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Mapping structural variation on native chromosomal DNA a single molecule appro...

Mapping structural variation on native chromosomal DNA a single molecule approach This proposal seeks to utilize single molecule optical detection to directly visualize and analyze genome structural and copy number variation (SVs & CNVs) spanning up to hundreds kb of native chromosomal DNA . The project focuse... ver más

31/08/2016

TAU

100K€

Presupuesto del proyecto: 100K€

Líder del proyecto

TEL AVIV UNIVERSITY No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 4-5

Fecha límite participación Sin fecha límite de participación.

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TRL 4-5

Presupuesto del proyecto 100K€

Fecha límite de participación Sin fecha límite de participación.

Descripción del proyecto This proposal seeks to utilize single molecule optical detection to directly visualize and analyze genome structural and copy number variation (SVs & CNVs) spanning up to hundreds kb of native chromosomal DNA . The project focuses on a pathogenic macro satellite repeat in the subtelomere of chromosome 4q that is linked to the third most common inherited muscular dystrophy, Facioscapulohumeral muscular dystrophy (FSHD). Specific sequences on subtelomeres are labeled with fluorescent molecules via enzymatic reactions to create a unique, chromosome specific fluorescence pattern. The DNA is then stretched in thousands of parallel nanochannels by electrophoresis and imaged on a fluorescence microscope. The resulting patterns along the DNA backbone are compared to a reference map computed from the known genome sequence and variations from the reference are classified and characterized. Specifically, we will be able to count the exact number of repeat blocks in pathogenic vs. non-pathogenic chromosomes. The immediate outcome of this project is a powerful diagnostic tool for FSHD and a proof of principle for single molecule, high throughput structural variation analysis on a genomic scale.

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