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DNA NANO MAP

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Affordable DNA Mapping using Solidstate Nanopores

DNA analysis will become an important clinical tool in identification the composition of microbial species living in the gut. The most dominant technique at the time is based on PCR amplification of the 16s rDNA gene and subsequen... ver más

31/03/2019

EPFL

175K€

Presupuesto del proyecto: 175K€

Líder del proyecto

ECOLE POLYTECHNIQUE FEDERALE DE LAUSANNE No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 4-5

Fecha límite participación Sin fecha límite de participación.

Financiación concedida El organismo H2020 notifico la concesión del proyecto el día 2019-03-31

MSCA-IF-2016: Individual Fellowships

I+D

Cerrada hace 8 años

0% 100%

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1 Participantes

EPFL

175.42K€ | Lider

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Duración del proyecto: 24 meses Fecha Inicio: 2017-03-08
Fecha Fin: 2019-03-31

Líder del proyecto

ECOLE POLYTECHNIQUE FEDERALE DE LAUSANNE No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 4-5

Presupuesto del proyecto 175K€

Fecha límite de participación Sin fecha límite de participación.

Descripción del proyecto DNA analysis will become an important clinical tool in identification the composition of microbial species living in the gut. The most dominant technique at the time is based on PCR amplification of the 16s rDNA gene and subsequent sequencing of the variable region in the gene. This method however is limited in the amount of detail it provides and is notoriously susceptible to primer bias. Furthermore, due to the requirement of a PCR machine and sequencer the technique is too expensive and time consuming for a clinical setting. Over the past few years nanopores have been heralded as a cheap alternative for biomolecular analysis. Specifically solid-state nanopores, which consist of a small pore in a solid membrane, have the potential for cost-effective mass-production in cleanroom facilities. Furthermore, since these pores can detect double stranded DNA they can easily be used for analysis of DNA maps. In this proposal I suggest to use DNA mapping with solid state nanopores. The basic idea is to sequence-specifically label DNA molecules using DNA Methyltransferases and synthetic analogues of the natural cofactor S-adenosyl-methionine. The pattern of labels attached to the DNA is unique for the underlying sequence. In my Ph.D. I used this method to transfer fluorescent dyes to the DNA and subsequently extracted the DNA map using super resolution fluorescence microscopy. In this case, the attached label will induce a current-drop when the DNA molecule translocates through the channel. The extracted current-trace will then be converted to a DNA map in basepairs and can be used to match to a real sequence. This proposed method can be used to identify genomic elements and eventually be used to recognize species, for a fraction of the cost of 16s rDNA sequencing.

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