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PROTEOMEXCHANGE

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International Data Exchange and Data Representation Standards for Proteomics

Over the last few years the field of proteomics has evolved into a prolific data producer. As a result, various databases that collect and redistribute the acquired data have been established. While data format standards for quant... ver más

30/06/2014

EMBL

2M€

Presupuesto del proyecto: 2M€

Líder del proyecto

EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Fecha límite participación Sin fecha límite de participación.

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Financiación concedida El organismo FP7 notifico la concesión del proyecto el día 2014-06-30 No tenemos la información de la convocatoria

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Este proyecto no cuenta con búsquedas de partenariado abiertas en este momento.

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11 Participantes

EMBL

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Líder del proyecto

EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Presupuesto del proyecto 2M€

Fecha límite de participación Sin fecha límite de participación.

Descripción del proyecto Over the last few years the field of proteomics has evolved into a prolific data producer. As a result, various databases that collect and redistribute the acquired data have been established. While data format standards for quantitative proteomics have now been defined and implemented with significant contribution from the recently completed EU ProDaC grant, standards for quantitative proteomics are still lacking. This simultaneous creation of multiple repositories and databases, and lack of standards for quantitative proteomics result in a fragmentation of data, and cause confusion for data submitters and users alike. Based on consortium expertise in the operation of large scale proteomics repositories (PRIDE, PeptideAtlas, Tranche, Peptidome) we aim to implement the next step, regular data exchange between major international proteomics resources. In parallel, we will further develop standards (mzQuantML) for the dynamic field of quantitative mass spectrometry. The main objectives of ProteomExchange are user-oriented: (i) to provide a single point of data submission to the user; (ii) to ensure data availability in all of the different member databases; (iii) to use community standard formats to represent the data, so it becomes accessible to all regardless of data origin; (iv) to provide added value through different views on the same data, from repositories to derived search tools. With an international consortium and support from large scale data producers (ISAS (Germany), U. Cambridge (UK), Karolinska Institute (Sweden)), industry (Pfizer, Philips, Waters), and journals (Nature Biotechnology, MCP, JPR), we here propose a Coordination Action project to solidify an emerging informal collaboration between major repositories into a production-quality data deposition and dissemination consortium on par with the systems so successfully employed by three-dimensional structure databases and nucleotide sequence databases, amongst others.

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