Descripción del proyecto
LA REGULACION DE LA SINTESIS DE PROTEINAS ES UN PASO CLAVE EN MUCHOS PROCESOS BIOLOGICOS, TALES COMO EL DESARROLLO, LA MEMORIA PERMANENTE O LA RESPUESTA A ESTRES, Y SU DESCONTROL CONDUCE A PATOLOGIAS GRAVES, COMO EL CANCER O LAS ENFERMEDADES GENETICAS, NUMEROSAS EVIDENCIAS IMPLICAN LA ESTRUCTURA DEL MRNA EN EL CONTROL DE LA TRADUCCION, PERO SE SABE POCO DE REDES REGULADORAS QUE RECONOZCAN LA ESTRUCTURA DEL MRNA, MOTIVOS ESTRUCTURALES DEL RNA, COMO LOS SITIOS DE ENTRADA DEL RIBOSOMA (IRES), SUSTITUYEN LA FUNCION DEL EXTREMO 5¿CAP, QUE EN MRNAS TIPICOS PROPORCIONA EL SITIO DE ANCLAJE DE LA MAQUINARIA DE TRADUCCION, NUESTROS ESTUDIOS HAN CONTRIBUIDO DE FORMA IMPORTANTE EN ESTE TEMA MEDIANTE LA CARACTERIZACION FUNCIONAL Y ESTRUCTURAL DE ELEMENTOS IRES Y PROTEINAS DE UNION A RNA (RBPS), ESTE PROYECTO SE CENTRA EN EL ANALISIS DE RBPS QUE INTERACCIONAN CON REGIONES NO CODIFICANTES DEL RNA CON EL INTERES DE ENTENDER MECANISMOS ALTERNATIVOS DE INICIACION DE LA TRADUCCION, ADEMAS, IDENTIFICAREMOS FACTORES QUE INTERACCIONEN DE FORMA DIFERENCIAL CON MRNAS QUE UTILIZAN DISTINTOS MECANISMOS DE INICIACION PARA INVESTIGAR NUEVAS RUTAS REGULADORAS IMPLICADAS EN CONTROL DE TRADUCCION,NUESTRO GRUPO HA DEMOSTRADO QUE LA TRADUCCION DEPENDIENTE DE IRES ESTA REGULADA NEGATIVAMENTE POR GEMIN5, UNA PROTEINA QUE CONTIENE UN SITIO DE UNION A RNA BIPARTITO ATIPICO EN SU REGION CARBOXILO TERMINAL, SIN EMBARGO, EL MECANISMO POR EL QUE GEMIN5 REGULA TRADUCCION ES DESCONOCIDO, NO SABEMOS SI GEMIN5 ACTUA POR SI SOLA, O BIEN, SI SIRVE DE ANCLAJE PARA EL ENSAMBLAJE DE UN COMPLEJO, PARA EVALUAR EL IMPACTO DEL RBS DE GEMIN5 EN LA TRADUCCION GENERAL DE LA CELULA REALIZAREMOS UN ANALISIS GLOBAL DEL LOS RNAS CELULARES UNIDOS A LA PROTEINA, LOS RNAS IDENTIFICADOS SE DISTRIBUIRAN EN GRUPOS PARA DESENTRAÑAR CARACTERISTICAS TIPICAS DE GENES CORREGULADOS, ESTE PROYECTO ES POSIBLE GRACIAS AL DESARROLLO RECIENTE DE METODOLOGIAS MUY PODEROSAS: EL ANALISIS ESTRUCTURAL DE MOLECULAS DE RNA LARGOS EN SOLUCION VIA SHAPE, LA EXISTENCIA DE SISTEMAS DE ALTA AFINIDAD DE CAPTURA DE RBPS EN EXTRACTOS SOLUBLES CON RNAS ETIQUETADOS O EN CELULAS MEDIANTE SILAC, Y A LOS AVANCES EN EL ANALISIS DE RESULTADOS DE ESPECTROMETRIA DE MASAS CUANTITATIVA PARA LA IDENTIFICACION DE FACTORES ASOCIADOS, EN ESTE PROYECTO PRETENDEMOS INVESTIGAR LA ORGANIZACION ESTRUCTURAL DE REGIONES NO CODIFICANTES DE MRNAS ATIPICOS, ASI COMO CARACTERIZAR REDES DE PROTEINAS QUE INTERVIENEN EN EL INICIO DE LA TRADUCCION, OBJETIVOS ESPECIFICOS SON: LA IDENTIFICACION DE PROTEINAS Y RNAS ASOCIADOS A FACTORES QUE MODULAN LA ACTIVIDAD IRES, LA EVALUACION DEL SINERGISMO O LA INTERFERENCIA CON OTROS FACTORES IMPLICADOS EN CONTROL DE TRADUCCION, Y LA DEFINICION DE MOTIVOS ESTRUCTURALES EN REGIONES REGULADORAS DE RNA, LA CONSECUCION DE ESTOS OBJETIVOS ARROJARA LUZ SOBRE EL MECANISMO QUE GOBIERNA LA INICIACION INTERNA DE LA TRADUCCION DIRIGIDA POR ELEMENTOS IRES, LO QUE PERMITIRA LA PREDICCION DE MOTIVOS SEMEJANTES A IRES ESCONDIDOS EN EL TRANSCRIPTOMA CELULAR, PARA ELLO USAREMOS UN ABORDAJE MULTIDISCIPLINAR DE PROTEOMICA Y GENOMICA, COMBINADO CON ANALISIS FUNCIONALES Y ESTRUCTURALES, LOS CANDIDATOS MAS PROMETEDORES SERA CARACTERIZADOS EN PROFUNDIDAD MEDIANTE ABORDAJES BIOQUIMICOS Y CELULARES PARA DESENTRAÑAR LOS MECANISMOS MOLECULARES IMPLICADOS EN CONTROL DE TRADUCCION CONTROL DE TRADUCCION\ELEMENTOS IRES\REGIONS NO CODIFICANTES\ESTRUCTURA DEL RNA\PROTEINAS DE UNION A RNA\PROTEOMICA\GENOMICA