Descripción del proyecto
NUESTRO OBJETIVO ES UTILIZAR METODOS BIOFISICOS EN UN MARCO FUERTEMENTE COLABORATIVO, REUNIENDO TEORIA Y EXPERIMENTO, PARA AVANZAR EN EL CONOCIMIENTO DE COMO LAS BACTERIAS Y LOS EMBRIONES (DE ANIMALES Y PLANTAS) REGULAN SU DINAMICA EN DIFERENTES ESCALAS DE TIEMPO, DESDE OSCILACIONES GENETICAS HASTA LA DINAMICA EVOLUTIVA A LARGO PLAZO, LOS MARCOS UNIFICADORES DE NUESTRO ESTUDIO SON LOS MECANISMOS UNIVERSALES DE LA REGULACION GENETICA Y LA EVOLUCION; Y DESDE EL PUNTO DE VISTA FISICO, LAS DESCRIPCIONES BASADAS EN LAS TEORIAS DE LOS SISTEMAS DINAMICOS Y LA MECANICA ESTADISTICA,1, ESTUDIOS EXPERIMENTALES Y TEORICOS RELACIONADOS CON LA RESISTENCIA A LOS ANTIBIOTICOS,1,1, CREACION DE UN LABORATORIO DE MICROBIOLOGIA EN LA CNB,1,2, EXPLORACION COMBINATORIA DEL ESPACIO DE CICLOS DE TRATAMIENTOS PARA SUPRIMIR LA RESISTENCIA A LOS ANTIBIOTICOS EN ESCHERICHIA COLI, PROPONEMOS UN NUEVO MONTAJE EXPERIMENTAL PARA PROBAR HASTA 1920 CICLOS DIFERENTES EN UN SOLO EXPERIMENTO,1,3, LA RESISTENCIA A LOS ANTIBIOTICOS A MENUDO SE PROPAGA A TRAVES DE LA CONJUGACION BACTERIANA, PROPONEMOS UN ESTUDIO EXPERIMENTAL EN CONDICIONES DE CRECIMIENTO ESTABLE UTILIZANDO UN NOVEDOSO SISTEMA EN BACILLUS SUBTILIS,1,4, MODELADO TEORICO (EN COLABORACION CON ESTUDIOS EXPERIMENTALES EN NUESTRO LABORATORIO Y POR WILFRIED MEIJER EN EL CBMSO) DE REGULACION DE LA CONJUGACION BACTERIANA EN EL PLASMIDO PLS20 DE BACILLUS SUBTILIS, HAY UN COMPONENTE IMPORTANTE DE QUORUM SENSING EN ESTE SISTEMA QUE ES CLAVE PARA ENTENDER LA EFICIENCIA DE CONJUGACION,2, MODELADO TEORICO (EN COLABORACION CON ESTUDIOS EXPERIMENTALES EN EL LABORATORIO DE JOEL STAVANS EN EL INSTITUTO WEIZMANN) DE LOS EFECTOS DE LOS GENES PATA Y HETF EN LA DIFERENCIACION DE CELULAS FIJADORAS DE NITROGENO EN LA CIANOBACTERIA FILAMENTOSA ANABAENA, ESTO CONTINUA TRABAJO PREVIO DEL GRUPO CON ESTE SISTEMA,3, ESTUDIAR LA REGULACION DEL TAMAÑO DE LOS ORGANOS EN PLANTAS Y ANIMALES,3,1, MODELADO TEORICO (EN COLABORACION CON ESTUDIOS EXPERIMENTALES EN EL LABORATORIO DE SALOME PRAT EN EL CNB) DE LA REGULACION POR LUZ Y TEMPERATURA DEL CRECIMIENTO DEL HIPOCOTILO EN LA PLANTA ARABIDOPSIS THALIANA, LOS RESULTADOS PRELIMINARES SUGIEREN QUE LA PROTEINA COP1 DESEMPEÑA UN PAPEL CENTRAL EN ESTE SISTEMA QUE NO SE HABIA CONSIDERADO ANTES,3,2, MODELADO TEORICO (EN COLABORACION CON ESTUDIOS EXPERIMENTALES EN EL LABORATORIO DE FERNANDO CASARES EN EL CABD, SEVILLA) DE LA REGULACION DEL TAMAÑO DEL OJO EN LA MOSCA DEL VINAGRE, DETERMINACION DEL PAPEL QUE DESEMPEÑAN LAS FLUCTUACIONES Y DEL ESQUEMA DE CONTROL DEL SISTEMA QUE GARANTIZA LA ROBUSTEZ, 3,3, MODELIZACION TEORICA (EN COLABORACION CON ESTUDIOS EXPERIMENTALES EN EL LABORATORIO DE ANDREW OATES EN LA EPFL, SUIZA) DEL RELOJ DE SEGMENTACION DE VERTEBRADOS, MAS CONCRETAMENTE LA INTERACCION ENTRE GRADIENTES DE MORFOGENOS Y OSCILACIONES GENETICAS,4, MODELADO (EN COLABORACION CON ESTUDIOS EXPERIMENTALES DE LUIS VAZQUEZ EN EL ICMM) DE LA FORMACION DE PATRONES EN SISTEMAS DE SUPERFICIES ESPACIALMENTE EXTENDIDAS,LA PROPUESTA PUEDE PARECER UNA COLECCION DISPAR DE TEMAS, PERO EN REALIDAD ENCAJAN COMO LAS MUÑECAS RUSAS: LOS METODOS IDEADOS PARA ALGUNAS DE LAS PREGUNTAS SE UTILIZARAN PARA ABORDAR OTROS TEMAS, POR EJEMPLO, SE UTILIZARA UN PROCEDIMIENTO DE SIMULATED ANNEALING CREADO PARA EL AJUSTE DE PARAMETROS EN EL CRECIMIENTO DE LA PLANTA PARA AJUSTAR LOS PARAMETROS DE LA DIFERENCIACION DE CIANOBACTERIAS, OSCILADORES DE FASE SIRVEN PARA MODELAR RELOJES DE SEGMENTACION O CIRCADIANOS, ETC, RESISTENCIA A ANTIBIOTICOS\CONJUGACION BACTERIANA\DESARROLLO EMBRIONARIO\FORMACION DE PATRONES\EVOLUCION\REGULACION GENETICA\DINAMICA NO LINEAL\MECANICA ESTADISTICA