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PID2021-126718OA-I00

Financiado

NUEVA APROXIMACION COMPUTACIONAL PARA LA CARACTERIZACION DE LOS MECANISMOS DE RE...

NUEVA APROXIMACION COMPUTACIONAL PARA LA CARACTERIZACION DE LOS MECANISMOS DE REGULACION DE CELULAS CANCERIGENAS DESDE DATOS DE SINGLE-CELL LA SECUENCIACION DE ARN UNICELULAR (SCRNA-SEQ) HA FACILITADO LA INVESTIGACION DE IMPORTANTES CUESTIONES BIOLOGICAS QUE ANTES ERAN DIFICILES O IMPOSIBLES DE ESTUDIAR, COMO LA NATURALEZA DE LA HETEROGENEIDAD DENTRO DE LOS TIPOS CELU... ver más

01/01/2021

UPNA

115K€

Presupuesto del proyecto: 115K€

Líder del proyecto

UNIVERSIDAD DE NAVARRA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 848

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2021-01-01

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Participantes

UPNA

Lider

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Líder del proyecto

UNIVERSIDAD DE NAVARRA

Total investigadores 848

Presupuesto del proyecto 115K€

Descripción del proyecto LA SECUENCIACION DE ARN UNICELULAR (SCRNA-SEQ) HA FACILITADO LA INVESTIGACION DE IMPORTANTES CUESTIONES BIOLOGICAS QUE ANTES ERAN DIFICILES O IMPOSIBLES DE ESTUDIAR, COMO LA NATURALEZA DE LA HETEROGENEIDAD DENTRO DE LOS TIPOS CELULARES CLASICOS O LA DINAMICA DE LOS PROCESOS CELULARES. EL RITMO ACTUAL DE CRECIMIENTO DE LOS DATOS DE SCRNA-SEQ REQUIERE EL DESARROLLO DE HERRAMIENTAS COMPUTACIONALES ALTAMENTE ESCALABLES QUE PUEDAN DAR SENTIDO DE MANERA EFICIENTE A ESTOS DATOS. SI BIEN SE HAN DESARROLLADO VARIAS HERRAMIENTAS, LA MAYORIA SE HAN CENTRADO EN SUPERAR LAS PRINCIPALES LIMITACIONES DE LA TECNOLOGIA. SIN EMBARGO, YA EXISTEN VARIAS HERRAMIENTAS PARA EXTRAER INFORMACION DE LA DINAMICA REGULADORA QUE GOBIERNA CADA UNO DE LOS TIPOS DE CELULAS PRESENTES EN LA MUESTRA SECUENCIADA. SE HAN DESARROLLADO HERRAMIENTAS PARA LA INFERENCIA DE REDES REGULADORAS DE GENES (GRN). SIN EMBARGO, LOS SUPUESTOS DE ESTAS HERRAMIENTAS DIFIEREN Y NO ES SENCILLO COMPARARLOS, YA QUE REPRESENTAN DIFERENTE INFORMACION. ADEMAS, PARA OBTENER UNA VISION COMPLETA DE LA DINAMICA REGULADORA DE LAS CELULAS, SE DEBE INCLUIR INFORMACION SOBRE EL METABOLISMO Y LAS ISOFORMAS GENICAS ESPECIFICAS PRESENTES EN LAS DIFERENTES CELULAS. ESTA VISION COMPLETA PUEDE HACER AVANZAR NUESTRO CONOCIMIENTO SOBRE LA BIOLOGIA SUBYACENTE DE LAS CELULAS, LO QUE TIENE IMPLICACIONES EN LA PRACTICA CLINICA, PUDIENDO AVANZAR EL CAMPO DE LA MEDICINA PERSONALIZADA (ESPECIALMENTE EN CANCER). A MEDIDA QUE LA ESTA TECNOLOGIA SE ABRE PASO EN LA PRACTICA CLINICA, ES IMPORTANTE CONTAR CON UN MARCO PARA ANALIZAR FACILMENTE LOS PROCESOS REGULADORES DE CADA TIPO CELULAR DESDE LAS REDES DE REGULACION, METABOLISMO E DIVERSI, I) LOS GRN QUE GOBIERNAN, II) LAS VIAS METABOLICAS ACTIVAS Y III) LAS ISOFORMAS EXPRESADAS EN CADA GEN. EL OBJETIVO DEL PROYECTO PROPUESTO ES DESARROLLAR UN MARCO UNIFICADO PARA AYUDAR AL ANALISIS DE LOS DATOS DE SCRNA-SEQ Y VALIDAR LOS METODOS EN EL ENTORNO CLINICO. VALIDAREMOS EL MARCO SOBRE DATOS DE PACIENTES CON NEOPLASIAS HEMATOLOGICAS PARA DESCUBRIR LOS MECANISMOS REGULADORES DE LA DIFERENCIACION HEMATOPOYETICA DE ESTOS PACIENTES, ASI COMO PARA EXPLICAR EL DESARROLLO Y PROGRESION DE ESTAS PATOLOGIAS. PLANEAMOS LOGRAR NUESTRO OBJETIVO GENERAL PARA ESTE PROYECTO PERSIGUIENDO LOS SIGUIENTES OBJETIVOS ESPECIFICOS:OBJ. 1: DESARROLLAR NUEVAS HERRAMIENTAS COMPUTACIONALES I) PARA ANALIZAR Y VISUALIZAR LAS GRNS, II) PARA CARACTERIZAR EL METABOLISMO, Y III) PARA IDENTIFICAR EL USO DIFERENCIAL DE ISOFORMAS DE CADA TIPO CELULAR;OBJ. 2: INTEGRAR LAS HERRAMIENTAS PROPUESTAS EN UN MARCO UNIFICADO QUE PROPORCIONE UNA VISION MECANISTICA GOBAL DE LAS CELULAS SECUENCIADAS;OBJ. 3: VALIDAR EL MARCO PROPUESTO CON DATOS DE PACIENTES CON NEOPLASIAS HEMATOLOGICAS.EL OBJETIVO A LARGO PLAZO DE LA INVESTIGACION PROPUESTA ES PROPORCIONAR A LA COMUNIDAD CLINICA Y DE INVESTIGACION LAS HERRAMIENTAS NECESARIAS PARA (A) EXTRAER DE MANERA EFICIENTE LA INFORMACION RELACIONADA CON LA DINAMICA REGULADORA DE LAS CELULAS A PARTIR DE UN EXPERIMENTO DE SCRNA-SEQ; QUE (B) PUEDA ADAPTARSE FACILMENTE PARA INCORPORAR NUEVAS TECNOLOGIAS OMICAS UNICELULARES. LA HIPOTESIS CENTRAL DE LA AGENDA DE INVESTIGACION ES QUE LA TECNOLOGIA UNICELULAR PUEDE PROPORCIONAR INFORMACION VALIOSA PARA LA MEDICINA PERSONALIZADA, ESPECIALMENTE EN EL CANCER. EL DESARROLLO DE UN MARCO QUE PUEDA EXTRAER INFORMACION RELEVANTE SOBRE LA REGULACION CELULAR FACILITARA EL USO DE ESTOS DATOS EN LA CLINICA. IOLOGIA COMPUTACIONAL\FACTORES DE SPLICING \METABOLOMIC PATHWAYS\REDES DE REGULACION DE GENES\ALGORITMOS\METODOS\ENFERMEDADES HEMATOLOGICAS\GENOMICA\SINGLE-CELL

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