COMPRENSION CUANTITATIVA DE LOS PROCESOS DE RECONOCIMIENTO MOLECULAR Y DISEÑO RA...
COMPRENSION CUANTITATIVA DE LOS PROCESOS DE RECONOCIMIENTO MOLECULAR Y DISEÑO RACIONAL DE SUS MODULADORES
EL OBJETIVO DEL PROYECTO ES EL DE COMPRENDER, EN TERMINOS CUANTITATIVOS, LOS PROCESOS DE RECONOCIMIENTO OLECULAR MEDIANTE EJECUCION IN SILICO DE EXPERIMENTOS DE UNION, UTILIZANDO NUEVAS METODOLOGIAS Y PROTOCOLOS DE SAMPLEO, EN SI...
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Financiación
concedida
El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto
el día 2011-01-01
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Descripción del proyecto
EL OBJETIVO DEL PROYECTO ES EL DE COMPRENDER, EN TERMINOS CUANTITATIVOS, LOS PROCESOS DE RECONOCIMIENTO OLECULAR MEDIANTE EJECUCION IN SILICO DE EXPERIMENTOS DE UNION, UTILIZANDO NUEVAS METODOLOGIAS Y PROTOCOLOS DE SAMPLEO, EN SIMULACIONES MOLECULARES, ALTAMENTE PARALELOS. LA RESOLUCION DIRECTA DE INTERACCIONES DE UNION, HA ESTADO CONSIDERADA INALCANZABLE CON LAS CAPACIDADES DE COMPUTO DISPONIBLES HASTA LA FECHA. LA ESCALA DE TIEMPO EN LA QUE ESTAS INTERACCIONES OCURREN, ABARCA 12 ORDENES DE MAGNITUD, DESDE LOS FEMTO- HASTA LOS MILISEGUNDOS. ESTE ESCENARIO SE HA VISTO ALTERADO RECIENTEMENTE POR DOS INNOVACIONES. EN PRIMER LUGAR, HEMOS DESARROLLADO ACEMD, UN PAQUETE DE SOFTWARE PARA LA DINAMICA MOLECULAR DE MAXIMA DESCRIPCION ATOMICA. ACEMD PUEDE REALIZAR DE FORMA RUTINARIA TRAYECTORIAS DE HASTA MICROSEGUNDOS MEDIANTE EL USO DE UNIDADES DE PROCESAMIENTO GRAFICAS (GPUS EN SUS SIGLAS EN INGLES), Y PODRA LLEGAR A LOS MILISEGUNDOS EN EL TRANSCURSO DE ESTE PROYECTO. EN SEGUNDO LUGAR, LOS PROTOCOLOS DE SAMPLEO ALTAMENTE PARALELIZABLES HAN DEMOSTRADO LA POSIBILIDAD DE RESOLVER EL PROCESO COMPLETO DE RECONOCIMIENTO MOLECULAR, DESDE EVENTOS INDIVIDUALES DE UNION HASTA LOS PARAMETROS CINETICOS Y ENERGETICOS DE LA MISMA. EL PROYECTO TIENE DOS OBJETIVOS PRINCIPALES: 1) COMPRENDER LOS EVENTOS MOLECULARES QUE OCURREN EN EL PROCESO DE UNION EN TERMINOS DE CINETICA Y ENERGETICA DEL PROCESO, PARA DOS SISTEMAS MODELO SELECCIONADOS, PROTEINAS ALTAMENTE DESORDENADAS O DESESTRUCTURADAS Y PROTEINAS ESTRUCTURADAS CON MULTIPLES ESTADOS CONFORMACIONALES; 2) UTILIZAR EL CONOCIMIENTO OBTENIDO DEL ESTUDIO DE LOS PROCESOS DE RECONOCIMIENTO MOLECULAR, PARA EL DISEÑO DE BLOQUEADORES ALOSTERICOS DE CONFORMACIONES QUE MODULEN LA FUNCION. EN COMPARACION CON EL "ESTADO DEL ARTE", EL RESULTADO FINAL DE ESTE PROYECTO PROPORCIONARA UNA NUEVA Y MAS DIRECTA VIA DE DESCRIPCION Y COMPRENSION CUANTITATIVA DE LOS PROCESOS DE RECONOCIMIENTO MOLECULAR CON IMPORTANTES IMPLICACIONES EN DISEÑO FARMACOS Y EN LOS CAMPOS DE LA QUIMICA Y BIOLOGIA COMPUTACIONALES EN GENERAL. INAMICA MOLECULAR CLASICA\DISEÑO DE FARMACOS\UNIDADES DE PROCESAMIENTO GRAFICO\MODULACION ALOSTERICA\PROTEINAS INTRINSICAMENTE DESORDENADAS\PROCESO DE UNION\CONJUNTO DE CONFORMACIONES PROTEICAS