Descripción del proyecto
MUCHAS TERAPIAS ANTITUMORALES TERMINAN FALLANDO PORQUE LAS CELULAS TUMORALES DESARROLLAN RESISTENCIA A LA QUIMIOTERAPIA, LA ````TERAPIA ADAPTATIVA'' INTENTA RETRASAR O EVITAR EL FALLO DE LOS TRATAMIENTOS USANDO LA COMPETICION ENTRE CELULAS TUMORALES SENSIBLES Y RESISTENTES A LA QUIMIOTERAPIA, EL OBJETIVO ES MANTENER PEQUEÑAS POBLACIONES DE CELULAS TUMORALES QUE SE PUEDEN CONTROLAR POR MEDIO DE QUIMIOTERAPIA Y QUE LIMITARIAN EL CRECIMIENTO DE OTRAS CELULAS TUMORALES CUYO CRECIMIENTO NO PODEMOS CONTROLAR PORQUE SON RESISTENTES A LA QUIMIOTERAPIA, SI CONOCIERAMOS LOS POSIBLES CAMINOS EVOLUTIVOS DE UN TUMOR (POR EJEMPLO, CUALES SERAN LOS SIGUIENTES GENOTIPOS QUE ES PROBABLE QUE APAREZCAN DADO EL ACTUAL ESTADO DEL TUMOR), ESTARIAMOS EN UNA POSICION MEJOR PARA APLICAR CON EXITO LA TERAPIA ADAPTATIVA,LOS MODELOS DE PROGRESION TUMORAL (CPMS, DE ````CANCER PROGRESSION MODELS'') EMPLEAN DATOS TRANSVERSALES (CROSS-SECTIONAL), MUY ABUNDANTES EN BASES DE DATOS PUBLICAS, PARA ENTENDER LAS RESTRICCIONES EN LA ACUMULACION DE MUTACIONES DURANTE LA PROGRESION TUMORAL, PERO LOS CPMS SE PUEDEN UTILIZAR TAMBIEN PARA PREDECIR LOS POSIBLES CAMINOS DE PROGRESION TUMORAL, POR TANTO, LAS PREDICCIONES DE LOS CPMS PODRIAN USARSE PARA MEJORAR LAS DECISIONES CUANDO SE USEN TERAPIAS ADAPTATIVAS,EN ESTE PROYECTO PROPONEMOS USAR CPMS PARA UTILIZAR MEJOR LA TERAPIA ADAPTATIVA, NOS BASAMOS EN NUESTRO TRABAJO PREVIO CON CPMS Y CON LA PREDICCION DE EVOLUCION USANDO CMPS, Y EXTENDEREMOS ESE TRABAJO PARA, PRIMERO, EXAMINAR Y CLARIFICAR EL USO DE CPMS CUANDO EXISTE FITNESS DEPENDIENTE DE LA FRECUENCIA (POR EJEMPLO, CUANDO EXISTE COOPERACION ENTRE DISTINTOS TIPOS DE CELULAS TUMORALES) Y CUANDO LOS DATOS PROCEDEN DE ESTUDIOS QUE USAN ````BULK SEQUENCING'', NOS CENTRAREMOS EN PREDECIR NO EL CAMINO COMPLETO DE EVOLUCION TUMORAL, SINO EN PREDICCIONES A CORTO PLAZO, LOS GENOTIPOS QUE ESTAN A UNO Y DOS PASOS DE LA COMPOSICION ACTUAL DEL TUMOR, Y EN USAR EL NIVEL DE ANALISIS (POR EJEMPLO, GENES VS,\ PATHWAYS) QUE DA LUGAR A LA MEJOR CAPACIDAD PREDICTIVA; SI ES NECESARIO, LOS CPMS SE MODIFICARAN PARA MEJORAR SU FUNCIONAMIENTO EN ESTOS ESCENARIOS CONCRETOS, A CONTINUACION, USAREMOS SIMULACIONES DONDE APLICAREMOS LAS PREDICCIONES DE LOS CPMS A ESCENARIOS DE TERAPIA ADAPTATIVA PARA MEJORAR LOS RESULTADOS TERAPEUTICOS BAJO DIFERENTES CONDICIONES CON RESPECTO A: DIFERENTES COSTES DE LA RESISTENCIA A LA QUIMIOTERAPIA; EL NUMERO DE MUTACIONES REQUERIDAS PARA ADQUIRIR RESISTENCIA Y POSIBLES RESTRICCIONES EN EL ORDEN DE ADQUISICION DE ESTAS MUTACIONES; LA SUPRESION COMPETITIVA ENTRE CLONES ASI COMO LA POSIBLE COOPERACION ENTRE OTROS CLONES TUMORALES; EL PAPEL DE LOS MODIFICADORES DE TASAS DE MUTACION; EL PAPEL DE LA ORGANIZACION ESPACIAL DEL TUMOR, INCLUYENDO SUS EFECTOS EN LA COOPERACION Y LA APARICION DE CLONES PARASITOS, EN RESUMEN, EN ESTE PROYECTO EXAMINAREMOS COMO PUEDE MEJORARSE LA TERAPIA ADAPTATIVA USANDO LAS PREDICCIONES DE LOS CPMS,PUESTO QUE ESTE PROYECTO USARA SIMULACIONES, CONTINUAREMOS DESARROLLANDO SOFTWARE DE SIMULACION, ESTE SOFTWARE, DE CODIGO ABIERTO, Y DISPONIBLE DESDE REPOSITORIOS PUBLICOS, PROVEERA MECANISMOS PARA SIMULAR INTERVENCIONES Y TERAPIA ADAPTATIVA DURANTE EL DESARROLLO TUMORAL, SOFTWARE DE ESTE TIPO ES ESCASO EN EL CAMPO, Y SE PODRIA CONVERTIR EN UNA HERRAMIENTA DE GRAN AYUDA PARA ENTENDER EL POSIBLE PAPEL DE LA TERAPIA ADAPTATIVA EN ESCENARIOS COMPLEJOS, CANCER\SIMULACION\SOFTWARE\ESTADISTICA\MUTACION\GENETICA EVOLUTIVA\PROGRESION TUMORAL\TERAPIA ADAPTATIVA\PREDICCION