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FIS2008-01040

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SIMULACIONES MOLECULARES DE MACROMOLECULAS MULTIESCALA Y DE ALTO RENDIMIENTO

LAS LINEAS DE INVESTIGACION DE ESTA PROPUESTA DESARROLLAN Y EXTIENDEN NUESTRA ACTUAL INVESTIGACION, CENTRADA EN SUPERAR LAS FUERTES LIMITACIONES DE LA REDUCIDA RESOLUCION EN ESCALA TEMPORAL Y ESPACIAL, Y DE MUESTREO ESTADISTICO D... ver más

01/01/2008

UPF

48K€

Presupuesto del proyecto: 48K€

Líder del proyecto

UNIVERSITAT POMPEU FABRA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 323

Fecha límite participación Sin fecha límite de participación.

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2008-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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Líder del proyecto

UNIVERSITAT POMPEU FABRA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 323

Presupuesto del proyecto 48K€

Fecha límite de participación Sin fecha límite de participación.

Descripción del proyecto LAS LINEAS DE INVESTIGACION DE ESTA PROPUESTA DESARROLLAN Y EXTIENDEN NUESTRA ACTUAL INVESTIGACION, CENTRADA EN SUPERAR LAS FUERTES LIMITACIONES DE LA REDUCIDA RESOLUCION EN ESCALA TEMPORAL Y ESPACIAL, Y DE MUESTREO ESTADISTICO DE LAS ESTRATEGIAS COMPUTACIONALES EN EL CAMPO DE LOS SISTEMAS MACROMOLECULARES, ESTA LIMITACION COMPUTACIONAL, DEBIDO AL INTERVALO DE AL MENOS NUEVE ORDENES DE MAGNITUD ENTRE LA ESCALA TEMPORAL ATOMICA Y LA MACROMOLECULAR, ES ABORDADA EN ESTA PROPUESTA POR MEDIO DE DOS METODOLOGIAS ESPECIFICAS DESARROLLADAS EN LOS ULTIMOS AÑOS EN NUESTRO TRABAJO DE INVESTIGACION: SIMULACIONES MOLECULARES DE ALTO RENDIMIENTO UTILIZANDO EL PROCESADOR ESPECIALIZADO CELL BE DE IBM Y EL CODIGO CELLMD (G, DE FABRITIIS, PERFORMANCE OF THE CELL PROCESSOR FOR BIOMOLECULAR SIMULATIONS, COMP, PHYS, COMMUN, 176, 670 (2007)) Y UNA TECNICA DE MODELAJE MULTIESCALA QUE INCORPORA DINAMICA MOLECULAR (MD) EN UN DOMINIO DE HIDRODINAMICA FLUCTUANTE (FH) DE LANDAU PARA DESCRIBIR LA ESCALA MESOSCOPICA (G, DE FABRITIIS ET, AL,, MODELLING OF THE MESOSCALE WITH MOLECULAR SPECIFICITY, PHYS, REV, LETT, 97, 134501 (2006)), ESTOS METODOS COMPUTACIONALES SERAN ASI PUES UTILIZADOS PARA INVESTIGAR: (1) INTERACCIONES HIDRODINAMICO-MOLECULARES EN LA ESCALA NANOSCOPICA, COMO LOS FENOMENOS PRODUCIDOS SOBRE SISTEMAS MOLECULARES POR FUERZAS HIDRODINAMICAS, DESLIZAMIENTO EN FRONTERAS MOLECULARES HIDROFILICAS/HIDROFOBICAS, MICROFLUIDOS Y COLAPSO DE POLIMEROS EN SOLVENTE IMPLICITO HIDRODINAMICO; (2) MUESTREO CONFORMACIONAL DE MODELOS ATOMICO Y DE GRANO GRUESO (CG) DE PROTEINAS EN LA ESCALA DEL MICROSEGUNDO Y TRANSPORTE IONICO EN CANALES, LA ESTRATEGIA MULTIESCALA ES UNA HERRAMIENTA FUNDAMENTAL PARA INTRODUCIR CONDICIONES HIDRODINAMICAS DE FRONTERA EN UN SISTEMA MOLECULAR Y ANALIZAR ASI SU RESPUESTA DINAMICA, LO CUAL SERIA, DE OTRA FORMA, IMPOSIBLE DEBIDO A LAS LIMITACIONES DE LA ESCALA MOLECULAR Y A LA NECESIDAD DE INTRODUCIR MODOS HIDRODINAMICOS EN EL SISTEMA MOLECULAR, EL RENDIMIENTO DEL INNOVADOR PROCESADOR DE IBM, CELL, PARA LA SIMULACION BIOMOLECULAR CON EL CODIGO PROPIO DE DINAMICA MOLECULAR "CELLMD" PERMITE UN INCREMENTO DE VELOCIDAD DE MAS DE UN ORDEN DE MAGNITUD, EL CONTRAPUNTO A ESTA ESTRATEGIA ES LA RE-CODIFICACION DEL SOFTWARE DE DINAMICA MOLECULAR QUE SERA EJECUTADO EN EL NUEVO HARDWARE, LO CUAL HA SIDO YA REALIZADO PARA EL CODIGO CELLMD, ADEMAS, ESTAMOS DESARROLLANDO TECNOLOGIA GRID UTILIZANDO UNA INFRAESTRUCTURA PARA COMPUTACION DISTRIBUIDA EN RED (WWW,PS3GRID,NET) PARA EL PROCESADOR CELL OBTENIENDO UN RENDIMIENTO EQUIVALENTE A MILLES DE PROCESADORES COMUNES, AMBAS LINEAS DE INVESTIGACION COMPARTEN EL MISMO IMPORTANTE OBJETIVO DE EXPLORAR FENOMENOS EN LA INTERFASE ENTRE LA ESCALA MICROSCOPICA Y MESOSCOPICA (CENTENARES DE NANOMETROS Y MICROSEGUNDOS) Y TAMBIEN LAS HERRAMIENTAS COMPUTACIONALES UTILIZADAS, CELLMD Y COMPUTACION DE ALTO RENDIMIENTO, LOS OBJETIVOS DE ESTAS SIMULACIONES ESTAN RELACIONADOS CON GRUPOS INTERNACIONALES EXPERIMENTALES Y COMPUTACIONALES: PARA EL ESTUDIO DE LOS MECANISMOS BIOFISICOS DE AGREGACION MACROMOLECULAR CON EL GRUPO EXPERIMENTAL DIRIGIDO POR EL PROF P, MUÑOZ EN LA UNIVERSIDAD POMPEU FABRA (UPF), PARA LOS MECANISMOS MOLECULARES DE LA SELECTIVIDAD DE LOS CANALES IONICOS, CON EL PROF J, VILLA-FREIXA (UPF) Y CON EL PROF P,V, COVENEY (UNIVERSITY COLLEGE LONDON) PARA EL PROGRAMA EUROPEO "VIRTUAL PHYSIOLOGICAL HUMAN", Computación de alto rendimiento\IBM Cell and GPUs\simulaciones moleculares\simulaciones multiescala\nano y micro fluidos\potencial de fuerza media\canales iónicos\Alzheimer

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