Descripción del proyecto
LOS SERES VIVOS SE CARACTERIZAN POR SU CAPACIDAD PARA EL ALMACENAMIENTO Y EL PROCESADO DE INFORMACION, A NIVEL CELULAR, ESTAS TAREAS SON IMPLEMENTADAS POR MEDIO DE REDES MOLECULARES CUYOS COMPONENTES, Y LAS RELACIONES ENTRE ESTOS, ESTAN CODIFICADOS EN EL GENOMA, DICHAS REDES PROCESAN INFORMACION BIOQUIMICA DE FORMA VARIADA CON OBJETO DE GENERAR LA RESPUESTA CELULAR APROPIADA A CADA SITUACION, NUESTRO CONOCIMIENTO ACTUAL DEL FUNCIONAMIENTO DE ESTAS REDES ES SIN EMBARGO LIMITADO, INCLUSO EN AQUELLOS CASOS EN LOS QUE SUS CORRESPONDIENTES COMPONENTES MOLECULARES ESTAN TOTALMENTE CARACTERIZADOS, ESTE PROYECTO PRETENDE MEJORAR NUESTRO ENTENDIMIENTO DE LOS CIRCUITOS Y LAS REDES GENETICAS MEDIANTE LA APLICACION COMBINADA DE HERRAMIENTAS TEORICAS Y EXPERIMENTALES DE VARIAS FORMAS COMPLEMENTARIAS, NUESTROS OBJETIVOS CONCRETOS SON: 1,- DINAMICA Y EVOLUCION DE CIRCUITOS TRANSCRIPCIONALES, ESTUDIAREMOS LOS DETERMINANTES BIOLOGICOS QUE INFLUYEN EN LA APARICION RECURRENTE DE UNA SERIE DE CIRCUITOS, CONOCIDOS COMO MOTIVOS DE RED, EN LA RED DE TRANSCRIPCION DE ESCHERICHIA COLI, ESTO NOS LLEVARA A ANALIZAR, DE FORMA MAS GENERAL, LOS FACTORES EVOLUTIVOS QUE CONTRIBUYEN AL ENSAMBLAJE DE CIRCUITOS EN REDES COMPLEJAS Y LA RELACION DE ESTE NIVEL DE ORGANIZACION CON LA DISTRIBUCION ESPECIFICA DE LOS GENES EN LOS GENOMAS, 2,- CONSTRUCCION DE UN CIRCUITO SINTETICO DE TOMA DE DECISIONES EN E, COLI, ¿COMO PUEDEN LAS CELULAS DE FORMA INDIVIDUAL TOMAR DECISIONES ALEATORIAS QUE SIN EMBARGO APAREZCAN DETERMINISTAS AL CONSIDERAR UNA POBLACION DE LAS MISMAS? QUEREMOS CONSTRUIR UN CIRCUITO SINTETICO QUE NOS PERMITA ANALIZAR ESTA PREGUNTA, ESTE TIPO DE ESTRATEGIA, CONOCIDA COMO BIOLOGIA SINTETICA PERMITE INVESTIGAR EL FUNCIONAMIENTO DE CIRCUITOS GENETICOS IN VIVO DE FORMA CONTROLADA, PARA ASI ENTENDER MEJOR EL TIPO DE COMPORTAMIENTO QUE PUEDEN PRESENTAR CIRCUITOS EQUIVALENTES EN SU CONTEXTO NATURAL, 3,- DINAMICA EN CELULA UNICA DE LA RESPUESTA AUTOGENA/NO-AUTOGENA DE LA RED SOS, QUEREMOS ANALIZAR EL FUNCIONAMIENTO DE LA RED SOS QUE CONTROLA LA RESPUESTA A DAÑO EN EL ADN EN E, COLI, NUESTRO OBJETIVO ES EL DE ESTUDIAR EL COMPORTAMIENTO EN CELULA UNICA DE ESTA RED, ESPECIALMENTE, QUEREMOS ANALIZAR COMO ESTE COMPORTAMIENTO DEPENDE DE QUE SU REGULADOR MAESTRO, LA PROTEINA LEXA, ESTE, O NO, AUTORREGULADO, Biología de Sistemas\Biología Sintética\Circuitos Geneticos\Genómica Comparada