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CGL2013-40564-R

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GENOMICA DE VIRUS INDIVIDUALES. UNA NUEVA VISION PARA EXPLORAR LA VIRIOSFERA NO...

GENOMICA DE VIRUS INDIVIDUALES. UNA NUEVA VISION PARA EXPLORAR LA VIRIOSFERA NO CULTIVADA: DEL ECOSISTEMA AL HOMBRE. LOS VIRUS SON LAS ENTIDADES BIOLOGICAS MAS ABUNDANTES Y DIVERSAS QUE MOLDEAN CADA UNO DE LOS ORGANISMOS, INCLUIDO EL HOMBRE, A PESAR DE SU IMPORTANCIA, DATOS METAGENOMICOS INDICAN QUE SOLO CONOCEMOS EL 1% DE LA DIVERSIDAD GENOMICA... ver más

01/01/2013

152K€

Presupuesto del proyecto: 152K€

Líder del proyecto

UNIVERSIDAD DE ALICANTE No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 1047

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2013-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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Líder del proyecto

UNIVERSIDAD DE ALICANTE No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 1047

Presupuesto del proyecto 152K€

Descripción del proyecto LOS VIRUS SON LAS ENTIDADES BIOLOGICAS MAS ABUNDANTES Y DIVERSAS QUE MOLDEAN CADA UNO DE LOS ORGANISMOS, INCLUIDO EL HOMBRE, A PESAR DE SU IMPORTANCIA, DATOS METAGENOMICOS INDICAN QUE SOLO CONOCEMOS EL 1% DE LA DIVERSIDAD GENOMICA VIRICA EXISTENTE, SESGANDO NUESTRO CONOCIMIENTO SOBRE EL PAPEL BIOLOGICO DE LOS VIRUS PREDOMINANTES EN LA NATURALEZA, HASTA AHORA, LOS DOS PRINCIPALES ENFOQUES EXPERIMENTALES PARA RECUPERAR LA INFORMACION GENOMICA VIRICA SE BASABAN EN EL AISLAMIENTO DEL SISTEMA HUESPED-HOSPEDADOR, O BIEN EN LA SECUENCIACION MASIVA DE TODOS LOS GENES VIRICOS EXTRAIDOS DIRECTAMENTE DE UNA MUESTRA, ESTO ES, LA METAGENOMICA, SIN EMBARGO, LOS VIRUS RECUPERADOS POR CULTIVO, EN BUENA MEDIDA, NO REPRESENTAN NECESARIAMENTE A LOS VIRUS REALMENTE ABUNDANTES EN LAS COMUNIDADES VIRICAS, Y POR OTRO LADO, LA INFORMACION RECUPERADA POR METAGENOMICA ESTA AMPLIAMENTE FRAGMENTADA, CON LA DIFICULTAD QUE ELLO CONLLEVA A LA HORA DE ENSAMBLAR GENOMAS COMPLETOS, DIFICULTANDO ASI LA ASIGNACION E IDENTIFICACION DE VIRUS RELEVANTES EN LOS SISTEMAS BIOLOGICOS, ASI PUES, EN ESTE PROYECTO APLICAREMOS UN ENFOQUE EXPERIMENTAL RADICALMENTE NOVEDOSO, INDEPENDIENTE DEL CULTIVO Y QUE SALVARA LAS LIMITACIONES DE LA METAGENOMICA, EN EL QUE MEDIANTE TECNICAS MULTIDISCIPLINARES RECUPERAREMOS LA INFORMACION GENETICA CONTENIDA DENTRO DE UNA UNICA PARTICULA VIRICA INDIVIDUAL SIN NECESIDAD DE CULTIVAR, PARA ELLO, MEDIANTE TECNICAS DE CITOMETRIA DE FLUJO AVANZADA, LOS VIRUS TEÑIDOS FLUORESCENTEMENTE SERAN FISICAMENTE SEPARADOS UNO A UNO DE LA MUESTRA BIOLOGICA GRACIAS A UN NUEVO MODULO OPTICO ESPECIFICAMENTE DISEÑADO PARA DETECTAR Y SEPARAR MICROPARTICULAS DEL RANGO DE TAMAÑO DE SUB-MICROMETROS (20-1000 NM), TALES COMO LOS VIRUS, CADA PARTICULA VIRICA INDIVIDUAL SERA DEPOSITADA EN MICROPOCILLOS INDEPENDIENTES, TRAS ELLO, SE EMPLEARA LA MICROSCOPIA DE FLUORESCENCIA DE SUPER-RESOLUCION PARA EVALUAR LA PRESENCIA DE UN UNICO VIRUS Y ESTUDIAR ADEMAS LA ESTRUCTURA Y MORFOMETRIA DE LOS MISMOS, SEGUIDAMENTE, EL MATERIAL GENETICO OBTENIDO DE UN UNICO VIRUS (2 FG, DE DNA) SE AMPLIFICARA MEDIANTE LA TECNICA MULTIPLE-DISPLACEMENT AMPLIFICATION, EN LA QUE SE GENERARA SUFICIENTE MATERIAL PARA SER POSTERIORMENTE ANALIZADO POR TECNICAS COMPLEMENTARIAS Y FINALMENTE SECUENCIADO, ESTA APROXIMACION SE DENOMINA GENOMICA DE VIRUS INDIVIDUALES (GVI), INICIALMENTE (OBJ, 1), LLEVAREMOS A CABO LA PUESTA A PUNTO Y OPTIMIZACION DE ALGUNOS PASOS DE LA METODOLOGIA DE GVI CON UN VIRUS CULTIVADO Y PREVIAMENTE SECUENCIADO, EN EL OBJETIVO 2, APLICAREMOS LA APROXIMACION DE GVI EN COMBINACION CON METAGENOMICA Y LA TECNOLOGIA DE MICROARRAYS A COMUNIDADES VIRICAS COMPLEJAS DONDE SECUENCIAREMOS GENOMAS COMPLETOS DE VIRUS DE REFERENCIA NO CULTIVADOS QUE SON PREDOMINANTES EN LOS ECOSISTEMAS SELECCIONADOS (AGUA POTABLE DE LA CIUDAD DE ALICANTE, SUPERFICIE DEL MAR MEDITERRANEO Y MUESTRAS DEL OCEANO PROFUNDO; EXPEDICION MALASPINA) Y EN EL MICROAMBIENTE BUCAL (MUCOSAS/SALIVA) DE PERSONAS SANAS VS PACIENTES INMUNODEPRIMIDOS POR EL VIRUS DEL VIH), FINALMENTE, (OBJ, 3), MEDIANTE GVI TRATAREMOS DE IDENTIFICAR Y SECUENCIAR VIRUS NO CULTIVADOS POTENCIALMENTE IMPLICADOS EN LA DIABETES TIPO I, POR TANTO, EN ESTE PROYECTO, CON UN ENFOQUE NOVEDOSO, PROFUNDIZAREMOS EN CUESTIONES FUNDAMENTALES DE LA BIOLOGIA, ECOLOGIA, DIVERSIDAD Y GENOMICA DE VIRUS POTENCIALMENTE DESCONOCIDOS, Y CUYO PAPEL E IMPACTO EN LOS CICLOS BIOGEOQUIMICOS GLOBALES Y EN LA HOMEOSTASIS DEL CUERPO HUMANO ESTA AUN POR DETERMINAR VIRUS\ GENÓMICA\ CÉLULAS INDIVIDUALES\ METAGENÓMICA\ DIVERSIDAD\ ECOSISTEMA\ DIABETES\ ECOLOGÍA MICROBIANA\ DNA

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