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PID2019-110933GB-I00

Financiado

ADAPTACION HUMANA: DE LA SEÑAL GENOMICA AL FENOTIPO ADAPTATIVO

EL OBJETIVO PRINCIPAL DE ESTA PROPUESTA DE INVESTIGACION ES COMPRENDER COMO LA SELECCION ADAPTATIVA HA MOLDEADO LA VARIACION GENETICA Y FENOTIPICA EN LAS POBLACIONES HUMANAS ACTUALES UTILIZANDO DATOS GENOMICOS, PARA ESO, PROPONEMO... ver más

01/01/2019

UPF

242K€

Presupuesto del proyecto: 242K€

Líder del proyecto

UNIVERSITAT POMPEU FABRA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 321

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2019-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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Líder del proyecto

UNIVERSITAT POMPEU FABRA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 321

Presupuesto del proyecto 242K€

Descripción del proyecto EL OBJETIVO PRINCIPAL DE ESTA PROPUESTA DE INVESTIGACION ES COMPRENDER COMO LA SELECCION ADAPTATIVA HA MOLDEADO LA VARIACION GENETICA Y FENOTIPICA EN LAS POBLACIONES HUMANAS ACTUALES UTILIZANDO DATOS GENOMICOS, PARA ESO, PROPONEMOS PRIMERO: (I) COMPILAR DATOS DE TODO EL GENOMA EN VARIAS POBLACIONES PARA ANALIZAR LAS HUELLAS DE LA SELECCION POSITIVA (ADAPTATIVA) CONSIDERANDO DIFERENTES MODOS DE SELECCION (BARRIDOS SELECTIVOS DUROS Y SUAVES Y SELECCION POLIGENICA) Y SEGUNDO (II) INTENTAR COMPRENDER LA BIOLOGIA DETRAS DE LAS SEÑALES DE SELECCION DETECTADAS UTILIZANDO PREDICCIONES FUNCIONALES IN SILICO, TECNICAS DE BIOLOGIA MOLECULAR Y DIFERENTES ENFOQUES DE ASOCIACION PARA LOCALIZAR Y VALIDAR EXPERIMENTALMENTE CUALQUIER VARIANTE FUNCIONAL POTENCIALMENTE ADAPTATIVA, DETERMINAR SUS FENOTIPOS CORRESPONDIENTES E INTENTAR IDENTIFICAR LAS PRESIONES AMBIENTALES SELECTIVAS IMPLICADAS, LA BUSQUEDA DE LA SELECCION POSITIVA SE REALIZARA A NIVEL DE TODO EL GENOMA, EN GENERAL, ASI COMO PARA GRUPOS PREDEFINIDOS DE GENES (VIAS Y / O REDES BIOLOGICAS) Y PARA REGIONES NO CODIFICANTES PARTICULARES DEL GENOMA, INCLUYENDO EN ESTOS ANALISIS VARIAS POBLACIONES BAJO PRESIONES AMBIENTALES PARTICULARES O PARA LAS CUALES TENDREMOS DATOS FENOTIPICOS, ENTRE ESTAS, INCLUIREMOS OCHO POBLACIONES DE NEGRITOS DISTRIBUIDAS POR EL SUDESTE ASIATICO (PARA LAS QUE TENEMOS SECUENCIAS HAPLOIDES COMPLETAS), 200 INDIVIDUOS AGTA (PARA LOS CUALES DISPONEMOS DE VARIABLES SOCIALES Y BIOLOGICAS Y EN LOS QUE OBTENDREMOS DATOS DE GENOTIPADO DE SNPS Y SU MICROBIOMA ORAL), UN CONJUNTO DE DATOS DE 23 POBLACIONES PERUANAS DISTRIBUIDAS ENTRE LA COSTA, LA SELVA AMAZONICA Y LOS ANDES (EN EL QUE ANALIZAREMOS ADAPTACION A LA ALTITUD), VARIAS POBLACIONES DE NORTE DE AFRICA, PARA LAS QUE RECOPILAREMOS DATOS DE GENOTIPADO DE SNPS EXISTENTES PARA ANALIZAR PATRONES DIFERENCIALES DE ADAPTACION LOCAL VINCULADOS A SUS CORRESPONDIENTES COMPONENTES DE ASCENDENCIA SUBSAHARIANA, EUROPEA, DEL MEDIO ORIENTE Y DEL NORTE DE AFRICA; ASI COMO PARA VARIAS POBLACIONES DE LA INDIA PARA LAS CUALES TENEMOS DATOS DE SECUENCIACION Y EN LAS QUE TRATAREMOS DE IDENTIFICAR HUELLAS DE SELECCION RELACIONADAS CON EL CONTENIDO DE ZINC EN EL SUELO, LA VALIDACION EXPERIMENTAL INCLUIRA LA CARACTERIZACION DE PROTEINAS, LA CUANTIFICACION DE LA EXPRESION DE GENES Y PROTEINAS, ANALISIS DE VARIAS CARACTERISTICAS CELULARES Y SEGUIMIENTO DE PROTEINAS MEDIANTE IMAGENES, EXPERIMENTOS KNOCK-DOWN, ASI COMO EL USO DE VARIAS LINEAS CELULARES TRANSFECTADAS Y DEL SISTEMA DE LA LUCIFERASA, ENTRE OTRAS TECNICAS, ADEMAS DE LA VALIDACION MOLECULAR DE LAS VARIANTES PUTATIVAMENTE ADAPTATIVAS QUE DERIVEN DE NUESTROS ANALISIS DE SELECCION (ENTRE LAS QUE INCLUIREMOS VARIANTES NO SINONIMAS EN SLC30A9, PKD2L1 Y CASR ASI COMO ENHANCERS EN REGIONES NO CODIFICANTES DEL CROMOSOMA X), IDENTIFICAREMOS SUS FENOTIPOS ADAPTATIVOS MEDIANTE ANALISIS DE ASOCIACION (POR EJEMPLO TESTANDO EL UMBRAL DE DETECCION PARA EL SABOR ACIDO EN RELACION A DOS VARIANTES PUTATIVAMENTE ADAPTATIVAS EN PKD2L1) O INCLUSO CARACTERIZANDO UN RATON KNOCK IN (COMO ES EL CASO DE LA SUSTITUCION NO SINONIMA POTENCIALMENTE ADAPTATIVA EN CASR), ADEMAS, LOS DATOS GENOMICOS GENERADOS PARA LA POBLACION DE AGTA TAMBIEN NOS PERMITIRAN ESTUDIAR OTROS ASPECTOS MAS ALLA DE LAS SEÑALES ADAPTATIVAS, PRINCIPALMENTE EN RELACION CON SU HISTORIA DEMOGRAFICA (COMO POR EJEMPLO EL ALCANCE DE LA INTROGRESION DE DENISOVANOS), PERO TAMBIEN EN RELACION CON SUS CONTACTOS SOCIALES Y SU MICROBIOMA ORAL, SELECCION ADAPTATIVA\BARRIDO SELECTIVO\GENETICA DE POBLACIONES\ADAPTACION GENETICA\ESCANEOS GENETICOS DE SELECCION

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