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Autonomous DNA Evolution in a Molecule Trap

How can we create molecular life in the lab? That is, can we drive evolvable DNA/RNA-machines under a simple nonequilibrium setting? We will trigger basic forms of autonomous Darwinian evolution by implementing replication, mutati... ver más

31/07/2015

LMU MUENCHEN

1M€

Presupuesto del proyecto: 1M€

Líder del proyecto

LUDWIGMAXIMILIANSUNIVERSITAET MUENCHEN No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 4-5

Fecha límite participación Sin fecha límite de participación.

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TRL 4-5

Presupuesto del proyecto 1M€

Fecha límite de participación Sin fecha límite de participación.

Descripción del proyecto How can we create molecular life in the lab? That is, can we drive evolvable DNA/RNA-machines under a simple nonequilibrium setting? We will trigger basic forms of autonomous Darwinian evolution by implementing replication, mutation and selection on the molecular level in a single micro-chamber? We will explore protein-free replication schemes to tackle the Eigen-Paradox of replication and translation under archaic nonequilibrium settings. The conditions mimic thermal gradients in porous rock near hydrothermal vents on the early earth. We are in a unique position to pursue these questions due to our previous inventions of convective replication, optothermal molecule traps and light driven microfluidics. Four interconnected strategies are pursued ranging from basic replication using tRNA-like hairpins, entropic cooling or UV degradation down to protein-based DNA evolution in a trap, all with biotechnological applications. The approach is risky, however very interesting physics and biology on the way. We will: (i) Replicate DNA with continuous, convective PCR in the selection of a thermal molecule trap (ii) Replicate sequences with metastable, tRNA-like hairpins exponentially (iii) Build DNA complexes by structure-selective trapping to replicate by entropic decay (iv) Drive replication by Laser-based UV degradation Both replication and trapping are exponential processes, yielding in combination a highly nonlinear dynamics. We proceed along publishable steps and implement highly efficient modes of continuous molecular evolution. As shown in the past, we will create biotechnological applications from basic scientific questions (see our NanoTemper Startup). The starting grant will allow us to compete with Jack Szostak who very recently picked up our approach [JACS 131, 9628 (2009)].

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