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PID2021-127309NB-I00

Financiado

DYNAMO CELLINSIGHT: NUEVAS HERRAMIENTAS COMPUTACIONALES PARA CRIO TOMOGRAFIA ELE...

DYNAMO CELLINSIGHT: NUEVAS HERRAMIENTAS COMPUTACIONALES PARA CRIO TOMOGRAFIA ELECTRONICA DE ALTA RESOLUCION IN SITU LA CRIOTOMOGRAFIA ELECTRONICA ES EL UNICO METODO DE BIOIMAGEN QUE PERMITE UNA VISUALIZACION DIRECTA DE BIOMOLECULAS EN SU ESTADO CELULAR NATIVO. SIN EMBARGO, UNA SERIE DE CUELLOS DE BOTELLA HAN IMPEDIDO QUE LA TECNICA DESARROLLE T... ver más

01/01/2021

CSIC

182K€

Presupuesto del proyecto: 182K€

Líder del proyecto

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGA... No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 2-3 | 552M€

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2021-01-01

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Participantes

CSIC

Lider

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Líder del proyecto

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGA...

TRL 2-3 | 552M€

Presupuesto del proyecto 182K€

Descripción del proyecto LA CRIOTOMOGRAFIA ELECTRONICA ES EL UNICO METODO DE BIOIMAGEN QUE PERMITE UNA VISUALIZACION DIRECTA DE BIOMOLECULAS EN SU ESTADO CELULAR NATIVO. SIN EMBARGO, UNA SERIE DE CUELLOS DE BOTELLA HAN IMPEDIDO QUE LA TECNICA DESARROLLE TODO SU POTENCIAL PARA OBTENER INFORMACION ESTRUCTURAL A TRAVES DE PROTOCOLOS ROBUSTOS Y AUTOMATIZADOS.POR LO TANTO, DESARROLLAREMOS CELLINSIGHT: UN NUEVO MARCO DE PROCESAMIENTO EN DYNAMO, NUESTRO PAQUETE DE SOFTWARE DE USO GENERALIZADO. ESTE MARCO INTRODUCIRA UNA NUEVA METODOLOGIA MATEMATICA, CONCEBIDA EXPLICITAMENTE PARA HACER FRENTE A LOS DESAFIOS A LOS QUE SE ENFRENTA LA TOMOGRAFIA CRIOELECTRONICA (CRYOET) AL PROCESAR DATOS ADQUIRIDOS A PARTIR DE MUESTRAS CELULARES. EN PARTICULAR, NUESTRO SOFTWARE PERMITIRA QUE CRYOET ALCANCE UNA RESOLUCION SIN PRECEDENTES EN LA DETERMINACION DE ESTRUCTURAS DE PROTEINAS OBTENIDAS EN IMAGENES IN SITU, CAPTURANDO ASI SIMULTANEAMENTE SU CONTEXTO EN EL PAISAJE CELULAR.PARA ELLO, HEMOS CONCEBIDO SOLUCIONES NUMERICAS VIABLES PARA ABORDAR DIRECTAMENTE LAS FUENTES DE PERDIDA DE RESOLUCION INHERENTES A CRYOET. EN PARTICULAR, HABILITAREMOS MEJORAS PARA:- UBICACION DE PEQUEÑAS PROTEINAS,- TRATAMIENTO DE CTF EN VOLUMENES,- ENMASCARAMIENTO DE INTENSIDAD EN ENTORNOS CELULARES POBLADOS,- CLASIFICACION EN UN CONTINUO DE ESTADOS,- MOVIMIENTO TRIDIMENSIONAL DE LA MUESTRA DURANTE DIFERENTES INCLINACIONES, Y- ALINEADO DE LA SERIE DE INCLINACIONES EN AUSENCIA DE MARCADORES FIDUCIALES.LA VALIDEZ DE LOS METODOS DESARROLLADOS SE EVALUARA MEDIANTE SU APLICACION EN UNA AMPLIA GAMA DE DATOS REALES, YA DISPONIBLES O A ADQUIRIR POR LOS COLABORADORES PARA RESPALDAR SUS PROYECTOS EN CURSO. ESTA EXTENSA RED DE COLABORADORES LOCALES E INTERNACIONALES PROPORCIONARA UN ENTORNO DE FORMACION IDEAL PARA LOS INVESTIGADORES EN FASE INICIAL QUE SERAN CONTRATADOS EN EL MARCO DEL PROYECTO.CON UNA LARGA TRAYECTORIA EN EL DESARROLLO DE SOFTWARE PARA CRYOET, MI GRUPO HA CONSTRUIDO UNA ENORME BASE DE CODIGO Y PROCEDIMIENTOS QUE ABORDAN TODAS LAS ETAPAS DE LA TECNICA. ESTAMOS PUES EN UNA EXCELENTE POSICION PARA COMPLETAR ESTE PROYECTO EN UN TIEMPO LIMITADO Y CON UNA CLARA VOCACION DE ESTABLECER UNA METODOLOGIA DURADERA Y DE LARGO PLAZO. DE HECHO, NOS ASEGURAREMOS DE QUE TODOS LOS AVANCES ALGORITMICOS INDEPENDIENTES SE FUSIONEN SINERGICAMENTE EN UN SOLO MARCO COMPUTACIONAL, Y LUEGO SE ENTREGUEN A LA COMUNIDAD MEDIANTE DYNAMO.ESTE ESFUERZOS HACIA LOS ASPECTOS COMPUTACIONALES DE CRYOET ESTA BIEN ALINEADOS ON LAS LINEAS DE DESARROLLO DE NUESTRO INSTITUTO, EL INSTITUTO BIOFISIKA EN LEIOA (BIZKAIA), QUE ACOGERA EL PRIMER TITAN KRIOS G4 DEDICADO A LA INVESTIGACION BIOLOGICA EN ESPAÑA. NUESTRO GRUPO TRABAJARA EN ESTRECHA COLABORACION CON LA PLATAFORMA QUE DA SOPORTE A LAS OPERACIONES DE ESTE INSTRUMENTO DE ALTA GAMA, ASEGURANDO LA APLICABILIDAD INMEDIATA DE NUESTROS ALGORITMOS EN UNA AMPLIA GAMA DE PROYECTOS DE VANGUARDIA TANTO DE COLABORADORES LOCALES COMO EXTERNOS.NUESTRO OBJETIVO FINAL ES LLEVAR CRYOET A UN NIVEL DE AUTOMATIZACION, CONFIABILIDAD Y CONOCIMIENTO ESTRUCTURAL QUE REPRODUZCA IN SITU LOS LOGROS DE SINGLE PARTICLE PARA MUESTRAS IN VITRO, AGREGANDO SU CAPACIDAD UNICA PARA BRINDAR UNA VISION DE LA ORGANIZACION ARQUITECTONICA Y EL PANORAMA CONFORMACIONAL DE LA EVOLUCION DE COMPUESTOS MOLECULARES EN SU ENTORNO NATIVO. LA TOMOGRAFIA CRIOELECTRONICA PUEDE PROPORCIONAR A LA INVESTIGACION FARMACOLOGICA UNA NUEVA Y PODEROSA HERRAMIENTA PARA EL ANALISIS DE PROCESOS CELULARES DINAMICOS. OMOGRAFIA CRIOELECTRONICA\PROCESAMIENTO DE IMAGENES\COMPUTACION DE ALTO RENDIMIENTO\MICROSCOPIA CRIOELECTRONICA\IMAGENES IN SITU\PROMEDIADO DE SUBTOMOGRAMAS

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