Descripción del proyecto
LA PRODUCCION DE LECHE DE OVEJA EN ESPAÑA CONSTITUYE EL 21% DEL TOTAL DE LA UE, SIENDO CASTILLA Y LEON LA REGION MAS PRODUCTORA Y CON MAYOR CENSO DE NUESTRO PAIS, ESTA PRODUCCION ESTA DESTINADA CASI EN SU TOTALIDAD A LA ELABORACION DE QUESO DE ALTA CALIDAD, POR LO QUE EL AUMENTO DEL RENDIMIENTO QUESERO, ALTAMENTE DEPENDIENTE DEL CONTENIDO DE PROTEINA Y GRASA DE LA LECHE, ASI COMO SUS PROPIEDADES DE COAGULACION (MCP), SON DE GRAN INTERES PARA ESTE SECTOR, EL PRESENTE PROYECTO, PROTMILKOMA, PRETENDE UTILIZAR LA TECNICA DE SECUENCIACION MASIVA PARALELA DEL TRANSCRIPTOMA, O RNASEQ, PARA LA DETECCION DE VARIANTES GENETICAS CON EFECTOS SOBRE CARACTERES DE PRODUCCION LECHERA, PRINCIPALMENTE EL PORCENTAJE DE PROTEINA (PP) Y LAS MCP, ADEMAS, EL PROYECTO PROPONE CARACTERIZAR LA MICROBIOTA DE LA GLANDULA MAMARIA SANA DE LA OVEJA, CUYA COMPOSICION Y EQUILIBRIO PUEDEN AFECTAR AL BIENESTAR Y PRODUCTIVIDAD DEL ANIMAL, ASI COMO A LA CALIDAD Y PROPIEDADES TECNOLOGICAS DE LA LECHE PRODUCIDA, PARA ELLO SE PLANTEAN TRES OBJETIVOS ESPECIFICOS, EN EL PRIMERO SE ANALIZARA EL TRANSCRIPTOMA MAMARIO DE OVEJAS CON FENOTIPO DIVERGENTE PARA PP, REALIZANDOSE UN EXPERIMENTO DE RNASEQ EN DOS RAZAS OVINAS, CHURRA Y ASSAF (4 ANIMALES DE ALTO PP VS 4 AN, BAJO PP, EN CADA RAZA), DE TODAS LAS VARIANTES IDENTIFICADAS CON FRECUENCIAS EXTREMAS ENTRE LOS DOS GRUPOS, ESPECIALMENTE LAS LOCALIZADAS EN LOS GENES DE LAS CASEINAS Y PROTEINAS DEL LACTOSUERO Y LAS DE LOS GENES IDENTIFICADOS COMO EXPRESADOS DIFERENCIALMENTE (DEGS), SE SELECCIONARA UN GRUPO DE SNPS PARA SU INCLUSION EN UN CHIP DE BAJA DENSIDAD, EL MILKPROTEIN-CHIP (3,2K), CUYO GENOTIPADO EN POBLACIONES COMERCIALES (600 CHURRAS Y 600 ASSAF) SERVIRA PARA CONFIRMAR POSIBLES ASOCIACIONES CON CARACTERES LECHEROS, EN EL SEGUNDO OBJETIVO, DE FORMA PARALELA, SE REALIZARA UN EXPERIMENTO DE RNASEQ PARA COMPARAR EL TRANSCRIPTOMA MAMARIO DE OVEJAS ASSAF CON FENOTIPO EXTREMO DIVERGENTE PARA CARACTERES DE COAGULABILIDAD DE LA LECHE Y DE RENDIMIENTO QUESERO (4 AN, DE OPTIMAS MCP VS 4 AN, DE DEFICIENTES MCP), PARA ELLO, SE REALIZARA UNA DETERMINACION DE VARIOS PARAMETROS RELACIONADOS CON LAS MCP (RCT, K20, A30, A45, Y A90, RENDIMIENTO QUESERO, CONTENIDO EN CITRATO DE LA LECHE Y PH), DE NUEVO, DE LA VARIABILIDAD DIVERGENTE IDENTIFICADA EN ESTE EXPERIMENTO SE SELECCIONARAN SNPS (LOCALIZADOS EN LOS GENES DE LAS PROTEINAS DE LA LECHE, EN LOS DEGS Y LOS GENES DE LA RUTA DE SINTESIS DEL CITRATO) PARA INCLUIRLOS EN EL MILKPROTEIN-CHIP, LOS GENOTIPOS DE ESTE CHIP GENERADOS EN 400 OVEJAS ASSAF CON MEDIDAS DISPONIBLES PARA LOS CARACTERES TECNOLOGICOS EN ESTUDIO PERMITIRAN IDENTIFICAR VARIANTES ASOCIADAS CON DICHOS FENOTIPOS, FINALMENTE, EL TERCER OBJETIVO CARACTERIZARA LA MICROBIOTA MAMARIA DE LAS OVEJAS ASSAF MUESTREADAS EN EL OBJETIVO 2 MEDIANTE EL ANALISIS DE LA VARIABILIDAD DEL GEN 16S RRNA MEDIANTE SECUENCIACION, QUE SE USARA PARA LA ASIGNACION TAXONOMICA Y CUANTIFICACION DE LA MICROBIOTA MAMARIA, MEDIANTE POSTERIOR ANALISIS DE ASOCIACION SE PRETENDE IDENTIFICAR CIERTOS PERFILES MICROBIANOS QUE PUDIERAN TENER UN EFECTO POSITIVO PARA EL RENDIMIENTO QUESERO DE LA LECHE, ADEMAS, LAS MUESTRAS CON MAYOR VARIABILIDAD MICROBIANA SERAN SOMETIDAS A UNA SECUENCIACION COMPLETA DEL DNA BACTERIANO UTILIZANDO UN ENFOQUE METAGENOMICO, EN CONJUNTO, PROTMILKOMA, PRETENDE, A TRAVES DE LAS MAS MODERNAS HERRAMIENTAS Y TECNOLOGIAS GENOMICAS, PROPORCIONAR SOLUCIONES PRACTICAS AL SECTOR OVINO LECHERO, OVEJA\LECHE\PORCENTAJE DE PROTEÍNA\COAGULABILIDAD\GLÁNDULA MAMARIA\TRANSCRIPTOMA\MICROBIOMA