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SAF2016-80255-R

Financiado
NUEVAS APROXIMACIONES PARA IDENTIFICAR VARIANTES PATOGENICAS EN EXPERIMENTOS DE...
NUEVAS APROXIMACIONES PARA IDENTIFICAR VARIANTES PATOGENICAS EN EXPERIMENTOS DE SECUENCIACION MASIVA BASADAS EN LA INTEGRACION DE IMPACTO MOLECULAR E INFORMACION BIOMEDICA LA APLICACION DE LAS TECNICAS DE NEXT-GENERATION SEQUENCING (NGS) A LA MEDICINA HA CREADO GRANDES ESPERANZAS TANTO EN LA COMUNIDAD CLINICA/BIOMEDICA, COMO EN IMPORTANTES COLECTIVOS SOCIALES. POR EJEMPLO, SE ESPERA QUE CONTRIBUYA A... LA APLICACION DE LAS TECNICAS DE NEXT-GENERATION SEQUENCING (NGS) A LA MEDICINA HA CREADO GRANDES ESPERANZAS TANTO EN LA COMUNIDAD CLINICA/BIOMEDICA, COMO EN IMPORTANTES COLECTIVOS SOCIALES. POR EJEMPLO, SE ESPERA QUE CONTRIBUYA A REDUCIR LA LLAMADA "ODISEA DIAGNOSTICA" QUE AFECTA A LOS PACIENTES DE ENFERMEDADES RARAS (MAS DE 3 MILLONES EN ESPAÑA), QUE TARDAN VARIOS AÑOS EN OBTENER UN DIAGNOSTICO PRECISO PARA SU DOLENCIA. LAMENTABLEMENTE, EL IMPACTO DEL NGS ESTA SIENDO MUCHO MENOR A LO ESPERADO, DEBIDO AL LLAMADO PROBLEMA DE LA INTERPRETACION. EL EXPERIMENTO DE NGS PERMITE CONOCER LAS VARIANTES DE SECUENCIA QUE PORTA UN PACIENTE RESPECTO A LA POBLACION SANA PROMEDIO, INFORMACION QUE DEBERIA MEJORAR LA PRECISION DE LOS DIAGNOSTICOS, PARTICULARMENTE EN LOS CASOS DIFICILES. EL PROBLEMA ES QUE LAS VARIANTES IDENTIFICADAS INCLUYEN UN ELEVADISIMO NUMERO DE CASOS NEUTROS DESDE UN PUNTO DE VISTA FUNCIONAL; ES DECIR, QUE NO AFECTAN A LA SALUD DEL INDIVIDUO. ENCONTRAR, DENTRO DE TODOS ESTOS CASOS, LAS VARIANTES CAUSALES/PATOGENICAS ES UN PROBLEMA NO RESUELTO, YA QUE NO SABEMOS CON EXACTITUD CUALES SON LAS CARACTERISTICAS QUE LAS DISTINGUEN. ELLO A SU VEZ LIMITA, DE FORMA CRITICA, EL RENDIMIENTO DE LAS HERRAMIENTAS IN SILICO DERIVADAS (O PREDICTORES DE PATOGENICIDAD) UTILIZADAS HABITUALMENTE EN NGS. PARA LAS VARIANTES CODIFICANTES, ESTAS HERRAMIENTAS LLEVAN 15 AÑOS ESTANCADAS EN RENDIMIENTOS 15%-20% INFERIORES A LO REQUERIDO EN CUALQUIER APLICACION MEDICA. PARA LAS VARIANTES NO-CODIFICANTES, CON UN IMPACTO GENERALMENTE REGULADOR DE LA EXPRESION GENICA, EL PROBLEMA ES AUN MAYOR. AQUI, SOLO AHORA SE HA EMPEZADO A CONOCER UNO DE LOS PRINCIPIOS FUNDAMENTALES QUE RIGEN SU ACCION PATOGENICA: LA RELACION FUNCIONAL ENTRE ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL DEL GENOMA Y REGULACION DE LA EXPRESION GENICA. COMO CONSECUENCIA, NINGUNO DE LOS POCOS PREDICTORES EXISTENTES UTILIZA ESTA INFORMACION, LO QUE AUTOMATICAMENTE DISMINUYE SU CAPACIDAD PREDICTIVA. EN EL PRESENTE PROYECTO INCORPORAMOS LOS RESULTADOS CIENTIFICOS MAS RECIENTES PARA GENERAR DOS FAMILIAS DE PREDICTORES IN SILICO COMPLETAMENTE ORIGINALES. PARA LAS VARIANTES CODIFICANTES PRESENTAMOS UNA ESTRATEGIA QUE COMPRENDE TRES PARTES COMPLEMENTARIAS: (I) COMBINACION DE PROPIEDADES MOLECULARES Y DESCRIPCIONES FENOTIPICAS DEL PACIENTE; (II) USO DE INFORMACION ESPECIFICA DEL GEN, TANTO A NIVEL MUTACIONAL COMO A NIVEL DE INTERACCIONES PROTEINA-PROTEINA; (III) OBTENCION DE PREDICTORES DE PATOGENICIDAD ADAPTADOS PARA VARIANTES "FACILES" Y VARIANTES "DIFICILES". PARA LAS VARIANTES NO-CODIFICANTES, NOS CENTRAREMOS EN LAS DENOMINADAS ESTRUCTURALES (GRANDES INSERCIONES/DELECIONES, DUPLICACIONES, ETC.), Y LA APROXIMACION SE BASARA EN ESTUDIAR SU RELACION CON LA ORGANIZACION TRIDIMENSIONAL DE LA CROMATINA Y ANALIZAR SU VALOR PREDICTIVO. FINALMENTE, SEÑALAR QUE SE HA CUIDADO EL PERFIL INTERNACIONAL DEL PROYECTO. A NIVEL CIENTIFICO, CONTAMOS CON LA COLABORACION DEL DR. A. RADA DE LA UNIVERSITAT ZU KOLN (COLONIA, ALEMANIA), EXPERTO MUNDIAL EN REGULACION GENICA, PARA DESARROLLAR EL ESTUDIO DE VARIANTES NO-CODIFICANTES. A NIVEL ECONOMICO, HEMOS CONSEGUIDO EL COMPROMISO DE SEGUIMIENTO DE LA MULTINACIONAL ROCHE, UNO DE LOS LIDERES INTERNACIONALES EN SECUENCIACION Y DIAGNOSTICO MOLECULAR. ARIANTES PATOGÉNICAS\DIAGNÓSTICO MOLECULAR\PANELES GENÉTICOS\NEXT-GENERATION SEQUENCING\IMPACTO MOLECULAR ver más
01/01/2016
FUNDACIO HOSPITAL...
97K€
Perfil tecnológico estimado

Línea de financiación: concedida

El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2016-01-01
Presupuesto El presupuesto total del proyecto asciende a 97K€
Líder del proyecto
FUNDACIO HOSPITAL UNIVERSITARI VALL HEBRON -... No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.
Perfil tecnológico TRL 4-5 33M