PID2021-122726NB-I00
Financiado
EVOLUCION DE PEPTIDOS NO CANONICOS Y SU PAPEL COMO NEOANTIGENOS EN CANCER
INVESTIGACIONES RECIENTES HAN PUESTO DE MANIFIESTO QUE UNA PROPORCION MUCHO MAYOR DE LAS PAUTAS DE LECTURA ABIERTAS (ORFS) DE LO QUE SE SUPONIA SE TRADUCEN. ESTOS ORFS SE LOCALIZAN EN LA PARTE 5 O 3 (UPSTREAM OR DOWNSTREAM) DE S...
INVESTIGACIONES RECIENTES HAN PUESTO DE MANIFIESTO QUE UNA PROPORCION MUCHO MAYOR DE LAS PAUTAS DE LECTURA ABIERTAS (ORFS) DE LO QUE SE SUPONIA SE TRADUCEN. ESTOS ORFS SE LOCALIZAN EN LA PARTE 5 O 3 (UPSTREAM OR DOWNSTREAM) DE SECUENCIAS CODIFICANTES CANONICAS, EN PAUTAS DE LECTURA ALTERNATIVAS, O EN TRANSCRITOS ANOTADOS COMO NO CODIFICANTES (LNCRNAS). LOS PRODUCTOS PROTEICOS CODIFICADOS TIENDEN A SER MAS CORTOS DE 100 AMINO ACIDOS Y SE DENOMINAN PEPTIDOS NO CANONICOS. SOLO EN HUMANOS SE HAN DESCRITO YA 7,264 EVENTOS DE TRADUCCION NO CANONICA, Y SU NUMERO POSIBLEMENTE INCREMENTARA DE FORMA SUSTANCIAL EN LOS PROXIMOS AÑOS. EN CLARO CONTRASTE CON LAS SECUENCIAS CODIFICANTES CANONICAS, LOS ORFS NO CANONICOS TRADUCIDOS SON FRECUENTEMENTE ESPECIFICOS DE ESPECIE O LINAJE. ESTO SE DEBE A QUE LOS TRANSCRITOS MISMOS TIENEN UNA CONSERVACION FILOGENETICA LIMITADA, COMO ES EL CASO DE LA MAYORIA DE LNCRNAS ANOTADOS, O A QUE LOS ORFS SE HAN FORMADO RECIENTEMENTE EN TRANSCRITOS QUE YA EXISTIAN. ESTO INDICA FRECUENTES PROCESOS DE EMERGENCIA DE NOVO, EN LOS CUALES SECUENCIAS CODIFICANTES SE ORIGINAN A PARTIR DE SECUENCIAS ORIGINALMENTE NO CODIFICANTES. AQUI PROPONEMOS REALIZAR UNA SERIE DE INVESTIGACIONES INNOVADORAS PARA ESCLARECER LA EVOLUCION Y FUNCION DE DIFERENTES TIPOS DE ORFS NON CANONICOS Y SUS PRODUCTOS PROTEICOS. EL PRIMER OBJETIVO ES LA CARACTERIZACION DE LAS ACTIVIDADES DE TRADUCCION UPSTREAM Y DOWNSTREAM DE LOS ORFS CANONICOS USANDO UN GRUPO DE ESPECIES DE LEVADURA EVOLUTIVAMENTE CERCANAS COMO SISTEMA MODELO. PARA ESO USAREMOS UN PROCEDIMIENTO EN EL QUE COMBINAREMOS SECUENCIAS LARGAS PRODUCIDAS POR NANOPORE RNA-SEQ, LO QUE NOS PERMITIRA RECUPERAR LAS REGIONES 5 Y 3 NO TRADUCIDAS (UTRS), CON DATOS DE PERFILAJE DE RIBOSOMAS (RIBOSOME PROFILING). ESPERAMOS ASI OBTENER EL PRIMER CATALOGO COMPLETO DE PEPTIDOS NO CANONICOS EN SACCHAROMYCES CEREVISIAE Y, MEDIANTE LA COMPARACION CON DATOS EXPERIMENTALES SIMILARES DE OTRAS ESPECIES Y SECUENCIAS SINTENICAS DEL GENOMA, RECONSTRUIR LAS RUTAS EVOLUTIVAS MAS FRECUENTES PARA SU FORMACION. EL SEGUNDO OBJETIVO ES LA CARACTERIZACION DE PROTEINAS GENERADAS DE NOVO EN EL LINAJE HUMANO, CENTRANDONOS EN AQUELLAS CODIFICADAS POR LNCRNAS Y TRANSCRITOS NO ANOTADOS. PARA TAL FIN, APROVECHAREMOS EL NUMERO CRECIENTE DE EXPERIMENTOS DE RIBOSOME PROFILING REALIZADOS EN TEJIDOS Y TIPOS CELULARES HUMANOS, ASI COMO DATOS EXHAUSTIVOS DE TRANSCRIPTOMICA Y PROTEOMICA DE MULTIPLE ESPECIES. ES DE ESPERAR QUE ESTAS INVESTIGACIONES REPRESENTEN UN HITO IMPORTANTE EN NUESTRA COMPRENSION DE LOS PROCESOS DE FORMACION DE GENES DE NOVO EN HUMANOS. FINALMENTE, INVESTIGAREMOS LA FORMACION DE NOVO DE PEPTIDOS EN TUMORES Y SU POTENCIAL DE PROMOVER RESPUESTAS INMUNITARIAS. EXISTE UNA EVIDENCIA CRECIENTE QUE MUCHOS LNCRNAS Y TRANSCRITOS NO ANOTADOS TIENE UNA EXPRESION ESPECIFICA DE TUMOR, NO SIENDO DETECTABLES EN TEJIDOS ADULTOS SANOS. ESTO CONSTITUYE UNA IMPORTANTE FUENTE DE NEOANTIGENOS QUE SE ENCUENTRA ACTUALMENTE POCO CARACTERIZADA. CUANTIFICAREMOS EL NUMERO DE POTENCIALES PEPTIDOS NO CANONICOS INMUNOGENICOS ORIGINADOS EN DIFERENTES COHORTES DE PACIENTES DE CANCER, Y DETERMINAREMOS SI ESTA VARIABLE PUEDE AYUDAR A MEJORAR LA PREDICCION DE LA RESPUESTA DE LOS PACIENTES A LA INMUNOTERAPIA. RANSCRIPTOMICA\NEOANTIGENO\CANCER\GENOMICA COMPARATIVA\INNOVACION EVOLUTIVA\LEVADURA\TRADUCCION\PEPTIDO
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Línea de financiación: concedida
El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2021-01-01
Presupuesto
El presupuesto total del proyecto asciende a
218K€
Líder del proyecto
Fundació Institut Hospital del Mar D'Investig...
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Perfil tecnológico
TRL
4-5
16M
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