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BIO2008-04384

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CAMBIOS ESTRUCTURALES EN EVOLUCION Y FUNCION DE PROTEINAS, CON APLICACIONES A PR...

CAMBIOS ESTRUCTURALES EN EVOLUCION Y FUNCION DE PROTEINAS, CON APLICACIONES A PREDICCION ESTRUCTURAL Y DISEÑO DE FARMACOS EN LA ACTUALIDAD, LA BIOINFORMATICA ESTRUCTURAL ESTA TRASLADANDO SU INTERES DESDE UNA DESCRIPCIONESENCIALMENTE ESTATICA DE LAS PROTEINAS, A UNA MAS BIEN DINAMICA, EN PARTICULAR, LASMODIFICACIONES ESTRUCTURALES DE LA EVOLUCION Y DE... ver más

01/01/2008

CSIC

151K€

Presupuesto del proyecto: 151K€

Líder del proyecto

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGA... No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 2-3 | 552M€

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2008-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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CSIC

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Líder del proyecto

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGA... No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 2-3 | 552M€

Presupuesto del proyecto 151K€

Descripción del proyecto EN LA ACTUALIDAD, LA BIOINFORMATICA ESTRUCTURAL ESTA TRASLADANDO SU INTERES DESDE UNA DESCRIPCIONESENCIALMENTE ESTATICA DE LAS PROTEINAS, A UNA MAS BIEN DINAMICA, EN PARTICULAR, LASMODIFICACIONES ESTRUCTURALES DE LA EVOLUCION Y DE LA FUNCION DE LAS PROTEINAS ESTAN SIENDO OBJETODE UNA INTENSA ATENCION, ES IMPORTANTE RESALTAR, TAL COMO SE HA PUESTO DE MANIFIESTORECIENTEMENTE, QUE ESTOS CAMBIOS EVOLUTIVOS Y FUNCIONALES ESTAN FUERTEMENTE CORRELACIONADOS,PARTIENDO DE ESTAS OBSERVACIONES Y BASANDONOS EN NUESTRO TRABAJO ANTERIOR, DESARROLLAREMOSUN ENFOQUE INTEGRADO QUE PERMITA ENTENDER, MODELAR Y PREDECIR MEJOR LOS CAMBIOS EVOLUTIVOS YFUNCIONALES DE LAS PROTEINAS, EL TRABAJO PROPUESTO ESTA ORGANIZADO EN SEIS OBJETIVOSPROFUNDAMENTE ENTRELAZADOS ENTRE SI: (1) DESCOMPONER LAS ESTRUCTURAS DE LAS PROTEINAS ENBLOQUES, TANTO AL NIVEL CLASICO DE LOS DOMINIOS GLOBULARES COMO AL NIVEL DE LAS ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS,CUYA IMPORTANCIA ESTA SIENDO CADA VEZ MAS RELEVANTE, Y CLASIFICAR AUTOMATICA YOBJETIVAMENTE ESTOS BLOQUES, ESTE TRABAJO NOS PERMITIRA INVESTIGAR DOS CARACTERISTICAS DE LAEVOLUCION DE PROTEINAS: DIVERGENCIA ESTRUCTURAL EN SUPERFAMILIAS, Y CREACION DE NUEVOSPLEGAMIENTOS A TRAVES DEL ENSAMBLAJE DE GRANDES FRAGMENTOS, (2) DESCOMPONER PROTEINAS DEESTRUCTURA DESCONOCIDA EN DOMINIOS Y FRAGMENTOS, EN BASE UNICAMENTE A SU INFORMACION DESECUENCIA, ESTE ES UN PROBLEMA MUY IMPORTANTE, NO RESUELTO EN LA ACTUALIDAD, CUYA SOLUCIONFACILITARIA MUCHO LA DETERMINACION EXPERIMENTAL DE ESTRUCTURAS, EN ALGUNOS CASOS, EL METODOPODRIA ASIGNAR ESTOS DOMINIOS PUTATIVOS A CONJUNTOS DE ESTRUCTURAS CONOCIDAS, EL METODOCOMBINARIA EL MODELADO MEDIANTE THREADING, CON LOS PERFILES DE SECUENCIA CONSTRUIDOS A PARTIRDE UN MODELO DE PLEGAMIENTO INVERSO PARA CADA CONJUNTO ESTRUCTURAL OBTENIDO EN EL PUNTO 1, (3)REFINAR LA PREDICCION ESTRUCTURAL EN BASE A UN CONJUNTO DE ESTRUCTURAS CONOCIDAS RELACIONADAS,ESTE ES UN OBJETIVO MUY IMPORTANTE PARA MEJORAR LA CALIDAD DE LA PREDICCION ESTRUCTURAL HASTA LOSNIVELES NECESARIOS PARA EL DISEÑO DE FARMACOS, Y ES EQUIVALENTE A PREDECIR LOS CAMBIOSESTRUCTURALES EN LA EVOLUCION DE PROTEINAS, EL REFINADO DEL MODELO SE REALIZARA, CONTINUANDO CONNUESTRO TRABAJO ANTERIOR, LIMITANDO LA BUSQUEDA EN EL ESPACIO CONFORMACIONAL, GUIADO POR MONTECARLO MAS INTERCAMBIO DE REPLICAS (REMC), AL SUB-ESPACIO CORRESPONDIENTE A LOS MOVIMIENTOSEVOLUTIVOS Y FUNCIONALES MAS RELEVANTES, ADEMAS, INTENTAREMOS EXTENDER ESTE METODO ALESTUDIO DE COMPLEJOS PROTEINA-PROTEINA, (4) INVESTIGAR LOS MOVIMIENTOS FUNCIONALES DE LASPROTEINAS A TRAVES DE DOS NUEVAS HERRAMIENTAS QUE DESARROLLAREMOS: EL ANALISIS DE LAS FUERZASINDUCIDAS POR UN LIGANDO SOBRE UN RECEPTOR, USANDO LA APROXIMACION ARMONICA Y LA TEORIA DERESPUESTA LINEAL, Y EL ESTUDIO DE LOS MODOS NORMALES DE TORSION CON EL MODELO DE LA RED ELASTICA(ENM), QUE PUEDEN FACILITAR MUCHO EL ESTUDIO DE LOS MOVIMIENTOS TIPO BISAGRA, (5) MEJORARNUESTRO ALGORITMO PARA DOCKING DE PROTEINAS Y LIGANDOS Y PARA EL CRIBADO VIRTUAL, EXPLORANDO LOSMODOS NORMALES Y LOS MOVIMIENTOS FUNCIONALES MAS RELEVANTES DE LA PROTEINA, ESTE ES UNOBJETIVO MUY IMPORTANTE PARA CONSEGUIR MODELOS DE ALTA CALIDAD PARA DISEÑO DE FARMACOS, (6)DESARROLLAR UN NUEVO ALGORITMO PARA PREDECIR LAS INTERACCIONES DE LOS FACTORES DE TRANSCRIPCIONCON SUS SITIOS DE UNION EN EL GENOMA, EVALUANDO SU COMPATIBILIDAD ESTRUCTURAL, diseño de farmacos\evolucion de proteinas\prediccion de estructura de proteinas

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