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AdaptiveTarget

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AdaptiveTarget: Accessing haplotype variation at complex loci with optimized ta...

AdaptiveTarget: Accessing haplotype variation at complex loci with optimized targeting and adaptive sampling Genetic variation at resistance loci is crucial for sustained crop yield, given the challenges and increased pest and pathogen pressures resulting from a warming climate. Despite recent advances in massively parallel sequencing, d... ver más

30/06/2025

STOCKHOLMS UNIVERS...

150K€

Presupuesto del proyecto: 150K€

Líder del proyecto

STOCKHOLMS UNIVERSITET No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

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Financiación concedida El organismo HORIZON EUROPE notifico la concesión del proyecto el día 2023-12-12

Línea de financiación objetivo El proyecto se financió a través de la siguiente ayuda:

ERC-2023-POC: ERC PROOF OF CONCEPT GRANTS

I+D

Cerrada hace 1 año

0% 100%

1 Participantes

STOCKHOLMS UNIVERSITET

150.00K€ | Lider

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Duración del proyecto: 18 meses Fecha Inicio: 2023-12-12
Fecha Fin: 2025-06-30

Líder del proyecto

STOCKHOLMS UNIVERSITET

Presupuesto del proyecto 150K€

Descripción del proyecto Genetic variation at resistance loci is crucial for sustained crop yield, given the challenges and increased pest and pathogen pressures resulting from a warming climate. Despite recent advances in massively parallel sequencing, disease resistance loci and other complex genomic regions of great practical, economical and scientific importance remain challenging to study. The severe limitations of current methods pose a major problem for fully understanding and harnessing genetic variation for crop improvement. We will develop AdaptiveTarget as a bioinformatic method based on targeted long-read sequencing, that will allow researchers and breeders to quickly, efficiently and inexpensively obtain population-level haplotype information for complex genomic regions such as resistance genes and self-incompatibility loci in plants. To explore the innovation potential of our ERC-funded research we will first undertake research to test and validate the project idea. Validation will benefit from known haplotype data for the complex S-locus supergene, produced in the ERC-funded project SuperGenE. To demonstrate the general utility of the method we will apply it to real-world examples consisting of complex loci of agronomic importance. Once the method is validated, we will investigate options for patenting and licensing the method. Our AdaptiveTarget method for fast and efficient targeted sequencing of complex genomic regions could greatly facilitate assessment of genetic variation at complex genomic regions of outstanding scientific, practical and economic interest. Therefore, our method could help drive innovation in several ways, by allowing the development of more efficient methods to conduct precision breeding for disease and pest resistance.

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