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PGC2018-099640-B-I00

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INFERENCIA DE LA ESTRUCTURA ESPACIAL GENOMICA DE LOS DATOS DE METILACION DEL ADN...

INFERENCIA DE LA ESTRUCTURA ESPACIAL GENOMICA DE LOS DATOS DE METILACION DEL ADN EN MUESTRAS SANAS Y DE CANCER LA ORGANIZACION ESPACIAL DE LOS CROMOSOMAS EN EL NUCLEO TIENE IMPORTANTES CONSECUENCIAS SOBRE LA REGULACION GENETICA, LAS TECNICAS DE CAPTURA DE CONFORMACION DE CROMATINA (METODOS 3C) TALES COMO 5C O HI-C SON UNA FAMILIA DE METODO... ver más

01/01/2018

FUNDACIO PRIVADA C...

106K€

Presupuesto del proyecto: 106K€

Líder del proyecto

FUNDACIO PRIVADA CENTRE DE REGULACIO GENOMICA Otras actividades deportivas asociacion

TRL 4-5 | 50K€

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Líder del proyecto

FUNDACIO PRIVADA CENTRE DE REGULACIO GENOMICA Otras actividades deportivas asociacion

TRL 4-5 | 50K€

Presupuesto del proyecto 106K€

Descripción del proyecto LA ORGANIZACION ESPACIAL DE LOS CROMOSOMAS EN EL NUCLEO TIENE IMPORTANTES CONSECUENCIAS SOBRE LA REGULACION GENETICA, LAS TECNICAS DE CAPTURA DE CONFORMACION DE CROMATINA (METODOS 3C) TALES COMO 5C O HI-C SON UNA FAMILIA DE METODOS QUE EVALUAN LA ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL DEL GENOMA CAPTURANDO Y SECUENCIANDO FRAGMENTOS DE ADN QUE ESTAN EN PROXIMIDAD FISICA, ESTOS ENFOQUES SE HAN USADO PARA MOSTRAR QUE LOS GENOMAS DE VERTEBRADOS ESTAN ORGANIZADOS EN COMPARTIMENTOS ACTIVOS (A) E INACTIVOS (B) A GRAN ESCALA (MULTI-MEGABASE), Y DENTRO DE ESTOS HAY DOMINIOS DE MENOR ESCALA (DOMINIOS ASOCIATIVOS TOPOLOGICOS O TAD) CORRESPONDIENTES A REGIONES DE ADN QUE PUEDE INTERACTUAR A PESAR DE ESTAR SEPARADOS EN EL CROMOSOMA, SI SE CONSIDERAN OTRAS MARCAS EPIGENETICAS (COMO LA METILACION DEL ADN), SE PUEDEN IDENTIFICAR LOS PATRONES EPIGENETICOS DE LOS COMPARTIMENTOS O LOS LIMITES DE LOS TAD, DADA LA PRESENCIA DE PATRONES DE METILACION DE DOMINIOS ESPACIALES, NO ES SORPRENDENTE QUE LOS DATOS EPIGENETICOS DE LA METILACION DEL ADN PUEDAN PROPORCIONAR INFORMACION SOBRE ALGUNOS ASPECTOS DE LA ORGANIZACION ESPACIAL DEL GENOMA EN AUSENCIA DE OBSERVACIONES MAS DIRECTAS DE LA ESTRUCTURA DEL CROMOSOMA 3D A PARTIR DE LOS METODOS 3C, EN PARTICULAR, SE HA DEMOSTRADO QUE LOS DATOS DE METILACION DEL ADN A PARTIR DE MICROARRAYS DE METILACION DE ADN O EXPERIMENTOS DE SECUENCIACION DE GENOMA COMPLETO CON BISULFITO (WGBS) PUEDEN USARSE PARA PREDECIR COMPARTIMENTOS A / B, PENSAMOS QUE PODEMOS EXTENDER ESTOS RESULTADOS PARA UTILIZAR CONJUNTOS DE DATOS DE METILACION DE ADN DE UNA GAMA DE DIFERENTES TIPOS PARA PREDECIR DE MANERA PRECISA Y EFICIENTE NO SOLO LOS COMPARTIMENTOS A / B, SINO TAMBIEN LAS CARACTERISTICAS MAS DETALLADAS DE LA ESTRUCTURA GENOMICA 3D TALES COMO LOS LIMITES DE LOS TAD, AL APLICAR NUEVAS TECNICAS DE ANALISIS A UNA AMPLIA GAMA DE CONJUNTOS DE DATOS, EN SU MAYORIA PREEXISTENTES, DE UNA GAMA DE TIPOS DE CELULAS HUMANAS NORMALES Y CANCEROSAS, ESPERAMOS PODER IDENTIFICAR LAS CARACTERISTICAS DINAMICAS EN EL GENOMA 3D QUE PODREMOS ASOCIAR CON DIFERENTES TIPOS DE CELULAS HUMANAS, TIPOS DE CELULAS, DE TEJIDO O SUBTIPO DE CANCER, ESTO AUMENTARA NUESTRA COMPRENSION DE LOS PROCESOS IMPLICADOS EN LOS CAMBIOS EN LA REGULACION DE LOS GENES QUE SUBYACEN EN LA DIFERENCIACION Y LA ONCOGENESIS, Y SUGERIRA BIOMARCADORES POTENCIALES PARA LAS PRUEBAS DE DIAGNOSTICO O LA SELECCION DEL TRATAMIENTO, LOS PRINCIPALES OBJETIVOS DE NUESTRO PROYECTO SON (A) DESARROLLAR Y VALIDAR METODOS ESTADISTICOS (UTILIZANDO COMO PUNTO DE PARTIDA MODELOS EXISTENTES DESARROLLADOS POR NUESTRO GRUPO) PARA PREDECIR DIFERENTES ASPECTOS DE LA ESTRUCTURA GENOMICA 3D BASADOS EN DIFERENTES TIPOS DE DATOS DE METILACION DEL ADN (MICROARRAYS DE METILACION DEL ADN , WGBS, SECUENCIAS LARGAS DE OXFORD NANOPORE Y SECUENCIACION CON BISULFITO DE CELULAS INDIVIDUALES), (B) ESTABLECER IMPLEMENTACIONES EFICIENTES DE ESTOS METODOS PARA PERMITIR EL ANALISIS DE POTENCIALMENTE MILES DE MUESTRAS, (C) RECOPILAR CONJUNTOS DE DATOS DE METILACION DEL ADN DISPONIBLES PUBLICAMENTE PARA SU PROCESAMIENTO POR NUESTRAS PIPELINES, D ) INTEGRAR LOS RESULTADOS EN TODO EL CONJUNTO DE DATOS PROCESADOS PARA IDENTIFICAR LAS CARACTERISTICAS DINAMICAS DEL GENOMA 3D Y DESCUBRIR LAS ASOCIACIONES ENTRE LAS CARACTERISTICAS DINAMICAS Y LOS ASPECTOS DE REGULACION DE GENES, DIFERENCIACION Y PROGRESION DE LA ENFERMEDAD, ESTRUCTURA DEL GENOMA 3D\METILACIÓN DEL ADN\REGULACIÓN GENÉTICA\CÁNCER

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