Descripción del proyecto
EL SUBPROYECTO 1 SE CENTRARA EN LA CARACTERIZACION GENOMICA DE LOS AGENTES ASOCIADOS A LA DIARREA NEONATAL EN CERDOS Y RUMIANTES, LA SECUENCIACION DEL GENOMA DE LOS AISLAMIENTOS OBTENIDOS, SOBRE TODO DE AISLADOS DE CLOSTRIIOIDES, PERMITIRA DISECCIONAR SUS PRINCIPALES CARACTERISTICAS: RESISTENCIA, CAPACIDAD TOXIGENICA, PRINCIPALES DETERMINANTES DE VIRULENCIA Y FACTORES DE ADAPTACION AL HUESPED, DE FORMA SIMILAR, PERMITIRA ESTABLECER RELACIONES POTENCIALES ENTRE MICROORGANISMOS AISLADOS DE PROCESOS PATOGENOS CON SUS CARACTERISTICAS GENOTIPICAS, ESPECIALMENTE EN TERMINOS DE FACTORES DE VIRULENCIA Y SENSIBILIDAD A LOS ANTIBIOTICOS, TAMBIEN TRABAJAREMOS EN LA DETERMINACION Y DISTRIBUCION DE LAS COMUNIDADES MICROBIANAS INTESTINALES ASOCIADAS A LAS DIARREAS NEONATALES Y EL PAPEL QUE JUEGA LA POSIBLE DESVIACION DE LA MICROBIOTA INTESTINAL O DISBIOSIS, LA APLICACION DE TECNICAS NGS PERMITIRA ACLARAR LAS COMUNIDADES INTESTINALES MICROBIANAS ASOCIADAS A LA DIARREA NEONATAL, Y LAS POSIBLES DIFERENCIAS CON LAS COMUNIDADES INTESTINALES MICROBIANAS EN ANIMALES SANOS, QUE NOS PERMITIRAN EVALUAR EL PAPEL DE LA DISBIOSIS MICROBIANA INTESTINAL EN LA DIARREA, ADEMAS, EL ANALISIS DE LAS COMUNIDADES INTESTINALES MICROBIANAS POR PARTE DE NGS DILUCIDARA LAS RELACIONES ENTRE LA PRESENCIA DE CIERTOS AGENTES DE DIARREA NEONATAL Y EL DESARROLLO DE LA MISMA, Y LA PRESENCIA CONJUNTA DE CIERTOS AGENTES DE DIARREA NEONATAL EN COMUNIDADES INTESTINALES MICROBIANAS DE ANIMALES ENFERMOS Y SANOS, DE MANERA SIMILAR, MEDIANTE EL EMPLEO DE LA METAGENOMICA, SE DEMOSTRARA LA PRESENCIA DE CIERTOS RASGOS GENETICOS, PARTICULARMENTE GENES DE RESISTENCIA A LOS ANTIMICROBIANOS, GENES TOXIGENICOS Y PRINCIPALES DETERMINANTES DE LA VIRULENCIA A NIVEL DE LA COMUNIDAD INTESTINAL MICROBIANA, MUCHO MAS ALLA DEL ENFOQUE TRADICIONAL DE NIVEL DE AISLADO,FINALMENTE, LA COMPARACION GENOMICA DE LOS AISLADOS DE CLOSTRIDIUM DE ORIGEN ANINAL OBTENIDOS EN ESTE ESTUDIO CON LOS DE ORIGEN HUMANO PERMITIRA PODER ESTABLECER EL POTENCIAL ZOONOTICO DE ESTE TIPO DE AGENTES, LA COMPARACION DE GENOMAS, EN ESTE CASO ENTRE ANIMALES Y HUMANOS, PERMITIRA DETERMINAR LA RELACION FILOGENETICA ENTRE LOS AISLAMIENTOS QUE PODRIA AYUDAR A COMPRENDER LA EXISTENCIA DE RESERVORIOS ANIMALES Y AMBIENTALES A HUMANOS, DE MANERA SIMILAR, LA COMPARACION GENOMICA ENTRE CEPAS PERMITIRA EVALUAR LAS DIFERENCIAS EN LA RESISTENCIA Y LA CAPACIDAD TOXIGENICA QUE PODRIAN AYUDAR A ESTABLECER TANTO MEDIDAS DE CONTROL EN LA PRODUCCION PRIMARIA COMO EN LA COMUNIDAD PARA IMPEDIR LA PROPAGACION DE LAS BACTERIAS ASOCIADAS A LA DIARREA NEONATAL A LA POBLACION HUMANA, DIARREAS\CLOSTRIDIOS\MICROBIOTA\METAGENOMICA\TOXINA\RUMIANTES\PORCINO