA LA MODELIZACION FRONTERA DE ESTOS COMPLEJOS MOLECULARES TAN IMPORTANTES EN GLICOBIOLOGIA, ESTO SERA POSIBLE GRACIAS A LA FLEXIBILIDAD DEL PROGRAMA GAUDIMM, QUE ESTA SIENDO DESARROLLADO POR NUESTRO COLABORADOR DR, MARECHAL (UNIVERSITAT AUTONOMA DE BARCELONA), EN ESTE PROYECTO VAMOS A IMPLEMENTAR EN EL PROGRAMA HERRAMIENTAS ESPECIFICAS PARA LA MODELIZACION DE LOS CARBOHIDRATOS, ESTAS HERRAMIENTAS SE PROBARAN Y APLICARAN AL ESTUDIO DE INTERACCIONES C-P COMPLEJAS, INCLUYENDO PROCESOS DE RECONOCIMIENTO ENTRE ANTICUERPOS Y ANTIGENOS Y ENTRE LECTINAS Y CARBOHIDRATOS, COMO EL CASO DE LA HEMAGLUTININA DEL VIRUS INFLUENZA, MODELIZACIÓN MOLECULAR\CATÁLISIS ENZIMÁTICA\RECONOCIMIENTO MOLECULAR\GLICANOS\CARBOHIDRATOS