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PID2021-123403NB-I00

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CARACTERIZACION FUNCIONAL DE DNA POLIMERASAS INDEPENDIENTES DE PRIMER EN EL CONT...

CARACTERIZACION FUNCIONAL DE DNA POLIMERASAS INDEPENDIENTES DE PRIMER EN EL CONTEXTO DE ESTRES GENOTOXICO EN BACTERIAS LAS ADN POLIMERASAS INDEPENDIENTES DE PRIMER (PIPOLB) SON UN GRUPO DE POLBS DESCRITAS RECIENTEMENTE EN NUESTRO LABORATORIO, CARACTERIZADAS POR POSEER DE UNA CAPACIDAD DNA PRIMASA INTRINSECA. DURANTE NUESTRO ANTERIOR PROYECTO, EN C... ver más

01/01/2021

UAM

145K€

Presupuesto del proyecto: 145K€

Líder del proyecto

UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DE MADRID No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 3185

Fecha límite participación Sin fecha límite de participación.

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2021-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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UAM

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Líder del proyecto

UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DE MADRID No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 3185

Presupuesto del proyecto 145K€

Fecha límite de participación Sin fecha límite de participación.

Descripción del proyecto LAS ADN POLIMERASAS INDEPENDIENTES DE PRIMER (PIPOLB) SON UN GRUPO DE POLBS DESCRITAS RECIENTEMENTE EN NUESTRO LABORATORIO, CARACTERIZADAS POR POSEER DE UNA CAPACIDAD DNA PRIMASA INTRINSECA. DURANTE NUESTRO ANTERIOR PROYECTO, EN COLABORACION CON GRUPOS NACIONALES E INTERNACIONALES, HEMOS OBTENIDO LA ESTRUCTURA DE PIPOLB, RESULTANDO UNA NOVEDOSA ESTRUCTURA DIMERICA, INESPERADA EN LAS POLBS Y ADEMAS DESARROLLADO APLICACIONES BIOTECNOLOGICAS BASADAS EN LAS PROPIEDADES BIOQUIMICAS DE LAS PIPOLBS.LAS PIPOLB ESTAN CODIFICADOS POR ELEMENTOS GENETICOS MOVILES BACTERIANOS AMPLIAMENTE DISTRIBUIDOS, LLAMADOS PIPOLINAS. LAS PIPOLINAS SE PUEDEN DETECTAR INTEGRADOS O COMO EPISOMAS SIMILARES A PLASMIDOS EN DIVERSAS BACTERIAS, INCLUIDOS VARIOS PATOGENOS RELEVANTES COMO ESCHERICHIA COLI Y STAPHYLOCOCCUS AUREUS.EN ESTE NUEVO PROYECTO CONTINUAREMOS ESTUDIOS PREVIOS Y ADEMAS ABRIREMOS NUEVAS LINEAS DE INVESTIGACION. PRIMERO, MEDIANTE EN LA GENERACION DE NUEVAS VARIANTES DE PIPOLB CON MULTIPLES MUTACIONES, ANALIZAREMOS LA COEVOLUCION DE VARIOS RESIDUOS CATALITICOS DE POLBS. ESTOS RESULTADOS SERAN CONFIRMADOS POR METODOS COMPUTACIONALES Y POR EXTRAPOLACION DE LAS MISMAS VARIANTES EN ADN POLIMERASAS DISTANTES DE GRUPOS POLBS, PREVIAMENTE NO CARACTERIZADOS. LAS IMPLICACIONES FUNCIONALES DE LA ESTRUCTURA DIMERICA PIPOLB TAMBIEN SE ANALIZARAN IN VITRO E IN VIVO MEDIANTE LA EVALUACION DE LA CAPACIDAD DE LA PIPOLB DE PARTICIPAR EN LA UNION DE LOS EXTREMOS DE DNA Y LA CONTRIBUCION DE PIPOLB A LA SUPERVIVENCIA DE LAS CELULAS BACTERIANAS DESPUES DEL TRATAMIENTO CON AGENTES GENOTOXICOS. DE ACUERDO CON ESTO Y APOYADO POR RESULTADOS PRELIMINARES, PLANTEAMOS LA HIPOTESIS DE QUE LAS PIPOLINAS CONTRIBUYEN A LA ESTABILIDAD DEL GENOMA DEL HUESPED. PARA COMPROBAR ESTA HIPOTESIS, ANALIZAREMOS EL PAPEL BIOLOGICO DE PIPOLB EN EL CONTEXTO DE LA RECUPERACION DE CELULAS PERSISTENTES DESPUES DE UN TRATAMIENTO PROLONGADO CON COMPUESTOS ANTIMICROBIANOS QUE BLOQUEAN LA REPLICACION. ADEMAS, CARACTERIZAREMOS UNA ADN GLICOSILASA DE URACILO PREDICHA CODIFICADA POR LA MAYORIA DE LAS PIPOLINAS EN ENTEROBACTERALES.LA AMPLIFICACION DE ADN ISOTERMICO EN AUSENCIA DE PRIMERS DE ADN EXTERNOS O UNA ADN PRIMASA PUEDE LLEVARSE A CABO POR LA PIPOLB CON EXITO, AUNQUE LA ADICION DE UNA ADN POLIMERASA PROCESIVA AUXILIAR AUMENTA EL RENDIMIENTO DE LA REACCION DE AMPLIFICACION. LOS METODOS ACTUALES DE SECUENCIACION DE ALTO RENDIMIENTO DE ULTIMA GENERACION PUEDEN SER MUY SENSIBLES PARA LA SECUENCIACION DE PEQUEÑAS CANTIDADES DE ADN. SIN EMBARGO, LOS METODOS MAS SENSIBLES NO SON INDEPENDIENTES DE LA AMPLIFICACION DEL ADN, YA QUE LA PREPARACION DE LAS LIBRERIAS DE SECUENCIACION IMPLICA UN PASO DE PCR, QUE PUEDE INTRODUCIR SESGOS EN EL RESULTADO. ADEMAS, LA PREPARACION DE LIBRERIAS SIN PCR REQUIERE MAYORES CANTIDADES DE ADN QUE IMPIDEN SU USO PARA ALGUNAS APLICACIONES ESPECIFICAS, COMO LA SECUENCIACION DE UNA SOLA CELULA O MUESTRAS AMBIENTALES O DE MICROBIOMA QUE CONTIENEN FORMAS DE VIDA MINORITARIAS. POR LO TANTO, LA AMPLIFICACION DEL GENOMA COMPLETO BASADA EN MDA TODAVIA SE USA AMPLIAMENTE A PESAR DE SUS LIMITACIONES Y SESGOS. EN ESTE PROYECTO, TAMBIEN EMPRENDEREMOS LA MEJORA DE LA CAPACIDAD DE LA REPLICACION DEL ADN DE LA PIPOLB PARA EVITAR EL USO DE FACTORES AUXILIARES, MEDIANTE UN ENFOQUE DE APRENDIZAJE AUTOMATICO. ESTE ENFOQUE SE VERA REFORZADO POR OTROS ENFOQUES DE INGENIERIA DE PROTEINAS, COMO NOSOTROS Y OTROS HEMOS HECHO ANTERIORMENTE. NA POLIMERASA\PERSISTENCIA\EVOLUCION DIRIGIDA\DNA AMPLIFICATION\MDA\POLB\PIPOLB

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