Descripción del proyecto
EL USO COMBINADO DE HERRAMINETAS BIOINFORMATICAS DE COMPARACION DE SECUENCIAS Y PREDICCION DE ESTRUCTURA SECUNDARIA DE MOLECULAS DE RNA HA REVELADO LA EXISTENCIA DE DOMINIOS ALTAMENTE CONSERVADOS EN GENOMAS VIRALES RNA. ESTA GRAN CONSERVACION SECUENCIA Y ESTRUCTURA INDICA UNA IMPLICACION FUNCIONAL DE TALES DOMINIOS GENOMICOS. EN EL GENOMA RNA DEL VIRUS CAUSANTE DE LA HEPATITIS C (VHC), SE HA DESCRITO LA EXISTENCIA DE UN DOMINIO ESTRUCTURAL ALTAMENTE CONSERVADO EN EL EXTREMO 3 TERMINAL DE LA REGION CODIFICANTE. ESTE ELEMENTO DENOMINADO CRE (CIS-ACTING REPLICATION ELEMENT) SE HA DEMOSTRADO JUEGA UN IMPORTANTE PAPEL EN REPLICACION. ESTOS DOMINIOS RESULTAN MUY ATRACTIVOS COMO POTENCIALES DIANAS DE ACCION ANTIVIRAL. EL EXITO DE ESTRATEGIAS TERAPEUTICAS FRENTE AL DOMINIO CRE EXIGE UN CONOCIMIENTO DETALLADO DE LA FUNCION QUE DESEMPEÑA EN EL CICLO VIRAL. ASI MISMO EL DISEÑO DE INACTIVADORES ESPECIFICOS DEL MISMO REQUIERE UN CONOCIMIENTO EXHAUSTIVO DE SU CONFORMACION ESTRUCTURAL. ES NECESARIO CONOCER LOS MOTIVOS ESTRUCTURALES DEL CRE QUE SON ESENCIALES PARA LA FUNCION BIOLOGICA DE ESTE DOMINIO RNA. EN LA ACTUALIDAD LOS APTAMEROS RNA SE MUESTRAN COMO LA HERRAMIENTA MAS APROPIADA PARA BLOQUEAR ESPECIFICAMENTE UN DOMINIO ESTRUCTURAL RNA. EN EL LABORATORIO DISPONEMOS DE UNA COLECCION DE APTAMEROS ESPECIFICOS DE DISTINTOS MOTIVOS DEL ELEMENTO CRE, QUE SERAN UTILIZADOS COMO HERRAMIENTAS PARA EL ESTUDIO DE LA FUNCIONALIDAD DEL CRE Y LA DEFINICION DE SECUENCIAS CONCRETAS O SUBDOMINIOS QUE SE MUESTREN MAS VULNERABLES A LA ACCION DE UN INHIBIDOR. ASI COMO DEFINIR RNAS INHIBIDORES DEL CRE, ESPECIALMENTE EFICIENTES QUE PUEDAN SER POTENCIALMENTE UTILES COMO BASE PARA EL DESARROLLO DE HERRAMIENTAS ANTI VHC. AL MISMO TIEMPO ESTE ESTUDIO PERMITIRA VALIDAR EL USO DEL RNA CRE COMO DIANA TERAPEUTICA. EN ESTE PROYECTO ABORDAREMOS TAMBIEN EL ESTUDIO DE LA ESTRUCTURA DEL ELEMENTO CRE UTILIZANDO METODOLOGIAS NOVEDOSAS DE ANALISIS (SHAPE, ENTRE OTRAS).