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AGL2008-04828-C03-02

Financiado

UNA APROXIMACION GENOMICA A LA CARACTERIZACION DE LAS ENFEMEDADES POSTCOSECHA DE...

UNA APROXIMACION GENOMICA A LA CARACTERIZACION DE LAS ENFEMEDADES POSTCOSECHA DE CITRICOS Y MANZANAS CAUSADAS POR P. DIGITATUM Y P. EXPANSUM REPECTIVAMENTE EN ESTE SUBPROYECTO NOS CENTRAREMOS EN LA UTILIZACION DE HERRAMIENTAS GENOMICAS PARA CARACTERIZAR EN PROFUNDIDAD LAS INTERACCIONES COMPATIBLES Y NO COMPATIBLES ENTRE FRUTOS NARANJA Y DE MANZANA CON SUS PRINCIPALES PATOGENOS POSTCO... ver más

01/01/2008

CSIC

206K€

Presupuesto del proyecto: 206K€

Líder del proyecto

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGA... No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 2-3 | 552M€

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2008-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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CSIC

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Líder del proyecto

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGA... No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 2-3 | 552M€

Presupuesto del proyecto 206K€

Descripción del proyecto EN ESTE SUBPROYECTO NOS CENTRAREMOS EN LA UTILIZACION DE HERRAMIENTAS GENOMICAS PARA CARACTERIZAR EN PROFUNDIDAD LAS INTERACCIONES COMPATIBLES Y NO COMPATIBLES ENTRE FRUTOS NARANJA Y DE MANZANA CON SUS PRINCIPALES PATOGENOS POSTCOSECHA, P, DIGITATUM, EN EL CASO DE NARANJAS, Y P, EXPANSUM EN EL DE MANZANAS, ABORDAREMOS EL ESTUDIO PRESTANDO ATENCION POR IGUAL A AMBAS PARTES DEL PATOSISTEMA: FRUTO Y PATOGENO, UNA PRIMERA APROXIMACION CONSISTIRA EN LA OBTENCION Y CARACTERIZACION DE GENOTECAS SUBSTRACTIVAS DE CDNA EN LA INTERACCION MANZANA-P, EXPANSUM, DE IGUAL FORMA A LA QUE YA HEMOS REALIZADO CON ANTERIORIDAD CON LA INTERACCION NARANJA-P, DIGITATUM, OTRA APROXIMACION CONSISTIRA EN LA UTILIZACION DE LA MICROMATRIZ DE CDNA DE CITRICOS GENERADA EN EL ¿PROYECTO DE GENOMICA FUNCIONAL DE CITRICOS¿ PARA ANALIZAR EL PERFIL TRANSCRIPCIONAL DE LOS APROXIMADAMENTE 20000 GENES PRESENTES EN LA MISMA, TANTO EN LA INTERACCION COMPATIBLE (P, DIGITATUM) COMO EN LA NO COMPATIBLE (P, EXPANSUM), UNA TERCERA APROXIMACION CONSISTIRA EN EL ANALISIS TRANSCRIPCIONAL NO SESGADO DE LOS DOS MIEMBROS DE LA INTERACCION MEDIANTE LA SECUENCIACION MASIVA DE GENOTECAS DE CDNA OBTENIDAS A DISTINTOS TIEMPOS DESPUES DE LA INOCULACION CON EL HONGO, A TIEMPOS CORTOS PREDOMINARAN LOS GENES DEL FRUTO, MIENTRAS QUE A TIEMPOS AVANZADOS PREDOMINARAN LOS GENES DEL PATOGENO, EN EL CASO DE LAS INTERACCIONES NO COMPATIBLES (NARANJA-P, EXPANSUM Y MANZANA-P, DIGITATUM) NOS CENTRAREMOS SOLO EN UN TIEMPO CORTO, YA QUE EN ESTE CASO NO HAY INFECCION, LA COMPARACION DE LOS RESULTADOS OBTENIDOS EN LAS DISTINTAS GENOTECAS NOS PROPORCIONARA UNA INFORMACION MUY VALIOSA SOBRE QUE GENES DEL FRUTO SE INDUCEN POR IGUAL EN RESPUESTA A PATOGENO Y A NO PATOGENO Y CUALES SON ESPECIFICOS, TAMBIEN PODREMOS CONSTATAR LA EXISTENCIA DE FENOMENOS DE REPRESION GENICA EN EL HUESPED INDUCIDOS POR EL PATOGENO, POR PARTE DEL PATOGENO PODREMOS IDENTIFICAR QUE GENES SON LOS QUE MAS RAPIDAMENTE SE INDUCEN Y QUE DIFERENCIAS EXISTEN A NIVEL TRANSCRIPCIONAL ENTRE LA INTERACCION CON UN HUESPED FRENTE A UN NO HUESPED, ES DE ESPERAR QUE GRAN PARTE DE LAS SECUENCIAS DE CDNA CORRESPONDIENTES A GENES DEL FRUTO ESTEN PRESENTES EN LAS BASES DE DATOS, YA QUE TANTO PARA MANZANA COMO PARA CITRICOS SE DISPONE DE INFORMACION DE UN AMPLIO NUMERO DE ESTS (MAS DE 100000 EN CADA CASO), SIN EMBARGO, LA FALTA DE INFORMACION DE SECUENCIAS DE LOS DOS HONGOS ACONSEJA APROVECHAR LA OPORTUNIDAD PARA INICIAR UN PROYECTO DE SECUENCIACION DE LOS MISMOS OBTENIENDO UNAS 40 MB PARA CADA UNO, LO QUE SUPONE EL EQUIVALENTE DE UN GENOMA, DE ESTA FORMA NO SOLO PODREMOS VALORAR SI ES FACTIBLE ABORDAR LA SECUENCIACION DE ESTOS HONGOS POR ESTA VIA, SI NO QUE NOS PERMITIRA DISPONER DE SECUENCIAS DE DNA DE ESTOS HONGOS CON LA QUE COMPARAR LOS RESULTADOS DE SECUENCIACION MASIVA DE CDNAS Y MEJORAR ASI LA ASIGNACION DE SECUENCIAS,ADEMAS DE ESTOS ESTUDIOS PROPIAMENTE GENOMICOS, DESARROLLAREMOS UNA CEPA FLUORESCENTE DE P, DIGITATUM MEDIANTE LA EXPRESION DEL GEN GFP FUSIONADO AL PROMOTOR DEL GEN QUE CODIFICA LA ACTINA, CON ESTA CEPA EL EQUIPO DE LA UDL-IRTA LLEVARA A CABO ESTUDIOS DE ECOFISIOLOGIA SIGUIENDO EL DESARROLLO DE ESTA CEPA TANTO EN UN FRUTO HUESPED (NARANJA) COMO EN UNO NO HUESPED (MANZANA), FINALMENTE, PROCEDEREMOS A INACTIVAR UN GEN DE P, DIGITATUM QUE PRESUNTAMENTE ESTE IMPLICADO EN PATOGENICIDAD Y COMPROBAREMOS EL FENOTIPO DE LA CEPA RESULTANTE DESDE EL PUNTO DE VISTA DE SU VIRULENCIA, patología postcosecha\hongos fitopatógenos\cítricos\manzana\genómica\transcriptómica

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