Innovating Works

BFU2009-06974

Financiado
DIVERSIDAD GENOMICA NEANDERTAL CARACTERIZADA MEDIANTE TECNICAS DE ULTRASECUENCIA...
LOS ESTUDIOS PALEOGENETICOS EN NEANDERTALES NO SOLO HAN ESTADO CIRCUNSCRITOS AL ADN MITOCONDRIAL, SINO QUE, EN MUESTRAS EXCEPCIONALMENTE BIEN CONSERVADAS, HA SIDO POSIBLE RECUPERAR FRAGMENTOS DE GENES NUCLEARES QUE HAN PODIDO CARA... LOS ESTUDIOS PALEOGENETICOS EN NEANDERTALES NO SOLO HAN ESTADO CIRCUNSCRITOS AL ADN MITOCONDRIAL, SINO QUE, EN MUESTRAS EXCEPCIONALMENTE BIEN CONSERVADAS, HA SIDO POSIBLE RECUPERAR FRAGMENTOS DE GENES NUCLEARES QUE HAN PODIDO CARACTERIZAR ADAPTACIONES CONCRETAS, COMO LA POSIBILIDAD DE QUE TUVIERAN LENGUAJE (MEDIANTE LA RECUPERACION DEL GEN FOXP2), LA PIGMENTACION (GEN MC1R) O EL GRUPO SANGUINEO DE ESTOS INDIVIDUOS (GEN ABO),APARTE DE ESTA APROXIMACION DE TIPO ESPECIFICO BASADA EN LA REACCION EN CADENA DE LA POLIMERASA O PCR, DESDE FINALES DE 2005 HAN IDO APARECIENDO NUEVAS PLATAFORMAS DE ULTRASECUENCIACION, QUE PERMITEN GENERAR, DE FORMA INESPECIFICA Y METAGENOMICA, CENTENARES DE MILES (EN ALGUNOS CASOS MILES DE MILLONES) DE SECUENCIAS A PARTIR DE UN EXTRACTO DE ADN, ESTAS SECUENCIAS SE IDENTIFICAN POSTERIORMENTE POR MEDIOS INFORMATICOS GRACIAS A LA COMPARACION DE BASES DE DATOS GENOMICOS EXISTENTES, DESCARTANDO AQUELLAS QUE NO PERTENECEN A LA ESPECIE ESTUDIADA, DE ESTA FORMA, HA SIDO POSIBLE, POR VEZ PRIMERA, EMPRENDER PROYECTOS GENOMICOS DE ESPECIES EXTINGUIDAS, COMO LOS MAMUTS O LOS NEANDERTALES, ESTAS APROXIMACIONES SON TODAVIA CARAS PERO LA PREVISION ES QUE SEAN MAS ASEQUIBLES EN UN FUTURO, NUESTRO PROYECTO PRETENDE ABORDAR VARIOS OBJETIVOS DE INTERES EVOLUTIVO Y METODOLOGICO,-UNO DE LOS OBJETIVOS METODOLOGICOS DE CARA AL FUTURO ES EL DESARROLLO DE TECNICAS BASADAS EN SONDAS ESPECIFICAS QUE PERMITAN ENRIQUECER LA LIBRERIA GENOMICA CON SECUENCIAS DE UNA DETERMINADA REGION GENICA QUE SE DESEA CARACTERIZAR, COMO PASO PREVIO A LA ULTRASECUENCIACION, ALGUNOS DE LOS TESTS METODOLOGICOS LOS LLEVAREMOS A CABO CON RESTOS ANTIGUOS DE ANIMALES NO HUMANOS, PARA PODER DISTINGUIR LAS SECUENCIAS ENDOGENAS DE LAS POSIBLES CONTAMINANTES,-QUEREMOS DESARROLLAR ALGUNAS APLICACIONES INFORMATICAS QUE AYUDEN EN EL PIPELINE POSTERIOR DE LA ULTRASECUENCIACION, PARA AUTOMATIZAR LA IDENTIFICACION DE LAS SECUENCIAS ENDOGENAS A TRAVES DE LAS OPCIONES DE BLAST DE LA BASE DE DATOS MOLECULARES GENBANK, NUESTRA HERRAMIENTA SERA UN PIPELINE DE TIPO ¿SEMI-AUTOMATICO¿ IMPLEMENTADO COMO UN CONJUNTO DE SCRIPTS EN PERL, LOS BLAST HITS (NCBI BLAST) RESULTANTES ESTARAN EN UN FORMATO TABULAR PARA PROCESAMIENTOS POSTERIORES,-OTRO DE LOS OBJETIVOS PRINCIPALES ES, UNA VEZ DESARROLLADAS TECNICAS DE TIPAJE ESPECIFICO PARA ULTRASECUENCIACION, CARACTERIZAR LAS VARIANTES FUNCIONALES ENCONTRADAS EN EL BORRADOR GENOMICO EN OTRAS MUESTRAS, PARA LLEVAR A CABO UNA APROXIMACION A LA DIVERSIDAD GENOMICA NEANDERTAL, LAS MUESTRAS DE EL SIDRON, CON SU BAJO COMPONENTE DE CONTAMINACION HUMANA MODERNA, SON IDEALES PARA ESTE OBJETIVO,-DISPONEMOS DE LA POSIBILIDAD DE ESTUDIAR, POR VEZ PRIMERA, UN GRUPO FAMILIAR NEANDERTAL, YA QUE TODAS LAS EVIDENCIAS ARQUEOLOGICAS, MORFOLOGICAS, GEOLOGICAS Y GENETICAS APUNTAN A QUE LA ACUMULACION DE NUEVE INDIVIDUOS EN EL SIDRON CORRESPONDE A UN ACONTECIMIENTO PUNTUAL Y SINCRONICO, NUESTRO OBJETIVO ES CARACTERIZAR GENETICAMENTE A ESTOS INDIVIDUOS PARA PODER SABER COMO ERAN DE DIVERSOS LOS GRUPOS NEANDERTALES, Y SI ES POSIBLE, AVANZAR EN LAS POSIBLES RELACIONES GENEALOGICAS ENTRE LOS DIVERSOS MIEMBROS DEL GRUPO, PARA EL PRIMER OBJETIVO EMPLEAREMOS EL ADN MITOCONDRIAL, Y PARA EL SEGUNDO, MARCADORES NUCLEARES QUE SE HAYAN OBTENIDO EN EL BORRADOR GENOMICO,-FINALMENTE, UN PROYECTO FUTURO QUE DERIVA DE ESTOS OBJETIVOS, ES EL DESARROLLO DE LINEAS DE PALEOGENOMICA FUNCIONAL, PARA CONOCER LA REPERCUSION A NIVEL PROTEICO E INCLUSO FENOTIPICO, PALEOGENOMICA\ULTRASECUENCIACION\NEANDERTAL ver más
01/01/2009
CSIC
139K€
Perfil tecnológico estimado

Línea de financiación: concedida

El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2009-01-01
Presupuesto El presupuesto total del proyecto asciende a 139K€
Líder del proyecto
AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGA... No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.
Perfil tecnológico TRL 2-3 552M