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CGL2015-70925-P

Financiado

FILOGENOMICA DEL GENERO PSEUDOMONAS Y APLICACION A NUEVAS CEPAS DE INTERES AMBIE...

FILOGENOMICA DEL GENERO PSEUDOMONAS Y APLICACION A NUEVAS CEPAS DE INTERES AMBIENTAL, BIOTECNOLOGICO Y CLINICO EL GENERO PSEUDOMONAS ES EL DE MAYOR NUMERO DE ESPECIES DENTRO DE LAS BACTERIAS GRAM NEGATIVAS Y HA SIDO MODELO DE ESTUDIO EN EL DESARROLLO Y COMPROBACION DE HERRAMIENTAS TAXONOMICAS DESDE 1872, TIENE INTERES POR SUS APLICACIONES... ver más

01/01/2015

UIB

120K€

Presupuesto del proyecto: 120K€

Líder del proyecto

UNIVERSIDAD DE LAS ISLAS BALEARES No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 20

Ver Participantes

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2015-01-01

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Participantes

UIB

Lider

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Líder del proyecto

UNIVERSIDAD DE LAS ISLAS BALEARES

Total investigadores 20

Presupuesto del proyecto 120K€

Descripción del proyecto EL GENERO PSEUDOMONAS ES EL DE MAYOR NUMERO DE ESPECIES DENTRO DE LAS BACTERIAS GRAM NEGATIVAS Y HA SIDO MODELO DE ESTUDIO EN EL DESARROLLO Y COMPROBACION DE HERRAMIENTAS TAXONOMICAS DESDE 1872, TIENE INTERES POR SUS APLICACIONES BIOTECNOLOGICAS (PRODUCCION DE COMPUESTOS BIOACTIVOS, AGENTES DE BIOCONTROL EN AGRICULTURA, PROMOTORES DEL CRECIMIENTO VEGETAL, POR SUS PROPIEDADES COMO PATOGENOS DE PLANTAS), EN MICROBIOLOGIA CLINICA (PATOGENOS DE HUMANOS Y ANIMALES) Y EN PROCESOS AMBIENTALES (EN LOS CICLOS DEL CARBONO Y DEL NITROGENO, BIODEGRADACION DE CONTAMINANTES), LAS NUEVAS TECNICAS DE SECUENCIACION MASIVA (NGS) SON UNA HERRAMIENTA RELATIVAMENTE NUEVA PARA DESCIFRAR LA DIVERSIDAD MICROBIANA REAL, SE APLICARAN EN EL PRESENTE ESTUDIO PARA ESTIMAR LA DIVERSIDAD DE ESPECIES EN EL GENERO Y PARA DETECTAR AQUELLOS GENES QUE TENGAN UNA POTENCIAL APLICACION O QUE DETERMINEN LAS PROPIEDADES ECOLOGICAS O PATOGENICAS, PRINCIPALES OBJETIVOS:I) CARACTERIZACION GENOMICA DE LAS CEPAS TIPO DE LAS ESPECIE DEL GENERO, NECESARIA PARA ESTABLECER LAS RELACIONES GENOMICAS EN LA DELIMITACION DEL GENERO Y DE SUS ESPECIES MEDIANTE LOS INDICE ANIB, DDH IN SILICO Y SPECI,II) GENOMICA COMPARADA ENTRE LAS ESPECIES DEL GENERO PSEUDOMONAS, SE DETERMINARAN LOS GENES COMUNES (CORE-GENOME) Y ACCESORIOS (PAN-GENOME) DE LAS ESPECIES DE LOS GRUPOS FILOGENETICOS DESCRITOS Y DE TODO EL GENERO, SE ESTUDIARAN LAS RELACIONES FILOGENETICAS Y SE DETERMINARAN GENES RESULTADO DE TRANSFERENCIAS HORIZONTALES, ADEMAS DE LAS CEPAS TIPO SE INCLUIRA EN EL ESTUDIO GENOMAS DE OTRAS CEPAS SECUENCIADAS POR NUESTRO GRUPO, O ACCESIBLES EN LAS BASES DE DATOS,III) COMO ESPECIES MODELO SE ANALIZARAN EN PROFUNDIDAD CEPAS DE PSEUDOMONAS STUTZERI Y DE PSEUDOMONAS PUTIDA, HEMOS SECUENCIADO YA LAS CEPAS TIPO O DE REFERENCIA DE AMBOS GRUPOS (APROX, 50 GENOMAS), SE DEFINIRAN LOS ECOTIPOS EN LAS ESPECIES DE Y SE DETECTARAN GENES CON POSIBLES APLICACIONES, LAS CEPAS DE ORIGEN CLINICO SE COMPARARAN CON LAS CEPAS DE HABITATS NATURALES Y SE ESTUDIARA CON DETALLE LA PRESENCIA DE GENES QUE CODIFICAN DETERMINANTES DE PATOGENICIDAD,IV) LA DISPONIBILIDAD DE NITROGENO COMBINADO ES EL FACTOR LIMITANTE EN MUCHAS TECNOLOGIAS DE BIORREMEDIACION, SE ESTUDIARAN CEPAS DE P, STUTZERI FIJADORAS DE NITROGENO Y DEGRADADORAS DE COMPUESTOS AROMATICOS QUE PUEDAN EXPRESAR SIMULTANEAMENTE AMBAS PROPIEDADES, ESTUDIOS FISIOLOGICOS, BIOQUIMICOS, METABOLOMICOS Y PROTEOMICOS DEMOSTRARAN LA EFICACIA DE DEGRADACION DE ESTAS CEPAS, SE REALIZARAN ENSAYOS DE EVOLUCION EXPERIMENTAL DE TRANSFERENCIA DE AMBAS CARACTERISTICAS ENTRE CEPAS DE LA ESPECIE,V) CARACTERIZACION DE NUEVAS ESPECIES, DISPONEMOS DE CEPAS AISLADAS DE MUESTRAS CLINICAS, HABITATS ACUATICOS, SUELOS AGRICOLAS Y OTRAS PATOGENAS DE CITRUS QUE SON PRESUNTAMENTE ESPECIES NUEVAS NO DESCRITAS, SE CARACTERIZARAN MEDIANTE TECNICAS POLIFASICAS, INCLUYENDO LA GENOMICA COMPARADA, LAS DIFERENCIAS EN EL CONTENIDO GENICO ENTRE CEPAS DE LA MISMA ESPECIE AYUDARAN A CLARIFICAR LAS DIFERENCIAS EN SU PATOGENICIDAD Y EN SUS FUNCIONES ECOLOGICAS O APLICACIONES BIOTECNOLOGICAS, SE DESCRIBIRAN POR LO MENOS 20 ESPECIES NUEVAS,VI) DETERMINACION DE LA DIVERSIDAD DE PSEUDOMONAS EN HABITATS ACUATICOS MODELO MEDIANTE TECNICAS INDEPENDIENTES DE CULTIVO, DNA TOTAL OBTENIDO DE AGUAS ANQUIHALINAS SE AMPLIFICARA MEDIANTE CEBADORES ESPECIFICOS DE PCR DEL GEN RPOD Y SE ANALIZARAN POR NGS, EN PARALELO SE ESTUDIARAN AISLADOS DE LOS MISMOS HABITATS Y SU CAPACIDAD PARA PRECIPITAR O SOLUBILIZAR CARBONATOS, PSEUDOMONAS\GENÓMICA COMPARADA\FILOGENIA\FILOGENÓMICA\BIODIVERSIDAD\APLICACIONES

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