Descripción del proyecto
LAS PROTEINAS FORMADAS POR LAMINAS BETA DESEMPEÑAN UN AMPLIO RANGO DE FUNCIONES BIOLOGICAS COMO ENZIMAS, PROTEINAS DE UNION A LIGANDOS O COMO ESQUELETOS DE ANTICUERPOS, ENTRE OTRAS, SU VERSATILIDAD ESTRUCTURAL PARA DAR FORMA A SITIOS FUNCIONALES HACE DE LAS LAMINAS BETA UN COMPONENTE CLAVE PARA LA INGENIERIA DE PROTEINAS CON APLICACIONES MEDICAS Y BIOTECNOLOGICAS, SIN EMBARGO, EL DISEÑO DE NOVO DE LAMINAS BETA ES TODAVIA UN RETO EXCEPCIONAL, A PESAR DE LOS ULTIMOS 25 AÑOS DE INVESTIGACION EN EL CAMPO DEL DISEÑO DE PROTEINAS, EL DISEÑO DE LAS LAMINAS BETA ESTA MUCHO MENOS DESARROLLADO QUE EL DE LAS PROTEINAS FORMADAS POR HELICES ALFA O MIXTAS ALFA/BETA, RECIENTEMENTE HEMOS IDENTIFICADO PRINCIPIOS PARA EL DISEÑO DE LAMINAS BETA DE NOVO, Y EN ESTE PROYECTO NUESTRO OBJETIVO ES DESARROLLAR UN NUEVO METODO COMPUTACIONAL PARA EL DISEÑO DE ESTRUCTURAS PROTEICAS FORMADAS POR LAMINAS BETA NO LOCALES (CON APAREAMIENTOS ENTRE HEBRAS BETA DISTANTES EN LA SECUENCIA PRIMARIA), LO QUE CONLLEVA UNA COMPLEJIDAD SIN PRECEDENTES EN EL CAMPO DEL DISEÑO DE PROTEINAS, DISEÑAREMOS, DESDE PRIMEROS PRINCIPIOS, LAMINAS BETA EN FORMA DE SANDWICH CON EL PLEGAMIENTO DE LAS INMUNOGLOBULINAS, ESTO PERMITIRA DESARROLLAR NUEVOS ESQUELETOS DE ANTICUERPOS CON NUEVAS ESTRUCTURAS Y PROPIEDADES BIOFISICAS MEJORADAS RESPECTO A LOS NATURALES (TERMOSTABILIDAD, POSIBILIDAD DE SER EXPRESADAS DE FORMA RECOMBINANTE, SIN NECESIDAD DE PUENTES DISULFURO PARA APLICACIONES INTRACELULARES Y MENOR TAMAÑO), ADICIONALMENTE, DISEÑAREMOS (DE NOVO) HELICES BETA DE DOBLE HEBRA REPETIDAS PARA EL CONTROL MODULAR DE LA GEOMETRIA DE CAVIDADES PARA UNION, LAS PROTEINAS DISEÑADAS EN ESTE PROYECTO SERAN EVALUADAS EXPERIMENTALMENTE MEDIANTE EXPRESION RECOMBINANTE, MEDICIONES DE ESTABILIDAD Y CARACTERIZACION ESTRUCTURAL DE ALTA RESOLUCION CON CRISTALOGRAFIA DE RAYOS X, LA COMBINACION DE COMPUTACION Y EVALUACION EXPERIMENTAL ES CLAVE PARA LA MEJORA DE LOS METODOS DE DISEÑO,ESTE PROYECTO SE BASA EN LA EXPERIENCIA DEL IP EN EL DISEÑO DE NOVO DE PROTEINAS, EN PARTICULAR DE PROTEINAS CON LAMINAS BETA PARA LA UNION DE LIGANDOS, ESTE UN CAMPO REVOLUCIONARIO DE LA BIOTECNOLOGIA CON MUY BAJA REPRESENTACION EN LA UNION EUROPEA Y CON UN AMPLIO RANGO DE APLICACIONES, DISEÑO E INGENIERIA DE PROTEINAS\ESTRUCTURA DE PROTEINAS\PLEGAMIENTO DE PROTEINAS\BIOLOGIA COMPUTACIONAL\CRISTALOGRAFIA\ANTICUERPOS\PROTEINAS DE UNION